Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 948,353 | T→G | 21.0% | L140R (CTT→CGT) | U712_04645 → | putative lipoprotein yhcJ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 948,353 | 0 | T | G | 21.0% | 104.5 / 4.9 | 56 | L140R (CTT→CGT) | U712_04645 | putative lipoprotein yhcJ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/31); new base G (10/2); total (22/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.33e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTTAATTTGGCACCGCTCGGGACGACATACATAACGCCCATGGGCATTTATTCAAAACGATATGAACGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTTTCTGTTCCGGATAAAGCGTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGATATGATTAAAGATAATCCGAGACACCTGAAATTAAAAGCTGTCCGGCAACAGGATGCAGTGAG > CP006881/948217‑948482 | ctaaaTTTGGCACCGCTCCGGACGACATACAAAACGCCCATGGGCATTTATTCAAAACGATATGAACGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTTTCTGTTCCGGATAAAGCGTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTa < 6:229216/136‑1 (MQ=255) aaTTTGGCACCGCTCGGGACGACATACATAACGCCCATGGGCATTTATTCAAAACGATATGAACGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTTTCTGTTCCGGATAAAGCGTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACg < 8:53925/138‑1 (MQ=255) cTCGGGACGACATACATAACGCCCATGGGCATTTATTCAAAACGATATGAACGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTTTCTGTTCCGGATAAAGCGTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAg < 5:151220/139‑1 (MQ=255) ggACGACATACATAACGCCCATGGGCATTTATTCAAAACGATATGAACGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTTTCTGTTCCGGATAAAGCGGTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCggg < 6:155252/139‑1 (MQ=255) catacataACGCCCATGGGCATTTATTCAAAACGATATGAACGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTTTGTGTTTCGGAGAAATCGTTCGGGTTTTGCCGGGCG‑CGGAAGGGGGTGCAGGCAGCGGGGTTGc > 7:14639/1‑138 (MQ=255) catacataACGCCCATGGGCATTTATTCAAAACGATATGAACGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTGTGTGTTGCGGATAAAGCGGTCGATTTTTGGAGGGCG‑CGTACGGGGGGACAGGAAGCGGGGTTggt > 1:193984/1‑137 (MQ=255) catacataACGCCCATGGGCATTTATTCAAAACGATATGAACGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTGTGGGTTGCGGTTAAAGCGGGCGATTTTGGGGGGGGG‑CGGTCGGTGGTGCCGGAAGGGGGttttgt > 3:81428/1‑136 (MQ=255) ataACGCCCATGGGCATTTATTCAAAACGATATGAACGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTTTTTGTTAGCGAAAAAAAGTTAGATTTTTTAAGTGCGCCTAACGGT‑CTCCAGGAACCGGGTTTTCTTActt > 6:275411/1‑137 (MQ=255) cGCCCATGGGCATTTATTCAAAACGATATGAACGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTTTTTGTTCCGGATTTATCGTTAGATTTTTGGAGGGCG‑CTTACAGTGCTCCAGGTAGCGGGTTTGCTAAAGCAGa > 8:323236/1‑138 (MQ=255) cGCCCATGGGCATTTATTCAAAACGATATGAACGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTGTGTGTTGCGGATTAAGCGTTGGATTTTGGCAGGGCG‑CGTACGGTGGTCCAGGAAGCGGGTTTTGTAACGCTGa > 5:67833/1‑138 (MQ=255) cGCCCATGGGCATTTATTCAAAACGATATGAACGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTGTGTGTTGACGGTAAATCGTTCGATTTTGGGAGGGCG‑CTTTACGTGCTCCAGGAATCGGGTTTTGTAACGCTGa > 8:339547/1‑138 (MQ=255) gCCCATGGGCATTTATTCAAAACGATATGAACGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTGTGTGTTGCGGATTAAGCGGTGGATTTTTGGAGGGCG‑CGTACGGTGCTCCAGGGAGCGGGTTTGGTAACGCTGaa > 4:310586/1‑138 (MQ=255) gCCCATGGGCATTTATTCAAAACGATATGAACGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTGTATGTTGCCGCTAAAACCGTCGATTTTTGGAGGGCG‑CGTACGGTGGGCCAGGAAGCGGGTTTGGTAACGCTGaa > 3:285885/1‑138 (MQ=255) aTGGGCATTTATTCAAAACGATATGAACGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTGTGTGTTGCGGATAAAGCGGTGGATTTTTGGAGGGCG‑CGTTCGGGGGTGCAGGAAGCGGGGTTGGGAACGCGGaaaaaag > 2:216492/1‑137 (MQ=255) tGGGCATTTATTCAAAACGATATGAACGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTTTGTGTTGCGGGTAAAGCGGTGGCTTTTGGGAGGGCG‑CTTACGGTGGTGCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCGGAAAAACgg > 6:163898/1‑139 (MQ=255) ggCATTTATTCAAAACGATATGAACGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTTTCTGTTCCGGATAAAGCGTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGa < 6:304842/138‑1 (MQ=255) ttATTCAAAACGATATGAACGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTGTGTGTTGCGGATAAAGCGTTGGATTTTGGGAGGGCG‑GGTACGGTGGTCCAGGCAGCGGGGTTGGTAAAGCTGAAAAAAGGATTTTAc > 1:193080/1‑139 (MQ=255) aaaaCGATATGAACGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTTTCTGTTCCGGATAAAGCGTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAAc < 4:129823/138‑1 (MQ=255) aaaaCGATATGAACGAATACGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGGTTCTGGTCCGGATAAAGCTTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGGGTGCTCACGCTGAAAAACTGATTTAACGGAAc < 5:85793/138‑1 (MQ=255) aaagATCTGAACGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTAGGTTCTGGTCCGGATAAAGCTTTCGATTTTGGCAGTGCT‑CGTACGGTTCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAAGCCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAgg < 6:291222/136‑1 (MQ=255) aaCGATATGAACGAATCAGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTGTGTGTGGGGGGTAAATCGGTGGGTTTTTGGTGGGGG‑CGTACGGGGGTGCCCGAAGCGGGTTTGGTAAAGCTGAAAAACAGATTTTAAGGAACAgg > 2:320240/1‑139 (MQ=255) cGATATGAACGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTTTCTGTTCCGGATAAAGCGTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGtt < 4:285885/139‑1 (MQ=255) cGATATGAACGAATCAGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTTTCTGTTCCGGATAAAGCGTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGtt < 2:319445/139‑1 (MQ=255) tatGAACGAATCCGTGATATATGGCTTGGAGCTGTCGTTTCTGTTCCGGATAAAGCGTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGTCGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGTTTTAACTGAACAGGTTCa < 4:151021/138‑1 (MQ=255) tatGAACGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTTTCTGTTCCGGATAAAGCGTTGGATTTTGGCAGGGCG‑CTTTCGGTGCTGCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCGGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTGAg > 3:347457/1‑139 (MQ=255) tatGAACGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTTTCTGTTCCGGATAAAGCGTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAg < 1:345998/139‑1 (MQ=255) cGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTTTCTGTTCCGGATAAAGCGTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGata < 2:86494/139‑1 (MQ=255) cGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTTTCTGTTCCGGATAAAGCGTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGata < 2:235571/139‑1 (MQ=255) cGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTTTCTGTTCCGGATAAAGCGTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGATATGAtt < 1:216492/138‑1 (MQ=255) cGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTTTCTGTTCCGGATAAAGCGTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGATATGAtt < 4:272343/138‑1 (MQ=255) atatatCGCGGGGAGCTGTCGTTTCTGTTCCGGATAAAGCGTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGATATGATTAAAGa < 5:292083/139‑1 (MQ=255) tatatCGCGGGGAGCTGTCGTTTCTGTTCCGGATAAAGCGTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGATATGATTAAAGa < 5:97504/138‑1 (MQ=255) atCGCGGGGAGCTGTCGTGTGTGTTGGGGATAAATCGTTGGATTTTTGGAGGGCG‑CGTAAGGTGGGACCGGAAGCGGGGTTGGTAACGCTGAAAAACGGATTTAAACGGACACGTTCAGTTGTTATGATTTAAGATaa > 8:157991/1‑138 (MQ=255) tCGTTTCTGTTCCGGATAAAGCGTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGATATGATTAAAGATAATCCGAGACACCTg < 7:323236/137‑1 (MQ=255) ttCCGGATAAAGCGTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGATATGATTAAAGATAATCCGAGACACCTGAAATTAAAAg < 5:101989/138‑1 (MQ=255) gATTAATCGTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGTGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGATATGATTAAAGATAATCCGAGACACCTGAAATTAAAAGCTGTcc < 5:275411/139‑1 (MQ=255) gATAAAGCGTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGATATGATTAAAGATAATCCGAGACACCTGAAATTAAAAGCTGTcc > 3:208470/1‑139 (MQ=255) gCGTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGATATGATTAAAGATAATCCGAGACACCTGAAATTAAAAGCTGTCCGGCAAc < 2:193080/139‑1 (MQ=255) gCGTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGATATGATTAAAGATAATCCGAGACACCTGAAATTAAAAGCTGTCCGGCAAc < 3:284035/139‑1 (MQ=255) gCGTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGATATGATTAAAGATAATCCGAGACACCTGAAATTAAAAGCTGTCCGGCAAc < 6:67833/139‑1 (MQ=255) gCGTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGATATGATTAAAGATAATCCGAGACACCTGAAATTAAAAGCTGTCCGGCAAc < 4:208470/139‑1 (MQ=255) ttCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGACGCGGGTTGGCTAACGCTCAAAAACGCATTAAACGGAAATGGTGCAGTGTATATGATTAAACATAATCCGAGAAACCTGAAATTAAATGCTGTCCGGCAACAgg < 2:193984/139‑1 (MQ=255) ttCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTaa < 7:17182/68‑1 (MQ=255) ttCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTaa > 8:17182/1‑68 (MQ=255) tCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGATATGATTAAAGATAATCCGAGACACCTGAAATTAAAAGCTGTCCGGCAACAGGa > 5:265090/1‑139 (MQ=255) tCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGATATGATTAAAGATAATCCGAGACACCTGAAATTAAAAGCTGTCCGGCAACAGGa > 7:224670/1‑139 (MQ=255) tCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGATATGATTAAAGATAATCCGAGACACCTGAAATTAAAAGCTGTCCGGCAACAGGa > 3:96435/1‑139 (MQ=255) cGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGATATGATTa < 6:146175/92‑1 (MQ=255) cGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGATATGATTa > 5:146175/1‑92 (MQ=255) gCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGCAGCGGGGTTGCTAACGCAGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGATATGATAAAAGATAATCCGAGACACCTGAAATTAAAAGCTGTCCGGCAACAGGATGCAGTGAg < 3:346596/139‑1 (MQ=255) gCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGATATGATTAAAGATAATCCGAGACACCTGAAATTAAAAGCTGTCCGGCAACAGGATGCAGTGAg < 7:157991/139‑1 (MQ=255) gCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGATATGATTAAAGATAATCCGAGACACCTGAAATTAAAAGCTGTCCGGCAACAGGATGCAGTGAg < 5:163898/139‑1 (MQ=255) gCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGATATGATTAAAGATAATCAGAGACACCTGAAATTAAAAGCTGTCCGGCAACAGGATGCAGTGAg > 3:150928/1‑139 (MQ=255) gCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTGTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCATGTGATATTATTAAAGATAATCCGAGACACCTGAAATTAAAAGCTGTCCGGCAACAGGATGCAGTGAg < 7:9470/139‑1 (MQ=255) gCAGGGCG‑CGTACGGTGCTCCAGGAAGCTGGTTTTCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGATATGATTAAAGATAATCCGAGACACCTGAAATTAAAAGCTGTCCGGCAACAGGATGCAGTGAg < 3:4754/139‑1 (MQ=255) gCAGGGCG‑CCTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTATGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGATATGATTAAAGATAATCCGAGACACCTGAAATTAAAAGCTGTCCGGCAACAGGATGCAGTGAg < 1:336878/139‑1 (MQ=255) | CTTAATTTGGCACCGCTCGGGACGACATACATAACGCCCATGGGCATTTATTCAAAACGATATGAACGAATCCGAGATATATCGCGGGGAGCTGTCGTTTCTGTTCCGGATAAAGCGTTCGATTTTGGCAGGGCG‑CTTACGGTGCTCCAGGAAGCGGGTTTGCTAACGCTGAAAAACGGATTTAACGGAACAGGTTCAGTTGATATGATTAAAGATAATCCGAGACACCTGAAATTAAAAGCTGTCCGGCAACAGGATGCAGTGAG > CP006881/948217‑948482 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |