| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 2,538,136 | Δ1 bp | 6.3% | intergenic (‑19/+244) | U712_13030 ← / ← U712_13035 | UPF0053 protein yrkA/Uncharacterized protein yrzO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 2,538,136 | 0 | A | . | 6.3% | 197.7 / 6.9 | 63 | intergenic (‑19/+244) | U712_13030/U712_13035 | UPF0053 protein yrkA/Uncharacterized protein yrzO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/29); new base . (2/2); total (31/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 | |||||||||||
AGTTGGTCAATTTTTGATGACCTGATCTTTACTATCGCAAATTCAGTCGCAACAAAAAATGCTGTTAAGACAATTAAAAGAGTAAAGATTATAAGGTTAATGGTTGTCAATGATTTGCCTTACCTAGTAAGGCGTACACCTCCGATGTAAATATTTATTGAATAAACAAAAAACAGTATATATAACATTATAAGTTCAAAAGAACCTAAAATCAACTCTGAATGATGTAAATAATCATCTTTTTCCGTATGGAGAGTGGTTCCCA > CP006881/2538008‑2538272 | aGTTGGTCAATTTTTGATGACCTGATCTTTACTATCGCAAATTCAGTCGCAACAAAAAATGCTGTTAAGACAATTAAAAGAGTAAAGATTATAAGGTTAATGGTTGTCAATGATTTGCCTTACCTAGTAAGGCGTacac > 2:240538/1‑139 (MQ=255) ggcAATTTTTGCTGACCTGATCTTTACTATCGCAAAATCAGGCCCAACCAAAAAAGCTGTTAAGCCAATAAAAAGAGTAAAGATTATAAGGTTAATGGTTGTCAATGATTTGCCTTACCTAGTAAGGCGTACACCTcc < 8:212298/136‑1 (MQ=255) gTCAATTTTTGATGACCTGATCTTTACTATCGCAAATTCAGTCGCAACAAAAAATGCTGTTAAGACAATTAAAAGAGTAAAGATTATAAGGTTAATGGTTGTCAATGATTTGCCTTACCTAGTAAGGCGTACACCTcc > 2:72026/1‑138 (MQ=255) tcaggtccTGATCTTTACTATCTGAAATTCAGTCGCAAAAAAAAATGCTGTTAAGACAATTAAAAGAGTAAAGATTATAAGGTTAATGGTTGTCAATGATTTGACTTACCTAGTAAGGCGTACACCTCCGATGTAAat < 2:282525/132‑1 (MQ=255) 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gTAAGGCGTACACCTCCGATGTAAATATTTATTGAATAAACAAAAAACAGTATATATAACATTATAAGTTCAAAAGAACCTAAAATCAACTCTGAATGATGTAAATAATCATCTTTTTCCGTATGGAGAGTGGTTCCCa < 4:235080/139‑1 (MQ=255) tAAGGCGTACACCTCCGATGTAAATATTTATTGAATAAACAAAAAACAGTATATATAACATTATAAGTTCAAAAGAACCTAAAATCAACTCTGAATGATGTAAATAATCATCTTTTTCCGTATGGAGAGTGGTTCCCa > 3:222991/1‑138 (MQ=255) | AGTTGGTCAATTTTTGATGACCTGATCTTTACTATCGCAAATTCAGTCGCAACAAAAAATGCTGTTAAGACAATTAAAAGAGTAAAGATTATAAGGTTAATGGTTGTCAATGATTTGCCTTACCTAGTAAGGCGTACACCTCCGATGTAAATATTTATTGAATAAACAAAAAACAGTATATATAACATTATAAGTTCAAAAGAACCTAAAATCAACTCTGAATGATGTAAATAATCATCTTTTTCCGTATGGAGAGTGGTTCCCA > CP006881/2538008‑2538272 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |