| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 2,183,178 | C→T | P117P (CCG→CCA) | U712_10935 ← | Uncharacterized protein ypiF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 2,183,178 | 0 | C | T | 96.6% | 260.0 / ‑2.2 | 88 | P117P (CCG→CCA) | U712_10935 | Uncharacterized protein ypiF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base T (37/48); total (38/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAGCCAAAATATTGTTTATAAGGAAATGTAAGTGTTTTTATTAGGTGCTCCACAACTGTAACAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCTAATATTTTTCTTTTTAAGGAGTCATTTAAATGCTCTAACGGAACAGACGGTGTAACAATGATTTTGCCTAACGCATCCTCGCTTTTCCAATTTTCATCAGACGTGAGCAGCACAACATGCGGAAATTCTGATATAAGCTCTTCCCGCAAATCCCTAAGTCCTTGAACGGTTATT > CP006881/2183045‑2183313 | taGCCAAAATATTGTTTATAAGGAAATGTAAGTGTTTTTATAAAGTGCTCCATAACTGTAACAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCCAATATTTTTCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGaa < 4:139637/138‑1 (MQ=255) gCCAAAATATTGTTTATAATGAAATGTAAGTGTTTTTATAAAGTGCTCCATAACTGTAACAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCCAATATTTTTCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACa < 7:73292/138‑1 (MQ=255) gCCAAAATATTGTTTATAAGGAAATGTAAGTGTTTTTATAAAGTGCTCCATAACTGTAACAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCCAATATTTTTCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACa < 1:38916/138‑1 (MQ=255) ccAAAATATTGTTTATAAGGAAATGTAAGTGTTTTTATTAGGTGCTCCACAACTGTAACAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCTAATATTTTTCTTTTTAAGGAGTCATTTAAATGCTCTAACGGAACAGa > 1:425726/1‑139 (MQ=255) 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tAACAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCCAATATTTTTCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCAtt > 1:270700/1‑100 (MQ=255) tAACAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCCAATATTTTTCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGat > 1:226690/1‑138 (MQ=255) tAACAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCCAATATTTTTCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGat < 7:68669/139‑2 (MQ=255) tAACAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCCAATATTTTTCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGat < 5:331648/139‑2 (MQ=255) tAACAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCCAATATTTTTCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGat > 7:318327/1‑138 (MQ=255) tAACAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCCAATATTTTTCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGat > 8:360552/1‑138 (MQ=255) 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aCAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCCAATATTTTTCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGt > 5:51353/1‑139 (MQ=255) aCAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCCAATATTTTTCTTTTTAAAGAGTAATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGt > 5:58197/1‑139 (MQ=255) aCAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGGTCATCCAAGATTTTTCTTTTTAAAGAGTCATTTAATTGCTCTAATGGATCAGACGAGGTACGCATCATTTTGCCTATCGCATCCTCCGGTCTCCACGTTTCGTCAGATGt > 2:404460/1‑139 (MQ=255) aaaCGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCCAATATTTTTCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGag < 6:161753/139‑1 (MQ=255) aaaCGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCCAATATTTTTCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGag < 5:189907/139‑1 (MQ=255) aaaCGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCCAATATTTTTCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGag < 7:189483/139‑1 (MQ=255) 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agAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTa < 5:176230/138‑1 (MQ=255) agAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTa < 2:133236/138‑1 (MQ=255) agAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTa < 7:360552/138‑1 (MQ=255) gAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTaa < 5:48506/139‑1 (MQ=255) aGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTAAg < 2:402990/139‑1 (MQ=255) gTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTAAg < 3:76220/138‑1 (MQ=255) 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ctctAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAACTTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTAAGCCCTTGAACGGt > 2:106618/1‑138 (MQ=255) tctAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCa > 2:418247/1‑115 (MQ=255) tctAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCa < 1:418247/115‑1 (MQ=255) tAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTa < 2:423440/121‑1 (MQ=255) tAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTa > 1:423440/1‑121 (MQ=255) tAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTAAGCCCTTGAACGGTTatt > 3:193593/1‑139 (MQ=255) | TAGCCAAAATATTGTTTATAAGGAAATGTAAGTGTTTTTATTAGGTGCTCCACAACTGTAACAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCTAATATTTTTCTTTTTAAGGAGTCATTTAAATGCTCTAACGGAACAGACGGTGTAACAATGATTTTGCCTAACGCATCCTCGCTTTTCCAATTTTCATCAGACGTGAGCAGCACAACATGCGGAAATTCTGATATAAGCTCTTCCCGCAAATCCCTAAGTCCTTGAACGGTTATT > CP006881/2183045‑2183313 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |