| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 2,183,220 | 3 bp→AGC | coding (307‑309/444 nt) | U712_10935 ← | Uncharacterized protein ypiF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 2,183,220 | 0 | G | A | 98.9% | 279.2 / NA | 88 | S103A (AGC→GCT) | U712_10935 | Uncharacterized protein ypiF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (31/56); minor base C (1/0); total (32/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP006881 | 2,183,221 | 0 | C | G | 100.0% | 289.0 / NA | 88 | S103A (AGC→GCT) | U712_10935 | Uncharacterized protein ypiF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (32/56); total (32/56) | |||||||||||
| * | CP006881 | 2,183,222 | 0 | T | C | 98.9% | 284.0 / NA | 88 | S103A (AGC→GCT) | U712_10935 | Uncharacterized protein ypiF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (31/56); minor base G (1/0); total (32/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACTGTAACAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCTAATATTTTTCTTTTTAAGGAGTCATTTAAATGCTCTAACGGAACAGACGGTGTAACAATGATTTTGCCTAACGCATCCTCGCTTTTCCAATTTTCATCAGACGTGAGCAGCACAACATGCGGAAATTCTGATATAAGCTCTTCCCGCAAATCCCTAAGTCCTTGAACGGTTATTTCATTTCTATCAACATATGTATATGGGGGCAGTAAAT > CP006881/2183099‑2183350 ||| aCTGTAACAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCCAATATTTTTCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTtcgtc < 3:438127/139‑1 (MQ=255)aCTGTAACAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCCAATATTTTTCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTtcgt < 7:277437/138‑3 (MQ=255) gTAACAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCCAATATTTTTCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTtcgt > 1:304286/1‑133 (MQ=255) tAACAAAACGTTCAAAATTTCATCAGTGCGTTCATCCAATATTTTTCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTATCGTCAGat < 2:361792/139‑2 (MQ=255) 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ttCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCCAATATTTTTCTTTTTAAAGAGTAATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGagcagga < 6:58197/139‑3 (MQ=255) cagcagTGCGTTCATCCAATATTTTTCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCg > 6:17379/1‑138 (MQ=255) aTCCAATATTTTTCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGttat < 2:153970/138‑1 (MQ=255) caaTATTTTTCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGc > 3:165665/2‑139 (MQ=255) atatTTTTCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCAGTTATCAGctc > 6:176230/1‑139 (MQ=255) tttCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTccc > 4:198141/1‑139 (MQ=255) tttCTTTTTAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTccc > 1:151090/1‑139 (MQ=255) ttttAAAGAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATGCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCaa < 5:416667/138‑1 (MQ=255) aagAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATcctt < 5:360729/137‑3 (MQ=255) aagAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATcctt < 3:411194/137‑3 (MQ=255) agAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTa < 6:336794/138‑1 (MQ=255) agAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTa < 5:176230/138‑1 (MQ=255) agAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTa < 2:133236/138‑1 (MQ=255) agAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTa < 7:360552/138‑1 (MQ=255) gAGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTaa < 5:48506/139‑1 (MQ=255) aGTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTAAg < 2:402990/139‑1 (MQ=255) gTCATTTAAATGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTAAg < 3:76220/138‑1 (MQ=255) tAAAAGCTCTAATGGAACAGACGATGTAACAATCAATTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTAAGCCCTTg < 2:337926/138‑1 (MQ=255) 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tctAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCa < 1:418247/115‑1 (MQ=255) tAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTa > 1:423440/1‑121 (MQ=255) tAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTa < 2:423440/121‑1 (MQ=255) tAATGGAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTAAGCCCTTGAACGGTTatt > 3:193593/1‑139 (MQ=255) tggAACAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTAAGCCCTTGAACGGTTatttca < 8:276332/138‑1 (MQ=255) aaCAGACGATGTAACAATCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTAAGCCCTTGAACGGTTatttcattt < 5:387505/139‑1 (MQ=255) 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aaTCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTAAGCCCTTGCACGGTTATTTCATTTCTATAAACATATGta > 4:250285/1‑139 (MQ=255) aaTCATTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTAAGCCCTTGAACGGTTATTTCATTTCTATCAACATATGta < 7:416924/139‑1 (MQ=255) tcaTTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTAAGCCCTTGAACGGTTatttca > 6:97013/3‑119 (MQ=255) tcaTTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTAAGCCCTTGAACGGTTatttca < 5:97013/117‑1 (MQ=255) tcaTTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTAAGCCCTTGAACGGTTATTTCATTTCTATc < 2:425987/125‑1 (MQ=255) tcaTTTTGCCTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTAAGCCCTTGAACGGTTATTTCATTTCTATc > 1:425987/3‑127 (MQ=255) 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ccTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTAAGCCCTTGAACGGTTATTTCATTTCTATCAACATATGTATAAggcggaa < 5:17379/139‑3 (MQ=255) ccTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTAAGCCCTTGAACGGTTATTTCATTTCTATCAACATATGTATAAggcggaa < 2:420980/139‑3 (MQ=255) ccTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTAAGCCCTTGAACGGTTATTTCATTTCTATCAACATATGTATAAggcggaa < 5:58953/139‑3 (MQ=255) ccTAACGCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTAAGCCCTTGAACGGTTATTTCATTTCTATCAACATATGTATAAggcggaa < 7:105845/139‑3 (MQ=255) ccTAACGCATCCTCAGCTCACCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTAAGCCCTTGAACGGTTATTTCATTTCTATCAACATATGTATAAggcggaa < 5:434094/139‑3 (MQ=255) gCATCCTCAGCTCTCCAACTTTCGTCAGATGTGAGCAGGACAACATGCGGAAATTCCGTTATCAGCTCTTCCCGCAAATCCTTAAGCCCTTGAACGGTTATTTCATTTCTATCAACATATGTATAAGGCGGAAGTAAat < 5:40057/139‑1 (MQ=255) ||| ACTGTAACAAAACGTTCAAAATTTCAGCAGTGCGTTCATCTAATATTTTTCTTTTTAAGGAGTCATTTAAATGCTCTAACGGAACAGACGGTGTAACAATGATTTTGCCTAACGCATCCTCGCTTTTCCAATTTTCATCAGACGTGAGCAGCACAACATGCGGAAATTCTGATATAAGCTCTTCCCGCAAATCCCTAAGTCCTTGAACGGTTATTTCATTTCTATCAACATATGTATATGGGGGCAGTAAAT > CP006881/2183099‑2183350 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |