Predicted mutation | ||||||
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RA | CP006881 | 2,172,830 | A→C | L306L (CTT→CTG) | U712_10870 ← | Bifunctional protein BirA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 2,172,830 | 0 | A | C | 98.9% | 296.5 / NA | 91 | L306L (CTT→CTG) | U712_10870 | Bifunctional protein BirA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base C (39/51); total (39/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTTATAATAGGTGCAGTTCGCAGGCGATACTGCCCAATGGAAGTATACCAAAATCAACGGGCTTATACCAACACATTAACCCAATTCAATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCCTGCGTTTCTAAAAGAAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCTTCCCGTAAAAGGTTCCGTTTAACGTTCTGGCTCTCATATTAGTGCCGATTCCCAACGCATAACTTTCCCATAAAAGCTTAATCGGCGTAAAACCGTGTG > CP006881/2172695‑2172960 | ttaataataGGTGCAGTTCGCAGGCGATACTGCCCAATGGAAGTATACCAAAATCAACGGGCTTGTACCAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAaagcag > 6:7687/4‑138 (MQ=255) ttaataataGGTGCAGTTCGCAGGCGATACTGCCCAATGGAAGTATACCAAAATCAACGGGCTTGTACCAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAaagcag > 6:46398/4‑138 (MQ=255) ttaataataGGTGCAGTTCGCAGGCGATACTGCCCAATGGAAGTATACCAAAATCAACGGGCTTGTACCAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAagcaga > 5:327899/4‑139 (MQ=255) taataataGGTGCAGTTCGCAGGCGATACTGCCCAATGGAAGTATACCAAAATCAACGGGCTTGTACCAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAagcaga < 7:327136/136‑1 (MQ=255) taataataGGTGCAGTTCGCAGGCGATACTGCCCAATGGAAGTATACCAAAATCAACGGGCTTGTACCAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAagcaga < 2:344800/136‑1 (MQ=255) taataataGGTGCAGTTCGCAGGCGATACTGCCCAATGGAAGTATACCAAAATCAACGGGCTTGTACCAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAagcaga < 8:68532/136‑1 (MQ=255) aattataGGTGCAGTTCGCAGGCGATACTGACCAATGGAAGTATACCAAAATCAAAGGGCTTGTACCAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAgcagaa < 3:278703/134‑1 (MQ=255) aataGGTGCAGTTCGCAGGCGATACTGCCCAATGGAAGTATACCAAACTCCACGGGCTTGTACCAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGcc < 8:348065/139‑1 (MQ=255) aGGTGCAGTTCGCAGGCGATACTGCCCAATGGAAGTATACCAAAATCAACGGGCTTGTACCAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCtt > 2:258321/1‑138 (MQ=255) ggTGCAGTTCGCAGGCGATACTGCCCAATGGAAGTATACCAAAATCAACGGGCTTGTACCAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTtc < 6:148821/138‑1 (MQ=255) ggTGCAGTTCGCAGGCGATACTGCCCAATGGAAGTATACCAAAATCAACGGGCTTGTACCAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTtc < 8:348032/138‑1 (MQ=255) ggTGCAGTTCGCAGGCGATACTGCCCAATGGAAGTATACCAAAATCAACGGGCTTGTACCAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTtc < 6:416625/138‑1 (MQ=255) gTGCAGTTCGCAGGCGATACTGCCCAATGGAAGTATACCAAAATCAACGGGCTTGTACCAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTtcat < 5:295181/139‑1 (MQ=255) gTGCAGTTCGCAGGCGATACTGCCCAATGGAAGTATACCAAAATCAACGGGCTTGTACCAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTtcat < 5:7687/139‑1 (MQ=255) gTGCAGTTCGCAGGCGATACTGCCCAATGGAAGTATACCAAAATCAACGGGCTTGTACCAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTtcat < 6:107475/139‑1 (MQ=255) cAGTTCGCAGGCGATACTGCCCAATGGAAGTATACCAAAATCAACGGGCTTGTACCAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTcatcat < 7:128845/139‑1 (MQ=255) ttCGCAGGCGATACTGCCCAATGGAAGTATACCAAAATCAACGGGCTTGTACCAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCta < 2:442336/139‑1 (MQ=255) aGGCGATACTGCCCAATGGAAGTATACCAAAATCAACGGGCTTGTACCAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATAcc > 6:199225/1‑138 (MQ=255) aGGCGATACTGCCCAATGGAAGTATACCAAAATCAACGGGCTTGTACCAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATAcc > 1:224885/1‑138 (MQ=255) aGGCGATACTGCCCAATGGAAGTATACCAAAATCAACGGGCTTGTACCAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATAcc > 4:212416/1‑138 (MQ=255) ggCGATACTGCCCAATGGAAGTATACCAAAATCAACGGGCTTGTACCAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTa < 6:54665/139‑1 (MQ=255) aTACTGCCCAATGGAAGTATACCAAAATCAACGGGCTTGTACCAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGc > 5:401223/1‑139 (MQ=255) 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cAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCTTACCGTAAAAGGTTCCGTTTAACGTTCTGGCTCTCATAtt < 5:435752/139‑1 (MQ=255) cAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCTTACCGTAAAAGGTTCCGTTTAACGTTCTGGCTCTCATAtt < 2:69177/139‑1 (MQ=255) cAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCTTACCGTAAAAGGTTCCGTTTAACGTTCTGGCTCTCATAtt < 3:299093/139‑1 (MQ=255) cAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCTTACCGTAAAAGGTTCCGTTTAACGTTCTGGCTCTCATAtt < 1:258321/139‑1 (MQ=255) cAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCTTACCGTAAAAGGTTCCGTTTAACGTTCTGGCTCTCATAtt < 3:366947/139‑1 (MQ=255) cAACACATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCTTACCGTAAAAGGTTCCGTTTAACGTTCTGGCTCTCATAtt < 4:388515/139‑1 (MQ=255) 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acacATTAGCCCAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGAAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCTTACCGTAAAAGGTTCCGTTTAACGTTCTGGCTCTCATATTAg < 4:326242/139‑1 (MQ=255) cccAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTtca > 2:147804/1‑69 (MQ=255) cccAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTtca < 1:147804/69‑1 (MQ=255) cccAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCTTACCGTAAAAGGTTCCGTTTAACGTTCTGGCTCTCATATTAGTGCCAAtac > 2:32325/1‑137 (MQ=255) ccAATTCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCTTACCGTAAAAGGTTCCGTTTAACGTTCTGGCTCTCATATTAGTGCCAATAcc < 6:327899/139‑1 (MQ=255) ttCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCTTACCGTAAAAGGtt < 7:381808/97‑1 (MQ=255) ttCGATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCTTACCGTAAAAGGtt > 8:381808/1‑97 (MQ=255) 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gCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCTTACCGTAAAAGGTTCCGTTTAACGTTCTGGCTCTCATATTAGTGCCAATACCGAGCGCATAGCttt > 1:247455/1‑139 (MQ=255) tAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCTTACCGTAAAAGGTTCCGTTTAACGTTCTGGCTCTCATATTAGTGCCAATACCGAGCGCATAGCTTTCCCATa < 8:94125/139‑1 (MQ=255) tAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCTTACCGTAAAAGGTTCCGTTTAACGTTCTGGCTCTCATATTAGTGCCAATACCGAGCGCATAGCTTTCCCATa < 6:401223/139‑1 (MQ=255) tAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCTTACCGTAAAAGGTTCCGTTTAACGTTCTGGCTCTCATATTAGTGCCAATACCGAGCGCATAGCTTTCCCATa < 5:184384/139‑1 (MQ=255) tAGATTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCTTACCGTAAAAGGTTCCGTTTAACGTTCTGGCTCTCATATTAGTGCCAATACCGAGCGCATAGCTTTCCCATa < 1:133899/139‑1 (MQ=255) aTTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCt < 7:180347/64‑1 (MQ=255) aTTTTTTTAATGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCt > 8:180347/1‑64 (MQ=255) aaTGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCTTACCGTAAAAGGTTCCGTTTAACGTTCTGGCTCTCATATTAGTGCCAATACCGAGCGCATAGCTTTCCCATAAAAGCTTAAt < 4:426717/138‑1 (MQ=255) aaTGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCTTACCGTAAAAGGTTCCGTTTAACGTTCTGGCTCTCATATTAGTGCCAATACCGAGCGCATAGCTTTCCCATAAAAGCTTAAt < 4:345951/138‑1 (MQ=255) aaTGCCTTCGTTCGTTTCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCTTACCGTAAAAGGTTCCGTTTAACGTTCTGGCTCTCATATTAGTGCCAATACCGAGCGCATAGCTTTCCCATAAAAGCTTAAt < 1:285347/138‑1 (MQ=255) tttCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCTTACCGTAAAAGGTTCCGTTTAACGTTCTGGCTCTCATATTAGTGCCAAAACCGAGCGCATAGCTTTCCCATAAAAGCTTAATCGGCGTAAATCCgtg > 5:25980/1‑139 (MQ=255) tCTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCTTACCGTAAAAGGTTCCGTTTAACGTTCTGGCTCTCATATTAGTGCCAATACCGAGCGCATAGCTTTCCCATAAAAGCTTAATCGGCGTAAATCCgtgc < 2:247455/138‑2 (MQ=255) cTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCTTACCGTAAAAGGTTCCGTTTAACGTTCTGGCTCTCATATTAGTGCCAATACCGAGCGCATAGCTTTCCCATAAAAGCTTAATCGGCGTAAATCCgtgcg < 6:25980/138‑3 (MQ=255) cTAAAAGCAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCTTACCGTAAAAGGTTCCGTTTAACGTTCTGGCTCTCATATTAGTGCCAATACCGAGCGCATAGCTTTCCCATAAAAGCTTAATCGGCGTAAATCCgtgcg < 3:362792/138‑3 (MQ=255) | TTTATAATAGGTGCAGTTCGCAGGCGATACTGCCCAATGGAAGTATACCAAAATCAACGGGCTTATACCAACACATTAACCCAATTCAATATCGGCAGAATAGATTTTTTTAATGCCTTCCTGCGTTTCTAAAAGAAGAACGCCTTCATCATCTATACCTAACGCCTTCCCGTAAAAGGTTCCGTTTAACGTTCTGGCTCTCATATTAGTGCCGATTCCCAACGCATAACTTTCCCATAAAAGCTTAATCGGCGTAAAACCGTGTG > CP006881/2172695‑2172960 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |