Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 2,175,914 | G→A | H50H (CAC→CAT) | U712_10880 ← | putative glycosyltransferase ypjH |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 2,175,914 | 0 | G | A | 98.2% | 170.3 / NA | 55 | H50H (CAC→CAT) | U712_10880 | putative glycosyltransferase ypjH |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (25/29); minor base C (0/1); total (25/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGAGCATGGATAATGTCTAAATTCTCCCGTTCTGCCACCTCAGCGATTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCGTATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGGTGATATGTATTTAGTCTAAACGGAATGCTTGACGTAATAAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTCCCGAGTTCTGTCGCAATGATACCTGAGCCTCCGACGCTCGGATAGCATGTGATCCCTAT > CP006881/2175783‑2176048 | tGAGCATGGATAATGTCTAAATTCTCCCGTTCCGCCACCTCAGCGATTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATg > 2:294207/1‑139 (MQ=255) aGCATGGATAATGTCTAAATTCTCCCGTTCCGCCACCTCAGCGATTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTa > 3:53769/1‑139 (MQ=255) cATGGATAATGTCTAAATTCTCCCGTTCCGCCACCTCAGCGTTTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTAtt < 5:135467/139‑1 (MQ=255) cATGGATAATGTCTAAATTCTCCCGTTCCGCCACCTCAGCGATTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTAtt < 8:315704/139‑1 (MQ=255) cATGGATAATGTCTAAATTCTCCCGTTCCGCCACCTCAGCGATTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTAtt < 8:269591/139‑1 (MQ=255) cATGGATAATGTCTAAATTCTCCCGTTCCGCCACCTCAGCGATTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTAtt < 2:250140/139‑1 (MQ=255) cATGGATAATGTCTAAATTCTCCCGTTCCGCCACCTCAGCGATTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTAtt < 8:366914/139‑1 (MQ=255) cATGGATAATGTCTAAATTCTCCCGTTCCGCCACCTCAGCGATTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTAtt > 7:123714/1‑139 (MQ=255) aTGGATAATGTCTAAATTCTCCCGTTCCGCCACCTCAGCGATTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTAttc < 7:62047/139‑2 (MQ=255) aTGGATAATGTCTAAATTCTCCCGTTCCGCCACCTCAGCGATTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTAtt > 7:242705/1‑138 (MQ=255) gATAATGTCTAAATTCTCCCGTTCCGCCACCTCAGCGATTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGt > 1:400879/1‑139 (MQ=255) tAATGTCTAAATTCTCCCGTTCCGCCACCTCAGCGATTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTc > 8:335190/1‑138 (MQ=255) aTGTCTAAATTCTCCCGTTCCGCCACCTCAGCGATTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTa < 7:372588/138‑1 (MQ=255) aTGTCTAAATTCTCCCGTTCCGCCACCTCAGCGATTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTa > 4:97098/1‑138 (MQ=255) aTGTCTAAATTCTCCCGTTCCGACACCTCAGCGATTTTGATTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACACCATATTGATTAAACTCAAATTCATTAAAAAGAATATTCGGAATATATGTATTCAGTCTa > 6:135467/1‑138 (MQ=255) tGTCTAAATTCTCCCGTTCCGCCACCTCAGCGATTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTaaa > 5:208075/1‑139 (MQ=255) aaaTTCTCCCGTTCCGCCACCTCAGCGATTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGaa > 4:298187/1‑139 (MQ=255) aaTTCTCCCGTTCCGCCACCTCAGCGATTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACgg < 5:422221/136‑1 (MQ=255) aaTTCTCCCGTTCCGCCACCTCAGCGATTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGa < 2:400879/137‑1 (MQ=255) ccGTTCCGCCACCTCAGCGATTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGat < 7:335190/139‑2 (MQ=255) cGTTCCGCCACCTCAGCGATTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGatg < 6:68318/139‑3 (MQ=255) cACCTCAGCGATTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATgaaa < 6:208075/139‑1 (MQ=255) aGCGATTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGa < 8:95013/137‑1 (MQ=255) gCGATTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGAttt > 5:424419/1‑139 (MQ=255) gATTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAATCGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCa < 4:344190/139‑1 (MQ=255) tttGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACg < 1:290911/107‑1 (MQ=255) tttGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACg > 2:290911/1‑107 (MQ=255) aTCAGACGGAGGCTACTTAAAAACAGCATAGTGATTCACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAcctgc < 8:351972/139‑1 (MQ=255) aCGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTccc > 3:284683/1‑139 (MQ=255) cGGAGGATACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTccc < 4:53769/138‑1 (MQ=255) ggaTACTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTCCCCAGtt < 2:360047/139‑1 (MQ=255) aCTTAAAAACAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTCCCCAGTTCTGt > 7:411443/1‑139 (MQ=255) aaaaaCAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTCCCCAGTTCTGTCGc < 5:166377/138‑1 (MQ=255) aaaCAGCATATTGATTAAACTCAACATCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTACACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTCCCCAGTTCTGTCGCAAt < 8:399249/139‑1 (MQ=255) aaCAGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTCCCCAGTTCTGTCGCAAt > 6:296010/1‑138 (MQ=255) aGCATATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTCCCCAGTTCTGTCGCAATGATa > 2:131492/1‑139 (MQ=255) catATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAAGGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTCCCCAGTTCTGTCGCAATGATAca > 1:44048/3‑138 (MQ=255) ttAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTCCCCAGTTCTGTCGCAATGATACCTGAGCCTc > 8:208347/1‑139 (MQ=255) aaCCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTCCCCAGTTCTGTCGCAATGATAcc < 4:195381/129‑1 (MQ=255) aaCCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTCCCCAGTTCTGTCGCAATGATAcc > 3:195381/1‑129 (MQ=255) aaCCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCGTCACCAGTTCTGTCGCAATGATACGTGAGCCTcc > 2:376535/1‑138 (MQ=255) aCCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTCCCCAGTTCTGTCGCAATGATACCTGAGCCTccaa < 6:111349/139‑3 (MQ=255) aCCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTCCCCAGTTCTGTCGCAATGATACCTGAGCCTccaa > 5:111349/1‑137 (MQ=255) aaCTTCATGTAAATGAATATGGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGATTTCTAGATGTGATGAAATGGAGTTCATGTCCCTTTTCAGGAAGCTGCTTCCCCAGTTCTGTCGCAATGATACCTGAGCCTCCAACGCt < 5:139803/138‑1 (MQ=255) aaCTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTCCCCAGTTCTGTCGCAATGATACCTGAGCCTCCAACGCt < 3:298187/138‑1 (MQ=255) aaCTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTCCCCAGTTCTGTCGCAATGATACCTGAGCCTCCAACGCt < 8:411443/138‑1 (MQ=255) aCTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTCCCCAGTTCTGTCGCAATGATACCTGAGCCTCCAACGCTCg < 3:170079/139‑1 (MQ=255) aCTTCATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTCCATGTCCCTTTTCTGCAAGATGCTGCCCCAGTTCTGTCGCATTGATACCTGAGACGCCCAGGCTCg > 7:412410/1‑139 (MQ=255) cctGAAAATGAATAATGGGCAGATAAGTAGTCAGGCAAAACGGAATGCTTGCTGGGATGACATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTCCCCAGTTCTGTCGCAATGATACCTGAGCCTCCAACGCTCGGa < 6:259575/135‑1 (MQ=255) cATGAAAATGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTCCCCAGTTCTGTCGCAATGATACCTGAGCCTCCAACGCTCGGa > 1:349498/1‑137 (MQ=255) aaaTGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTCCCCAGTTCTGTCGCAATGATACCTGAGCCTCCAACGCTCGGATAGCAt < 5:191855/138‑1 (MQ=255) aTGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTCCCCAGTTCTGTCGCAATGATACCTGa > 2:210995/1‑114 (MQ=255) aTGAATATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTCCCCAGTTCTGTCGCAATGATACCTGa < 1:210995/114‑1 (MQ=255) aaTATTGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTCCCCAGTTCTGTCGCAATGATACCTGAGCCTCCAACGCTCGGATAGCATGTGAtt < 6:424419/139‑2 (MQ=255) tGGGATGATATGTATTCAGTCTAAACGGAATGCTTGATGTGATGAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTCCCCAGTTCTGTCGCAATGATACCTGAGCCTCCAACGCTCGGATAGCATGTGATTCCTAt > 2:238093/1‑139 (MQ=255) | TGAGCATGGATAATGTCTAAATTCTCCCGTTCTGCCACCTCAGCGATTTTGCTTGCCAATGTCAAATCATACGGAGGATACTTAAAAACAGCGTATTGATTAACCTCAACTTCATGAAAATGAATATTGGGGTGATATGTATTTAGTCTAAACGGAATGCTTGACGTAATAAAATGGATTTCATGTCCCTTTTCAGCAAGCTGCTTCCCGAGTTCTGTCGCAATGATACCTGAGCCTCCGACGCTCGGATAGCATGTGATCCCTAT > CP006881/2175783‑2176048 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |