| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 3,723,097 | T→G | 100% | intergenic (‑211/‑90) | U712_19190 ← / → U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 3,723,097 | 0 | T | G | 100.0% | 211.4 / ‑6.6 | 57 | intergenic (‑211/‑90) | U712_19190/U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (19/37); total (20/37) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑T‑G‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAACCATCAAAGAAAGCAGGAAAAAACAATGGAAACTCAAGCATTGCAAAAAGTTGAACAGTACGC > CP006881/3722977‑3723224 | tAGGTCGTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCTCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTT‑T‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGAAAAAAATTCGTa < 2:278078/138‑1 (MQ=255) ggTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTaaa > 6:35724/1‑138 (MQ=255) gCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTaat > 1:314410/1‑137 (MQ=255) gCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTaa < 3:46428/138‑2 (MQ=255) gCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTaa < 3:167645/138‑2 (MQ=255) gCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTAAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTGAACTT‑T‑TTTTTTAGTTAATTAGTTTGATATTACATGTAGACAAAAATTCGTTAAAATTaat > 5:306315/1‑137 (MQ=255) gCCTGCTTTACCAGTCACAATCACGCTTAATCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTaa < 4:266177/138‑2 (MQ=255) tACCAGTCACAATGCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGAAAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaa < 3:237349/138‑1 (MQ=255) aCCTGTCACAACCCCGCTTAATCAGAATAAGAATACGCTTACATCATAAATCATGATAGCGGTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTAGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 6:84051/139‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 6:84053/138‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATAc > 8:346511/1‑139 (MQ=255) aGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACtt < 8:173727/139‑1 (MQ=255) aTCCCGGTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 2:281898/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 6:260248/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 6:330166/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 1:200780/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:280792/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 5:125086/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 7:225398/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 1:41592/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 6:204333/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 1:45528/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGCTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:160924/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCATATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGGTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 2:299087/139‑1 (MQ=255) tCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAatat > 4:286221/1‑139 (MQ=255) gCTTCTTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 8:15162/139‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 5:324904/139‑1 (MQ=255) cTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 1:127228/1‑133 (MQ=255) cTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 2:127228/133‑1 (MQ=255) ttCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCtata < 7:283363/139‑1 (MQ=255) ttCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCtat < 2:26213/138‑1 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGa < 1:327707/110‑1 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGa > 2:327707/1‑110 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 6:256589/124‑1 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 5:256589/1‑124 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg > 4:71537/1‑129 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 3:71537/129‑1 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATg > 6:295696/1‑139 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGGAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATg > 4:210646/1‑139 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAA‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGATATACTAt > 4:201843/1‑138 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGAGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATg > 5:20519/1‑139 (MQ=255) tACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCa < 5:296013/139‑1 (MQ=255) tACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCa > 7:194624/1‑139 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCAt > 4:303282/1‑138 (MQ=255) aGCGTTTTCGTCAAC‑TAT‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATTTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAATCAGGAAAATACAAt > 1:12090/1‑139 (MQ=255) gTCAAC‑T‑ATTTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAACGCAGGAAAAGACAATGGAAACTc > 8:42298/1‑138 (MQ=255) gTCAAC‑T‑ATTTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTc > 8:44770/1‑138 (MQ=255) gTCAAC‑T‑ATTTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCa < 2:314410/139‑1 (MQ=255) tttttAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCATTACa < 7:346511/138‑1 (MQ=255) tttttAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCATTACa < 3:201843/138‑1 (MQ=255) tttttAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCATTACa < 5:295696/138‑1 (MQ=255) tttttAGTTAAATAGCTTGATATAACATGGAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAAAGGAAACTCAAGCATTACa < 6:313563/138‑1 (MQ=255) gTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATTCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCATTACAAAAGGtt < 1:81094/139‑1 (MQ=255) gTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATTAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCATTACAAAAGGtt < 3:210646/139‑1 (MQ=255) tGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCATTACaaa > 5:21628/1‑123 (MQ=255) tGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCATTACaaa < 6:21628/123‑1 (MQ=255) tGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAACTCAAGCATTACAAAAGGTTGAACAGTATGc > 6:59157/1‑139 (MQ=255) | TAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑T‑G‑TTTTTTAGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAACCATCAAAGAAAGCAGGAAAAAACAATGGAAACTCAAGCATTGCAAAAAGTTGAACAGTACGC > CP006881/3722977‑3723224 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |