| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 2,185,555 | A→T | intergenic (‑90/+57) | U712_10945 ← / ← U712_10950 | TPR repeat‑containing protein ypiA/Hypothetical Protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 2,185,555 | 0 | A | T | 97.8% | 272.8 / ‑4.3 | 89 | intergenic (‑90/+57) | U712_10945/U712_10950 | TPR repeat‑containing protein ypiA/Hypothetical Protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (37/50); total (38/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCAACTAATTTTATGGCTTCTTGAATCAATGTATTCAAATCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATAGAACATCAACCATAC‑AAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAAAGCCCCCGGCAAATAAGATGCTTGCTGTACGGCAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCAAAAGTTCTTGAGATAGAAAATGAAAAAAGGAAGATCGCCCTCTGTACAGTAAAACAGCCCTCTGACCTGCCGTT > CP006881/2185427‑2185691 | ttCAACTAATTTTATGGCTTCTTGAATCAATGTATTCAAATCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGc < 5:333859/139‑1 (MQ=255) cAACTAATTTTATGGCTTCTTGAATCAATGTATTCAAATCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCa < 2:67285/138‑1 (MQ=255) aTTTTATGGCTTCTTGAATCAATGTATTCAAATCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGa < 1:201872/139‑1 (MQ=255) aTTTTATGGCTTCTTGAATCAATGTATTCAAATCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGa < 3:422668/139‑1 (MQ=255) aTTTTATGGCTTCTTGAATCAATGTATTCAAATCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGa < 7:7676/139‑1 (MQ=255) ttttATGGCTTCTTGAATCAATGTATTCAAATCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGa > 1:244827/1‑138 (MQ=255) ttttATGGCTTCTTGAATCAATGTATTCAAATCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGa < 2:244827/138‑1 (MQ=255) aTGGCTTCTTGAATCAATGTATTCACATCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATGCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGAtgct > 6:354149/1‑138 (MQ=255) aTGGCTTCTTGAATCAATGTATTCAAATCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGAtgctt < 4:370077/139‑1 (MQ=255) tGGCTTCTTGAATCAATGTATTCAAATCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGAtgctt < 7:218317/138‑1 (MQ=255) tGGCTTCTTGAATCAATGTATTCAAATCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGAtgctt < 2:157621/138‑1 (MQ=255) cttGAATCAATGTATTCAAATCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTa < 6:227957/137‑1 (MQ=255) cttGAATCAATGTATTCAAATCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACg > 6:73831/1‑139 (MQ=255) cttGAATAAATGTATTCAAATCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTa < 5:288715/137‑1 (MQ=255) actCAATGTATTCAAATCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACggaa < 8:353850/136‑3 (MQ=255) aaTCAATGTATTCAAATCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATAC‑AAATAAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACggaa < 7:445635/138‑3 (MQ=255) tGTATTCAAATCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAat > 1:337896/1‑138 (MQ=255) tGTATTCAAATCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAat > 3:337144/1‑138 (MQ=255) ttaaaaTCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCAATACAACAACAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTGCGGGATAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAattatt < 2:443483/135‑1 (MQ=255) ttCATATCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTg < 2:54951/139‑1 (MQ=255) ttCAAATCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAattatt > 5:164071/1‑138 (MQ=255) cAAATCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGa < 8:419203/138‑1 (MQ=255) aTCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTTATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACggaa < 8:410100/123‑3 (MQ=255) aTCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTTATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACggaa > 7:410100/1‑121 (MQ=255) aTCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGAGTCt > 3:392683/1‑139 (MQ=255) aCCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGc < 8:55101/95‑1 (MQ=255) aCCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGc > 7:55101/1‑95 (MQ=255) aCCGGTCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGAGTCttatta > 8:140423/1‑139 (MQ=255) tCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTg < 6:254338/124‑1 (MQ=255) tCCTTTCTTTTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTg > 5:254338/1‑124 (MQ=255) tCCTTTCTTTTACTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTAGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTa > 3:393860/1‑139 (MQ=255) tctttTCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCaa > 3:15646/1‑138 (MQ=255) ttCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGa < 5:300830/89‑1 (MQ=255) ttCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGa > 6:300830/1‑89 (MQ=255) tCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCaa > 4:93801/1‑133 (MQ=255) tCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCaa < 3:93801/133‑1 (MQ=255) tCCTATACAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCAAAAGATc > 7:147249/1‑139 (MQ=255) tataCAACATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCAAAAGATCtt > 5:339779/1‑138 (MQ=255) cATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTg > 8:377525/1‑104 (MQ=255) cATCAACCATACAAAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTg < 7:377525/104‑1 (MQ=255) 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gCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCAAAAGATCTTGAGATAGAAAATGAAAAAAGGAAGATc < 4:392683/139‑1 (MQ=255) ttATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCAAAAGATCTTGAGATAGAAAATGAAAAAAGGAAGATCGcc > 6:136007/1‑139 (MQ=255) ttATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCAAAAGATCTTGAGATAGAAAATGAAAAAAGGAAGATCGcc > 1:35055/1‑139 (MQ=255) tATTTGTTCGGGTTACTCGTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCAAAAGATCTTGAGATAGAAAATGAAAAAACGAAGATCGcc < 2:68540/138‑1 (MQ=255) tATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCAAAAGATCTTGAGATAGAAAATGAAAAAAGGAAGATCGcc < 5:67605/138‑1 (MQ=255) tATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCAAAAGATCTTGAGATAGAAAATGAAAAAAGGAAGATCGcc < 2:337896/138‑1 (MQ=255) 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tttGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCAAAAGATCTTGAGATAGAAAATGAAAAAAGGAAGATCGCCct < 6:339779/138‑1 (MQ=255) tttGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCAAAAGATCTTGAGATAGAAAATGAAAAAAGGAAGATCGCCct < 1:277532/138‑1 (MQ=255) tttGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCAAAAGATCTTGAGATAGAAAATGAAAAAAGGAAGATCGCCct < 4:15646/138‑1 (MQ=255) tttGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCAAAAGATCTTGAGATAGAAAATGAAAAAAGGAAGATCGCCct < 6:164071/138‑1 (MQ=255) tttGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCAAAAGATCTTGAGATAGAAAATGAAAAAAGGAAGATCGCCct < 1:169207/138‑1 (MQ=255) gttGTTCGGGTTATTATTTTGATAATTCAGTCGAAAGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCAAAAGATCTTGAGATAGAAAATGAAAAAAGGAAGATCGCCct < 2:424431/137‑1 (MQ=255) 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tCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCAAAAGATCTTGAGATAGAAAATGAAAAAAGGAAGATCGcc > 1:168467/1‑117 (MQ=255) tCATAATTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCAAAAGATCTTGAGATAGAAAATGAAAAAAGGAAGATCGCCCTCTGTACAGTAAAGCAGctct > 3:303727/1‑139 (MQ=255) tCATAATTCAGACGAAAGCCCCCGGCAAATAAGATGCTTGCTGTACGGCAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCAAAAGTTCTTGAGATAGAAAATGAAAAAAGGAAGATCGCCCTCTGTACAGTAAAACAGcc > 5:101749/1‑138 (MQ=255) aTTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCAAAAGATCTTGAGATAGAAAATGAAAAAAg < 3:173942/102‑1 (MQ=255) aTTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCAAAAGATCTTGAGATAGAAAATGAAAAAAg > 4:173942/1‑102 (MQ=255) aTTCAGACGAATGCCCCCGGCAAATAAGATGCTT‑CTGTACGGAAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCAAAAGATCTTGAGATAGAAAATGAAAAAAGGAAGATCGCCCTCTGTACAGTAAAGCAGCTCTTTGAc > 4:316446/1‑139 (MQ=255) aaaGCCCCCGGCAAATAAGATGCTTGCTGTACGGCAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCAAAAGTTCTTGAGATAGAAAATGAAAAAAGGAAGATCGCCCTCTGTACAGTAAAACAGCCCTCTGACCTGCCGtt < 6:101749/139‑1 (MQ=255) | TTCAACTAATTTTATGGCTTCTTGAATCAATGTATTCAAATCGGACCGGTCCTTTCTTTTCCTATAGAACATCAACCATAC‑AAA‑AAAGCTTTATTTGTTCGGGTTAATCTTATCATAATTCAGACGAAAGCCCCCGGCAAATAAGATGCTTGCTGTACGGCAGGGAATTATTGAGTCTTATTAGTTTACCAAAAGTTCTTGAGATAGAAAATGAAAAAAGGAAGATCGCCCTCTGTACAGTAAAACAGCCCTCTGACCTGCCGTT > CP006881/2185427‑2185691 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |