Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 1,718,515 | T→C | 7.5% | F232L (TTC→CTC) | U712_08825 → | putative HTH‑type transcriptional regulator ymfC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 1,718,515 | 0 | T | C | 7.5% | 143.0 / 3.0 | 53 | F232L (TTC→CTC) | U712_08825 | putative HTH‑type transcriptional regulator ymfC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/28); new base C (2/2); total (23/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCGATCGGCTATCACGATACCATTTCTCCAGTGCTTGAATGCGATCCGGAAACAGCTCTTTTGCTGTTAAAACAAACCCATTACGATCAGCACGATAAACCGGTGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCATTCCGGTTAACGCAATATATAAGGGATGAC > CP006881/1718377‑1718644 | ccGATCGGCTATCACGATACCATTTCTCCAGTGCTTGAATGCGATCCGGAAACAGCTCTTTTGCTGTTAAAACAAACCCATTACGATCAGCACGATAAACCGGTGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAAt > 7:10638/1‑139 (MQ=255) gATCGGCTATCACGATACCATTTCTCCAGTGCTTGAATGCGATCCGGAAACAGCTCTTTTGCTGTTAAAACAAACCCATTACGATCAGCACGATAAACCGGTGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAAtt > 5:93190/1‑138 (MQ=255) aTCGGCTATCACGATACCATTTCTCCAGTGCTTGAATGCGATCCGGAAACAGCTCTTTTGCTGTTAAAACAACCCCATTACGATCAGCACGATAAACCGGTGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAAtt > 1:206951/1‑137 (MQ=255) aTCGGCTATCACGATACCATTTCTCCAGTGCTTGAATGCGATCCGGAAACAGCTCTTTTGCTGTTAAAACAAACCCATTACGATCAGCACGATAAACCGGTGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAAtt > 5:191230/1‑137 (MQ=255) aTCGGCTATCACGATACCATTTCTCCAGTGCTTGAATGCGATCCGGAAACAGCTCTTTTGCTGTTAAAACAAACCCATTACGATCAGCACGATAAACCGGTGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAAtt > 6:101480/1‑137 (MQ=255) aTCGGCTATCACGATACCATTTCTCCAGTGCTTGAATGCGATCCGGAAACAGCTCTTTTGCTGTTAAAACAAACCCATTACGATCAGCACGATAAACCGGTGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAAtt > 7:230254/1‑137 (MQ=255) aTCGGCTATCACGATACCATTTCTCCAGTGCTTGAATGCGATCCGGAAACAGCTCTTTTGCTGTTAAAACAAACCCATTACGATCAGCACGATAAACCGGAGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCa > 3:323749/1‑139 (MQ=255) cGATACCATTTCTCCAGTGCTTGAATGCGATCCGGAAACAGCTCTTTTGCTGTTAAAACAAACCCATTACGATCAGCACGATAAACCGGTGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGtt < 2:244606/139‑1 (MQ=255) aCCATTTCTCCAGTGCTTGAATGCGATCCGGAAACAGCTCTTTTGCTGTTAAAACAAACCCATTACGATCAGCACGATAAACCGGTGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGc > 1:339174/1‑139 (MQ=255) aCCATTTCTCCAGTGCTTGAATGCGATCCGGAAACAGCTCTTTTGCTGTTAAAACAAACCCATTACGATCAGCACGATAAACCGGTGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGc > 6:216569/1‑139 (MQ=255) ttCTCCAGTGCTTGAATGCGATCCGGAAACAGCTCTTTTGCTGTTAAAACAAACCCATTACGATCAGCACGATAAACCGGTGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCTTGTTTTGCGTaaa > 5:318996/1‑139 (MQ=255) ttCTCCAGTGCTTGAATGCGATCCGGAAACAGCTCTTTTGCTGTTAAAACAAACCCATTACGATCAGCACGATAAACCGGTGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTaaa > 1:241471/1‑139 (MQ=255) tctcCAGTGCTTGAATGCGATCCGGAAACAGCTCTTTTGCTGTTAAAACAAACCCATTACGATCAGCACGATAAACCGGTGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTaaa < 7:136987/138‑1 (MQ=255) gTGCTTGAATGCGATCCGGAAACAGCTCTTTTGCTGTTAAAACAAACCCATTACGATCAGCACGATAAACCGGTGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTc > 1:203569/1‑138 (MQ=255) aTGCGACCCGGAACCAGCTCTTTTGCTGTTAAAACAAACCCATACCGATCAGCACGATAAACCGGTGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATACAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTATAAAAACgg < 7:88577/139‑1 (MQ=255) cAGCTCTTTTGCTTTTAAAACAAACCCATTACGATCAGCACGATAACCCGGTGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATgtgt < 5:286936/139‑1 (MQ=255) gTTAAAACAAACCCATTACGATCAGCACGATAAACCGGTGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTAtt > 8:80227/1‑139 (MQ=255) aaacaaacCCATTACCATCAGCACTATAAACCGGTGCTTTATTTTTTAAATTTTTTTAGAGCGAATAAATTCTGATTTCATGTTTTGATTAAACGATGATAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCa < 3:59259/139‑1 (MQ=255) aaaacCCATAACGATCAGCACTATAAACCGGTGATTTATTCTTTAAATTATTTTAGTGCGTATAAATTCATATTTCATGTTTTGCTTAAACTATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTg < 2:203569/138‑1 (MQ=255) ttACGATCAGCACGATAAACCGGTGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGt > 2:219139/1‑139 (MQ=255) tCAGCACGATAAACCGGTGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCttt > 1:130606/1‑139 (MQ=255) tCAGCACGATAAACCGGTGATTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGAAAACTATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCttt < 6:191230/139‑1 (MQ=255) aGCACGATAAACCGGTGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTg > 5:113976/1‑138 (MQ=255) cACGATAAACCGGTGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTa > 1:324077/1‑138 (MQ=255) aCGATAACCGGGGGGTTTATTATTTAAATTATTTTAGACCGTATAAATTCAGATTCCATGTTTTGCGTAACCGATTCTAAAACCGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACa < 5:101480/139‑1 (MQ=255) tAAACCGGTGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACt > 5:214683/1‑139 (MQ=255) aaaCCGGTTTTTTATTATTAAAATTATTTTAGAGCGTATATATTCATATTTCTTTTTTTGCGAACACGATTCAAAACACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACtt < 2:339174/139‑1 (MQ=255) aCCGGTGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACttt > 7:61095/1‑138 (MQ=255) ggTGCTTTATTCTTTAAATTATTTTCGAGCGTATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGAAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCAtt < 7:343023/139‑1 (MQ=255) tGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGc < 2:280913/78‑1 (MQ=255) tGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGc > 1:280913/1‑78 (MQ=255) tGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCATTcc > 5:151191/1‑139 (MQ=255) tGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCATTcc > 3:228267/1‑139 (MQ=255) tGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAACTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACa > 8:263813/1‑127 (MQ=255) tGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAACTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACa < 7:268589/127‑1 (MQ=255) tGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAACTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACa < 7:263813/127‑1 (MQ=255) tGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAACTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACa > 8:268589/1‑127 (MQ=255) cTTTAAATTATTTTATAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCATTCCGGTTAACg < 7:237277/138‑1 (MQ=255) cTTTAAATTATTTTAGAGGTGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCATTCCGGTTAACg < 5:130498/138‑1 (MQ=255) cTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCATTCCGGTTAACg < 8:230254/138‑1 (MQ=255) cTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCATTCCGGTTAACg < 2:130606/138‑1 (MQ=255) atttAAATTATTTTATAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACAATTCTAAAAACGCACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCATTCCGGTTAACg < 3:252242/137‑1 (MQ=255) tttAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCATTCCGGTTAACGc > 5:273544/1‑138 (MQ=255) tttAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCATTCCGGTTAACGCa < 6:93190/139‑1 (MQ=255) tttAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCATTCCGGTTAACGCa < 7:80227/139‑1 (MQ=255) attAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTAAGATTTAATTTTTTGCTAAACCGATTAAAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCATTCCGGTTAACGCa < 3:229892/138‑1 (MQ=255) ttAAATTATTTACGTGCTAATAAATTCAGATTTAATGTTTTGCTTAATCGATTCTAACAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCATTCCGGTTAACGCa < 4:200221/138‑1 (MQ=255) taaaaTTATTTTTGAGTGATTAATTTCATATAGCTTGTTTTGTTTAAAGTATACTAAAGACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCATTCCGGTTAACGCa < 5:216569/136‑1 (MQ=255) taaattaaatTAGAGCGGATAAATTCAGCTTGCATGGTGTGCGAAACCGATGCTAAACACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCATTCCGGGTAACGCa < 4:162692/137‑1 (MQ=255) tAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCAtt < 2:258492/125‑1 (MQ=255) tAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCAtt > 1:258492/1‑125 (MQ=255) tAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCAAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCATTCCGGTTAACGCa < 4:323749/137‑1 (MQ=255) atctcGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAAAGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCATTCCGGTTAACGCAATATATAAGGGa < 6:318996/134‑1 (MQ=255) agagCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCATTCCGGTTAACGCAATATATAAGGGa < 2:241471/138‑1 (MQ=255) gATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCAtt < 7:62609/108‑1 (MQ=255) gATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCAtt > 8:62609/1‑108 (MQ=255) gATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCATTCCGGTTAACg > 1:98717/1‑118 (MQ=255) gATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCATTCCGGTTAACg < 2:98717/118‑1 (MQ=255) gATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCATTCCGGTTAAATCAATATATAAGGTATGAc > 5:151418/1‑136 (MQ=255) | CCGATCGGCTATCACGATACCATTTCTCCAGTGCTTGAATGCGATCCGGAAACAGCTCTTTTGCTGTTAAAACAAACCCATTACGATCAGCACGATAAACCGGTGCTTTATTCTTTAAATTATTTTAGAGCGGATAAATTCAGATTTCATGTTTTGCGTAAACGATTCTAAAAACGGACGCCTGTATGTGTCTGTTTTTTTATTTGCACTGATTCATGTTTCTTTGTACATACTTTCATTCCGGTTAACGCAATATATAAGGGATGAC > CP006881/1718377‑1718644 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |