Predicted mutation | ||||||
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RA | CP006881 | 2,183,157 | G→A | S124S (TCC→TCT) | U712_10935 ← | Uncharacterized protein ypiF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 2,183,157 | 0 | G | A | 98.1% | 319.4 / ‑3.0 | 107 | S124S (TCC→TCT) | U712_10935 | Uncharacterized protein ypiF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (53/51); total (55/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.97e-01 |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
TGAATCTCTCAGTAAGGTCAATATAGCCAAAATATTGTTTATAAGGAAATGTAAGTGTTTTTATTAGGTGCTCCACAACTGTAACAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCTAATATTTTTCTTTTTAAGGAGTCATTTAAATGCTCTAACGGAACAGACGGTGTAACAATGATTTTGCCTAACGCATCCTCGCTTTTCCAATTTTCATCAGACGTGAGCAGCACAACATGCGGAAATTCTGATATAAGCTCTTCCCGCAA > CP006881/2183022‑2183288 | tGAATCTCTCAGCAAGGTCAATATAGCCAAAATATTGTTTATAAGGAAATGTAAGTGTTTTTATAAAGTGCTCCATAACTGTAACAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCCAATATTTTTCTTTTTAAagag > 8:208627/1‑139 (MQ=255) tGAATCTCTCAGCAAGGTCAATATAGCCAAAATATTGTTTATAAGGAAATGTAAGTGTTTTTATAAAGTGCTCCATAACTGTAACAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCCAATATTTTTCTTTTTAAAGa < 2:255757/138‑1 (MQ=255) tGAATCTCTCAGCAAGGTCAATATAGCCAAAATATTGTTTATAAGGAAATGTAAGTGTTTTTATAAAGTGCTCCATAACTGTAACAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCCAATATTTTTCTTTTTAAAGa < 6:418295/138‑1 (MQ=255) tGAATCTCTCAGCAAGGTCAATATAGCCAAAATATTGTTTATAAGGAAATGTAAGTGTTTTTATAAAGTGCTCCATAACTGTAACAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCCAAAATTTTTCTTTTTAAagag > 8:416924/1‑139 (MQ=255) 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caaTATTTTTCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGc > 3:165665/2‑139 (MQ=255) atatTTTTCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCAGTTATCAGctc > 6:176230/1‑139 (MQ=255) tttCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTccc > 4:198141/1‑139 (MQ=255) tttCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTccc > 1:151090/1‑139 (MQ=255) ttttAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATGCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCaa < 5:416667/138‑1 (MQ=255) | TGAATCTCTCAGTAAGGTCAATATAGCCAAAATATTGTTTATAAGGAAATGTAAGTGTTTTTATTAGGTGCTCCACAACTGTAACAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCTAATATTTTTCTTTTTAAGGAGTCATTTAAATGCTCTAACGGAACAGACGGTGTAACAATGATTTTGCCTAACGCATCCTCGCTTTTCCAATTTTCATCAGACGTGAGCAGCACAACATGCGGAAATTCTGATATAAGCTCTTCCCGCAA > CP006881/2183022‑2183288 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |