Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 2,180,851 | A→G | intergenic (‑4/+107) | U712_10915 ← / ← U712_10920 | Uncharacterized protein ypjA/Menaquinol‑cytochrome c reductase cytochrome b/c subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 2,180,851 | 0 | A | G | 94.1% | 152.8 / ‑5.7 | 52 | intergenic (‑4/+107) | U712_10915/U712_10920 | Uncharacterized protein ypjA/Menaquinol‑cytochrome c reductase cytochrome b/c subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (37/11); minor base C (1/2); total (38/14) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.56e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGGTGTCTCCAGTAGCTGCGGCAAGTACCAATAGTATCCGTATACCGTTCCCAGAAAATTGATGGCTAAGACAAGAATAAGCATCGGCTGCCGTCCTAATACATATTGAAACCATTTCACATCAAATCAACTCTCAGTCTGTAAAAATAATATGTCCATATAAAAAAGCTGACGCCGGGTCAGCTTTTGATAATAAAAGTATATCCTTCCATTTTACAATTCACAACACGTTATTTTGCGGTTGTTTCAGAAA > CP006881/2180728‑2180980 | cGGTGTCTCCAAAAGCTGCGGCAAGTACCAATAGTAGCCGTAAACCGTTCCCAGAAAATTAATGGCTAAGACAAGAATAAGCATCGGCCGCTGCCCTAATACATATTGAAACCATTTCACATCGAATCAACTCTCAGTc < 6:123287/139‑1 (MQ=255) cGGTGTCTCCAAAAGCTGCGGCAAGTACCAATAGTAGCCGTAAACCGTTCCCAGAAAATTAATGGCTAAGACAAGAATAAGCATCGGCCGCTGCCCTAATACATATTGAAACCATTTCACATCGAATCAACTCTCAGTc < 4:180053/139‑1 (MQ=255) gtCTCCAAAAGCTGCGGCAAGTACCAATAGTAGCCGTAAACCGTTCCCAGAAAATTAATGGCTAAGACAAGAATAAGCATCGGCCGCTGCCCTAATACATATTGAAACCATTTCACATCGAATCAACTCTCAGTCTGTa < 7:171985/139‑1 (MQ=255) ctcCAAAAGCTGCGGCAAGTACCAATAGTAGCCGTAAACCGTTCCCAGAAAATTAATGGCTAAGACAAGAATAAGCATCGGCCGCTGCCCTAATACATATTGAAACCATTTCACATCGAATCAACTCTCAGTCTGTaaa < 5:187568/139‑1 (MQ=255) 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1:106181/1‑139 (MQ=255) tatTGAAACCATTTCACATCGAATCAACTCTCAGTCTGTAAAAATAATATGTCCATATAAAAAAGCTGACGCCGGGTCAGCTTTTGATAATAAAAGTATATCCTTCCATTTGACAATTCACAATACGTTATTTTGCGgt > 1:429794/1‑139 (MQ=255) tatTGAAACCATTTCACATCGAATCAACTCTCAGTCTGTAAAAATAATATGTCCATATAAAAAAGCTGACGCCGGGTCAGCTTTTGATAATAAAAGTATATCCTTCCATTTGACAATTCACAATACGTTATTTTGCGgt < 2:16812/139‑1 (MQ=255) tatTGAAACCATTTCACATCGAATCAACTCTCAGTCTGTAAAAATAATATGTCCATATAAAAAAGCTGACGCCGGGTCAGCTTTTGATAATAAAAGTATATCCTTCCATTTGACAATTCACAATACGTTATTTTGCGgt > 1:7883/1‑139 (MQ=255) atTGAAACCATTTCACATCGAATCAACTCTCAGTCTGTAAAAATAATATGTCCATATAAAAAAGCTGACGCCGGGTCAGCTTTTGATAATAAAAGTATATCCTTCCATTTGACAATTCACAATACGTTATTTTGCGgtt > 6:209285/1‑139 (MQ=255) atTGAAACCATTTCACATCGAATCAACTCTCAGTCTGTAAAAATAATATGTCCATATAAAAAAGCTGACGCCGGGTCAGCTTTTGATAATAAAAGTATATCCTTCCATTTGACAATTCACAATACGTTATTTTGCGgtt > 4:7530/1‑139 (MQ=255) atTGAAACCATTTCACATCGAATCAACTCTCAGTCTGTAAAAATAATATGTCCATATAAAAAAGCTGACGCCGGGTCAGCTTTTGATAATAAAAGTATATCCTTCCATTTGACAATTCACAATACGTTATTTTGCGgtt > 3:307080/1‑139 (MQ=255) atTGAAACCATTTCACATCGAATCAACTCTCAGTCTCTAAAAATAATATGTCCATATAAAAAAGCTGACGCCGGGTCAGCTTTTGATAATAAAAGTATATCCTTCCATTTGACAATTCACAATACGTAATTTTGCgg > 1:437835/1‑137 (MQ=255) atTGAAACCATTTCACATCGAATAAACTCTCAGAATGTAAAAATAATATGTCCATATAAAAAACCTGAACCCGGCTCTCCATATGATAATAAAAGAAAATCATTCCATTTGACAATTAACAATACGTTATTTTGCGgtt > 4:56618/1‑139 (MQ=255) tGAAACCATTTCACATCGAATCAACTCTCAGTCTGTAAAAATAATATGTCCATATAAAAAAGCTGACGCCGGGTCAGCTTTTGATAATAAATGTATATCATTCCATTTGCCAAATCACAATACGTTATTTTGCGgttgt > 5:55691/1‑139 (MQ=255) tGAAACCATTTCACATCGAATCAACTCTCAGTCTGTAAAAATAATATGTCAATATAAAAAAGCTGACGCCGGGTCAGCTTTTGATAATAAAAGTATATCCTTCCATTTGACAATTCACAATACGTTATTTTGCtgttgt > 5:347407/1‑139 (MQ=255) aaaCCATTTCACATCGAATCAACTCTCAGTCTGTAAAAATAATATGTCCATATAAAAAAGCTGACGCCGGGTCAGCTTTTGATAATAAAAGTATATCCTTCCATTTGACAATTCACAATACGTTATTTTGCGgttgtt > 3:340785/1‑138 (MQ=255) aaaCCATTTCACATCCAATCATCTCTCAGTCTGTAAAAATAATATATCCATATAAAAAAGCTGACGCCGGGGCAGCTAGTGATAATAAACGTATTTCCTTCCAGTTGACAATTCACAATACGTTATTATGCgtttgttt > 8:316444/1‑139 (MQ=255) tttCACATCGAATCAACTCTCAGTCTGTAAAACTAATATGTCCATATAAAAAAGCTGACGCCGGGTCAGCTTTTGATAATAAAAGTATATCCTTCCATTTGCCAATTCACCATACGTTATTTTGCGGTTGTTTCAGaaa > 8:51091/1‑139 (MQ=255) tttCACATCGAATCAACTCTCAGTCTGTAAAAATAATATGTCCATATAAAAAAGCTGCCGCCGGGTCAGCTTTTGATAATAAAAGTATATCCTTCCATTTGACAATTCACAATACGTTATTTTGCGGTTGTTTCAGaaa > 4:128019/1‑139 (MQ=255) tttCACATCGAATCAACTCTCAGTCTGTAAAAATAATATGTCCATATAAAAAAGCTGACGCCGGGTCAGCTTTTGATAATAAAAGTATATCCTTCCATTTGACAATTCACAATACGTTATTTTGCGGTTGTTTCAGaaa > 2:164104/1‑139 (MQ=255) tttCACATCGAATCAACTCTCAGTCTGTAAAAATAATATGTCCATATAAAAAAGCTGACGCCGGGTCAGCTTTTGATAATAAAAGTATATCCTTCCATTTGACAATTCACAATACGTTATTTTGCGGTTGTTTCAGaaa > 4:300666/1‑139 (MQ=255) ttCACATCGAATCAACTCTCAGTCTGTAAAAATAATATGTCCATATAAAAAAGCTGACGCCGGGTCAGCATTTGATAATAAAAGTATATCCTACCAATTGACAATTCACAATACGGTATTTTGCGGTTGTTTCAGaaa > 6:216205/1‑138 (MQ=255) | CGGTGTCTCCAGTAGCTGCGGCAAGTACCAATAGTATCCGTATACCGTTCCCAGAAAATTGATGGCTAAGACAAGAATAAGCATCGGCTGCCGTCCTAATACATATTGAAACCATTTCACATCAAATCAACTCTCAGTCTGTAAAAATAATATGTCCATATAAAAAAGCTGACGCCGGGTCAGCTTTTGATAATAAAAGTATATCCTTCCATTTTACAATTCACAACACGTTATTTTGCGGTTGTTTCAGAAA > CP006881/2180728‑2180980 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |