| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 2,178,740 | C→T | L87L (CTG→TTG) | U712_10905 → | UPF0750 membrane protein ypjC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 2,178,740 | 0 | C | T | 99.0% | 322.6 / NA | 103 | L87L (CTG→TTG) | U712_10905 | UPF0750 membrane protein ypjC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (59/43); minor base A (1/0); total (60/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
CTTTTGCTTTATGCCCTTTTCCACATCAGCCCCTCTATCTCGAACCTGGTTTTGAACATTCCGATCTTTTTTATCGGCTGGCGTTTGCTTGGCAGAACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCCTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATTTTTCAGCGATATGAAATACATATGCCTCTTCAGCACGACTTAGCGCTCGCTTCTTTATTTGCTGGCGTGTTTATCGGGGCCGGATTAGGAATTATTTTTAAGTTCGGCGGTAC > CP006881/2178608‑2178873 | cTTTTGCTTTATGCCCTTTTCCACATCAGCCCCTCTATATCGAACCTGGTGGTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑Ctt < 4:126504/139‑1 (MQ=255) ttGCTTTATGCCCTTTTCCACATCAGCCCCTCTATATCGAACCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATCCCCTTGTCGGCCCTGTAGCCTTGT‑CTTTGt > 6:301424/1‑139 (MQ=255) ttGCTTTATGCCCTTTTCCACATCAGCCCCTCTATATCGAACCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑GTTTGt > 2:191260/1‑139 (MQ=255) ttGCTTTATGCCCTTTTCCACATCAGCCCCTCTATATCGAACCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGt > 4:218492/1‑139 (MQ=255) ttGCTTTATGCCCTTTTCCACATCAGCCCCTCTATATCGAACCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGt > 5:21917/1‑139 (MQ=255) tATGCCCTTTTCCACATCAGCCCCTCTATATCGAACCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCt > 7:46255/1‑137 (MQ=255) tATGCCCTTTTCCACATCAGCCCCTCTATATCGAACCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCt < 4:446816/137‑1 (MQ=255) tGCCCTTTTCCACATCAGCCCCTCTATATCGAACCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCATGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAg < 8:42640/138‑1 (MQ=255) tGCCCTTTTCCACATCAGCCCCTCTATATCGAACCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAg > 5:134489/1‑138 (MQ=255) tGCCCTTTTCCACATCAGCCCCTCTATATCGAACCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAg > 5:220027/1‑138 (MQ=255) tGCCCTTTTCCACATCAGCCCCTCTATATCGAACCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAg < 8:186711/138‑1 (MQ=255) ttttCCACATCAGCCCCTCTATATCGAACCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCAtctt > 3:263733/1‑139 (MQ=255) ttttCCACATCAGCCCCTCTATATCGAACCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCAtctt > 3:197525/1‑139 (MQ=255) ttttCCACATCAGCCCCTCTATATCGAACCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCAtctt > 3:165710/1‑139 (MQ=255) ccACATCAGCCCCTCTATATCGAACCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTTTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCa < 7:442495/138‑1 (MQ=255) gCCCCTCTATATCGAACCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCg > 4:394265/1‑133 (MQ=255) ccccTCTATATCGAACCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGaa < 7:162323/139‑1 (MQ=255) ccccTCTATATCGAACCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGa > 1:270824/1‑138 (MQ=255) cccTCTATATCGAACCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGaaa < 3:184457/139‑1 (MQ=255) ctATATCGAACCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTACTCAGCATCTTTAATCGATATTAAAtcc > 8:162323/1‑136 (MQ=255) ctATATCGAACCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTCGTGCTTTTTTCCTCAGCATCTTTAAGCGATATTAAAtc > 2:74057/1‑137 (MQ=255) tatcGAACCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGCCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCa < 7:246650/134‑1 (MQ=255) tcGAACCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATg < 4:199588/138‑1 (MQ=255) tcGAACCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGAGATGAAATCCAGATGc > 3:422461/1‑139 (MQ=255) gAACCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCg < 8:418388/120‑1 (MQ=255) gAACCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCg > 7:418388/1‑120 (MQ=255) aaCCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGTCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCGCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGcccc > 7:428715/1‑137 (MQ=255) aaCCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGTGCTTTGTGCCTCGGCATCTTACACCGATATTAAATCAATATGccc > 2:60543/1‑138 (MQ=255) aaCCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGaa > 8:335352/1‑126 (MQ=255) aaCCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGaa < 7:335352/126‑1 (MQ=255) aaCCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAAt < 4:341298/128‑1 (MQ=255) aaCCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAAt > 3:341298/1‑128 (MQ=255) aaCCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCGTATGcccc > 5:265426/1‑137 (MQ=255) aaCCTGGTGTTGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGcccc > 5:212977/1‑137 (MQ=255) 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tgttGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCa < 2:52024/137‑1 (MQ=255) tgttGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATAAGAAATCCATATGCCCCTTCAGCa < 4:190617/137‑1 (MQ=255) tgttGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGG‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCa < 5:222682/137‑1 (MQ=255) tgttGAACATTCCGATTTTTTTTATTGGCGGGCGTGTGCTCGGCAGGACAATGGTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCa < 3:249727/137‑1 (MQ=255) aaCATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCtt < 3:242896/129‑1 (MQ=255) aaCATTCCGATTTTTTTTATTGGCTGGCGTTTGCTCGGCAGGACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCtt > 4:242896/1‑129 (MQ=255) 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tgtatgttTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCACGACTTAGCGCTCGCCGCTTTATTTGCAGGCGTATTCATCGGAGCCGGact > 8:269934/1‑137 (MQ=255) tttgtttATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCa > 7:80661/1‑71 (MQ=255) tttgtttATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCACGACTTAGCGCTCGCCGCTTTATTTGCCGGCGTATTCATCGGAGCCGGactgg > 1:74838/1‑135 (MQ=255) gtttATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCACGACTTAGCGCTCGCCGCTTTATTTGccg > 8:267785/1‑110 (MQ=255) gtttATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCACGACTTAGCGCTCGCCGCTTTATTTGccg < 7:267785/112‑3 (MQ=255) taCCCTTGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCACGACTTAGCGCTCGCCGCTTTATTTGCCGGCGTATTCATCGGAGCCGGACTGGGTattatt > 3:282144/1‑139 (MQ=255) cccTTGTCGGCACTGTAGCCATGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCACGACTTAGCGCTCGCCGCTTTATTTGCCGGCGTATTCATCGGAGCCGGACTGGGTATTAtttt > 6:6520/1‑139 (MQ=255) tGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCCCGACTTAGCGCTCGCCGCTTTATTTTCCGGCGTATTCATCGGCGCCGGACTGGGTATTATTTTTAAg > 6:147347/1‑139 (MQ=255) tGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCACGACTTAGcgct > 3:378046/1‑84 (MQ=255) tGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCACGACTTAGcgct < 4:378046/84‑1 (MQ=255) tGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCACGACTTAGCGCTCGCCGCTTTATTTGCCGTCGTATTCATCGGAGCCGGACTGGGTATTATTTTTAAg > 7:252816/1‑139 (MQ=255) tGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCACGACTTAGCGCTCGCCGCTTTATTTGCCGGCGTATTCATCg < 4:376118/113‑1 (MQ=255) tGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCACGACTTAGCGCTCGCCGCTTTATTTGCCGGCGTATTCATCg > 3:376118/1‑113 (MQ=255) tGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCACGACTTAGCGCTCGCCGCTTTATTTGCCGGCGTATTCATCGGAGCCGGACTGGGTATTATTTTTAAg > 7:22751/1‑139 (MQ=255) tGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCACGACTTAGCGCTCGCCGCTTTATTTGCCGGCGTATTCATCGGAGCCGGACTGGGTATTATTTTTAAg > 1:134448/1‑139 (MQ=255) tGTCGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCACGACTTAGCGCTCGCCGCTTTATTTGCCGGCGTATTCATCGGAGCCGGACTGGGGATTATTTTTAAg > 3:33495/1‑139 (MQ=255) cGGCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCACGACTTAGCGCTCGCCGCTTTATTTGCCGGCGTATTCATCGGAGCCGGACTGGGTATTATTTTTAAGTTc < 1:60543/139‑1 (MQ=255) gCACTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCACGACTTAGCGCTCGCCGCTTTATTTGCCGGCGTATTCATCGGAGCCGGACTGGGTATTATTTTTAAGTTcgg < 6:360432/139‑1 (MQ=255) aCTGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCACGACTTAGCGCTCGCCGCTTTATTTGCCGGCGTATTCATCGGAGCCGGACTGGGTATTATTTTTAAGTTcggct > 8:427034/1‑138 (MQ=255) tGTAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCACGACTTAGCGCTCGCCGCTTTATTTGCCGGCGTATTCATCGGAGCCGGACTGGGTATTATTTTTAAGTTcggcgg > 7:15426/1‑138 (MQ=255) tAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCACGACTTAGCGCTCGCCGCTTTATTTGCCGGCGTATTCATCGGAGCCGGACTGGGTTTTATTTTTAAGTTCGGCGGTAc > 1:307273/1‑139 (MQ=255) tAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCACGACTTAGCGCTCGCCGCTTTATTTGCCGGCGTATTCATCGGAGCCGGACTGGGTATTATTTTTAAGTTCGGCGGt < 5:220165/137‑1 (MQ=255) tAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCACGACTTAGCGCTCGCCGCGTTATTTGCCGGCGTATTCATCGGAGCCGGACTGGGTATTATTTTTAAGTTGGGCGGTAc > 5:443145/1‑139 (MQ=255) tAGCCTTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATCTTTCAGCGATATGAAATCCATATGCCCCTTCAGCACGACATAGCGCTCGCCGCTTTATTTGCCGGCGTATTCCTCGGAGCCGGACTGGGTATTTTTTTTTAGTTCGGCGGTAc > 1:323083/1‑139 (MQ=255) | CTTTTGCTTTATGCCCTTTTCCACATCAGCCCCTCTATCTCGAACCTGGTTTTGAACATTCCGATCTTTTTTATCGGCTGGCGTTTGCTTGGCAGAACAATGTTTGTTTATACCCTTGTCGGCACTGTAGCCCTGT‑CTTTGTTCCTCAGCATTTTTCAGCGATATGAAATACATATGCCTCTTCAGCACGACTTAGCGCTCGCTTCTTTATTTGCTGGCGTGTTTATCGGGGCCGGATTAGGAATTATTTTTAAGTTCGGCGGTAC > CP006881/2178608‑2178873 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |