| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 1,954,837 | G→A | intergenic (‑231/‑55) | U712_09670 ← / → U712_09675 | putative multidrug resistance protein yoeA/Uncharacterized protein yoeB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 1,954,837 | 0 | G | A | 98.7% | 237.0 / NA | 77 | intergenic (‑231/‑55) | U712_09670/U712_09675 | putative multidrug resistance protein yoeA/Uncharacterized protein yoeB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (47/29); minor base T (0/1); total (47/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTATGAAACCCTTCCCGATTCTTCTAATTTTACACATCTTTTTAGCTTATGAAGAATAAACTAGCAAGTAATGGCGTATTTTTTGTGAGTAAAAGAATAAAAAATAATTTATGCAAAAGTATTGTAATCTATCCGTGATTATTGTAACATTTGTAACATAAGAGAAAGAGATTTTGAAGGAGAGAGCGATAATGAAAAAATGTCTTCTATTTCTAACAACCATTGCACTTATTCTGTCATTAAGCACAAATGCATTTGCGAAAAATACAT > CP006881/1954701‑1954970 | ttATGAAACCCTTCCCGATTCTTCTAATTTTAGCCATCTTTTTAGGTTTTGAAGAATTATCTAGCAAGTAATGGCGTATTTTTTGTGAGTAAAAGAATTAATAATAATTTATGCAAAAGTATTGTAGTCTATGCGTAat > 2:413912/1‑139 (MQ=255) aTGAAACCCTTCCCGATTCTTCTAATTTTACACATCTTTTTAGCTTATGAAGAATAAACTAGCAAGTAATGGCGTATTTTTTGTGAGTAAAAGAATAAAAAATAATTTATGCAAAAGTATTGTAATCTATCCGTAatta > 1:230560/1‑139 (MQ=255) aTGAAACCCTTCCCGATTCTTCTAATTTTACACATCTTTTTAGCTTATGAAGAATAAACTAGCAAGTAATGGCGTATTTTTTGTGAGTAAAAGAATAAAAAATAATTTATGCAAAAGTATTGTAATCTATCCGTAatta > 3:77652/1‑139 (MQ=255) aTGAAACCCTTCCCGATTCTTCTAATTTTACACATCTTTTTAGCTTATGAAGAATAAACTAGCAAGTAATGGCGTATTTTTTGTGAGTAAAAGAATAAAAAATAATTTATGCAAAAGTATTGTAATCTATCCGTAatta > 6:436806/1‑139 (MQ=255) 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ttGTAATCTATCCGTAATTATTGTAACATTTGTAACATAAGAGAAAGAGATTTTGAAGGAGAGAGCGATAATGAAAAAATGTCTTCTATTTCTAACACCCATTGCACTTATTCTGTCATTAAGCACAAATGCATTTGCg < 4:77652/139‑1 (MQ=255) ttGTAATCTATCCGTAATTATTGTAACATTTGTAACATAAGAGAAAGAGATTTTGAAGGAGAGAGCGATAATGAAAAAATGTCTTCTATTTCTAACAACCATTGCACTTATTCTGTCATTAAGCACAAATGCATTTGc < 8:71984/138‑1 (MQ=255) aTCTATCCGTAATTATTGTAACATTTGTAACATAAGAGAAAGAGATTTTGAAGGAGAGAGCGATAATGAAAAAATGTCTTCTATTTCTAACAACCATTGCACTTATTCTGTCATTAAGCACAAATGCATTTGCGaaaaa > 7:219517/1‑139 (MQ=255) aTCTATCCGTAATTATTGTAACATTTGTAACATAAGAGAAAGAGATTTTGAAGGAGAGAGCGATAATGAAAAAATGTCTTCTATTTCTAACAACCATTGCACTTATTCTGTCATTAAGCACAAATGCATTTGCGaaaaa > 6:85437/1‑139 (MQ=255) aTCTATCCGTAATTATTGTAACATTTGTAACATAAGAGAAAGAGATTTTGAAGGAGAGAGCGATAATGAAAAAATGTCTTCTATTTCTAACAACCATTGCACTTATTCTGTCATTAAGCACAAATGCATTTGCGaaaaa > 1:22801/1‑139 (MQ=255) aTCTATCCGTAATTATTGTAACATTTGTAACATAAGAGAAAGAGATTTTGAAGGAGAGAGCGATAATGAAAAAATGTCTTCTATTTCTAACAACCATTGCACTTATTCTGTCATTAAGCACAAATGCATTTGCGaaaaa > 7:185459/1‑139 (MQ=255) 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tATCCGTAATTATTGTAACATTTGTAACATAAGAGAAAGAGATTTTGAAGGAGAGAGCGATAATGAAAAAATGTCTTCTATTTCTAACAACCATTGCACTTATTCTGTCATTAAGCACAAATGCATTTGCGAAAAATa > 4:335259/1‑138 (MQ=255) tATCCGTAATTATTGTAACATTTGTAACATAAGAGAAAGAGATTTTGAAGGAGAGAGCGATAATGAAAAAATGTCTTCTATTTCTAACAACCATTGCACTTATTCTGTCATTAAGCACAAATGCATTTGCGAAAAATa > 2:203099/1‑138 (MQ=255) tATCCGTAATTATTGTAACATTTGTAACATAAGAGAAAGAGATTTTGAAGGAGAGAGCGATAATGAAAAAATGTCTTCTATTTCTAACAACCATTGCACTTATTCTGTCATTAAGCACAAATGCATTTGCGAAAAATa > 7:261749/1‑138 (MQ=255) tCCGTAATTATTGTAACATTTGTAACATAAGAGAAAGAGATTTTGAAGGAGAGAGCGATAATGAAAAAATGTCTTCTATTTCTAACAACCAt > 1:254012/1‑92 (MQ=255) tCCGTAATTATTGTAACATTTGTAACATAAGAGAAAGAGATTTTGAAGGAGAGAGCGATAATGAAAAAATGTCTTCTATTTCTAACAACCAt < 2:254012/92‑1 (MQ=255) tCCGTAATTATTGTAACATTTGTAACATAAGAGAAAGAGATTTTGAAGGAGAGAGCGATAATGAAAAAATGTCTTCTATTTCTAACAACCATTGCACTTATTCTGTCATTAAGCACAAATGCATTTGCGAAAAATACAt < 5:362090/139‑1 (MQ=255) tCCGTAATTATTGTAACATATGTAACATAAGAGAAAGAGATTTTGAAGGAGAGAGCGATAATGAAAAAATGTCTTCTATTTCTAACAACCATTGCACTTATTCTGTCATTAAGCACAAATGCATTTGCGAAAAATACa > 1:169574/1‑138 (MQ=255) | TTATGAAACCCTTCCCGATTCTTCTAATTTTACACATCTTTTTAGCTTATGAAGAATAAACTAGCAAGTAATGGCGTATTTTTTGTGAGTAAAAGAATAAAAAATAATTTATGCAAAAGTATTGTAATCTATCCGTGATTATTGTAACATTTGTAACATAAGAGAAAGAGATTTTGAAGGAGAGAGCGATAATGAAAAAATGTCTTCTATTTCTAACAACCATTGCACTTATTCTGTCATTAAGCACAAATGCATTTGCGAAAAATACAT > CP006881/1954701‑1954970 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |