| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 2,016,815 | T→C | 6.3% | R92G (AGA→GGA) | U712_09985 ← | Uncharacterized protein yozL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 2,016,815 | 0 | T | C | 6.3% | 185.6 / 3.9 | 63 | R92G (AGA→GGA) | U712_09985 | Uncharacterized protein yozL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/26); new base C (2/2); total (35/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
CTACAACGGCAAGATAACATGTTAAAGGATTAAGCCCCATTGCTACAGCCGATACAGAAGCATAAAAGGATTTCATATCGACACAGAGTATATTCTCACGTGGAAATTGTGAGTAATCAGTCATTGTATATAACTCTTATGATGTTATTCATGTTGATATAAACTGTATTGTCGTTCTGGTCTTTTACGTGAAGCTTTTGTTGTTCAAAATTAATGTAATGTACTCTGCCGGTAACATTTTCAACAAATCCCTTGTTAAAGAGTTTGAATTTCAA > CP006881/2016679‑2016953 | cTACAACGGCAAGATAACATGTTAAAGGATTAAGCCCCATTGCTACAGCCGATACAGAAGCATAAAAGGATTTCATATCGACACAGAGTATATTCTCACGTGGAAATTGTGAGTAATCAGTCATTGTATATAACTCTTa < 7:256145/139‑1 (MQ=255) cAAGATAACATGTTAAAGGATTAAGCCCCATTGCTACAGCCGATACAGAAGCATAAAAGGATTTCATATCGACACAGAGTATATTCTCACGTGGATATTGTGAGTAATCAGTCATTGTATATAACTCTTATGATGTTAt > 4:218672/1‑139 (MQ=255) cAAGATAACATGTTAAAGGATTAAGCCCCATTGCTACAGCCGATACAGAAGCATAAAAGGATTTCATATCGACACAGAGTATATTCTCACGTGGAAATTGTGAGTAATCAGTCATTGTATATAACTCTTa > 6:202436/1‑130 (MQ=255) cAAGATAACATGTTAAAGGATTAAGCCCCATTGCTACAGCCGATACAGAAGCATAAAAGGATTTCATATCGACACAGAGTATATTCTCACGTGGAAATTGTGAGTAATCAGTCATTGTATATAACTCTTa < 5:202436/130‑1 (MQ=255) cAAGATAACATGTTAAAGGATTAAGCCCCATTGCTACAGCCGATACAGAAGCATAAAAGGATTTCATATCGACACAGAGTATATTCTCACGTGGAAATTGTGAGTAATCAGTCATTGTATATAACTCTTATGATGTTAt > 2:14256/1‑139 (MQ=255) tAACATGTTAAAGGATTAAGCCCCATTGCTACAGCCGATACAGAAGCATAAAAGGATTTCATATCGACACAGAGTATATTCTCACGTGGAAATTGTGAGTAATCAGTCATTGTATATAACTCTTATGATGTTATTCATg < 1:14256/139‑1 (MQ=255) tAACATGTTAAAGGATTAAGCCCCATTGCTACAGCCGATACAGAAGCATAAAAGGATTTCATATCGACACAGAGTATATTCTCACGTGGAAATTGTGAGTAATCAGTCATTGTATATAACTCTTATGATGTTATTCATg < 1:188192/139‑1 (MQ=255) tAACATGTTAAAGGATTAAGCCCCATTGCTACAGCCGATACAGAAGCATAAAAGGATTTCATATCGACACAGAGTATATTCTCACGTGGAAATTGTGAGTAATCAGTCATTGTATATAACTCTTATGATGTTATTCATg < 4:309810/139‑1 (MQ=255) cATGTTAAAGGATTAAGCCCCATTGCTACAGCCGATACAGAAGCATAAAAGGATTTCATATCGACACAGAGTATATTCTCACGTGGAAATTGTGAGTAATCAGTCATTGTATATAACTCCTATGATGTTATTCATGtt > 2:287609/1‑138 (MQ=255) gTTAAAGGATTAAGCCCCATTGCTACAGCCGATACAGAAGCATAAAAGGATTTCATATCGACACAGAGTATATTCTCACGTGGAAATTGTGAGTAATCAGTCATTGTATATAACTCTTATGATGTTATTCATGTTGata > 4:243907/1‑139 (MQ=255) 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cACGTGGAAATTGTGAGTAATCAGTCATTGTATATAACTCTTATGATGTTATTCATGTTGATATAAACTGTATTGTCGTTCTGGTCTTTTACGTGAAGCTTTTGTTGTTCAAAATTAATGTAATGTACTCTGCCGGTa > 1:209524/1‑138 (MQ=255) cACGTGGAAATTGTGAGTAATCAGTCATTGTATATAACTCTTATGATGTTATTCATGTTGATATAAACTGTATTGTCGTTCTGGTCTTTTACGTGAAGCTTATGTTGTTCAAAATTAATGTAATTTACTCTGCCGGTaa > 1:92563/1‑139 (MQ=255) cACGTGGAAATTGTGAGTAATCAGTCATTGTATATAACTCTTATGATGTTATTCATGTTGATATAAACTGTATTGTCGTGCTGGTCTTTTACGTGTAGCTTTTGTTGTTAAAAATTAATGTAATGTACTCTGCCGGTa > 8:185160/1‑138 (MQ=255) cACGTGGAAATTGTGAGTAATCAGTCATTGTATATAACTCTTATGATGTTAATCATGTTGATATAAACTGTATTGTCGTTCTTGTCTTTTACGTGAAGCTTTTGTTGTTCAAAATTAATGTAATGTACTCTGCCGGTaa > 7:111346/1‑139 (MQ=255) cACGGGGAAATTGTGAGTAATCAGTCATTGTATATAACTCTTATGATGTTATTCATGTTGATATAAACTGTATTGTCGTTCTGGTCTTTTACGTGAAGCTTTTGTTATTCAAATTTAATGTAGTGTACTGTGCCGGTaa > 1:330671/1‑139 (MQ=255) cGTGGAAATTGTGAGTAATCAGTCATTGTATATAACTCTTATGATGTTATTCATGTTGATATAAACTGTATTGTCGTTCTGGTCTTTTACGTGACGCTTTTGTTGTTCAAAATTAATGTAATGTACTCTGCCGGTAACa > 2:298307/1‑139 (MQ=255) cGTGGAAATTGTGAGTAATCAGTCATTGTATATAACTCTTATGATGTTATTCATGTTGATATAAACTGTATTGTCGTTCTGGTCTTTTACGTGAAGCTTTTGTTGTTCAAAATTAATGTAATGTACTCTGCCGGTAACa > 5:59557/1‑139 (MQ=255) tGGAAATTGTGAGTAATCAGTCATTGTATATAACTCTTATGATGTTATTCATGTTGATATAAACTGTATTGTCGTTCTGGTCTTTTACGTGAAGCTTTTGTTGTTCAAAATTAATGTAATGTACTCTGCCGGTAACAtt > 7:206051/1‑139 (MQ=255) aGTAATCAGTCATTGTATATAACTCTTATGATGTTATTCATGTTGATATAAACTGTATTGTCGTTCTGGTCTTTTACGTGAAGCTTTTGTTGTTCAAAATTAATGTAATGTACTCTGCCGGTAACATTTTCAACAAATc < 8:342691/139‑1 (MQ=255) tAATCAGTCATTGTATATAACTCTTATGATGTTATTCATGTTGATATAAACTGTATTGTCGTTCTGGTCTTTTACGTGAAGCTTTTGTTGTTCAAAATTAATGTAATGTACTCTGCCGGTAACATTTTCAACAAATccc < 8:332131/139‑1 (MQ=255) tAATCAGTCATTGTATATAACTCTTATGATGTTATTCATGTTGATATAAACTGTATTGTCGTTCTGGTCTTTTACGTGAAGCTTTTGTTGTTCAAAATTAATGTAATGTACTCTGCCGGTAACATTTTCAACAAATccc < 5:306500/139‑1 (MQ=255) tAATCAATCATTGTATGTAACTCCTATGATGTTATTCATGTTGATATAAACTGTATTGTCATTCTGGTCTTTTACGTGAAGCTTTTGTTGTTCAAAATTTATGTAATGGACTCTGCCGGTGACATTTTCAACGAATcca < 6:148785/139‑2 (MQ=255) 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ttATGATGTTATTCATGTTGATATAAACTGTATTGTCGTTCTGGTCTTTTACGTGAAGCTTTTGTTGTTCAAAATTAATGTTATGTAATCTGCCGGTAACATTTTAAACAAATACCTTGTTAAATAGTTTGAAtttaa > 6:50898/1‑136 (MQ=255) ttATGATGTTATTCATGTTGATATAAACTGTATTGTCGTTCTGGTCTTTTACGTGAAGCTTTTGTTGTTCAAAATTAATGTAATGTACTCTGCCGGTAACATTTTCAACACATCCCTTGTTAAAGAGTTTGAATTTCaa > 8:290108/1‑139 (MQ=255) ttATGATGTTATTCATGTTGATATAAACTGTATTGTCGTTCTGGTCTTTTACGTGAAGCTTTTGTTGTTCAAAATTAATGTAATGTACTCTGCCGGTAACATTTTCAACAAATCCCTTGTTAAAGAGTTTGAATTTCaa > 3:293480/1‑139 (MQ=255) ttATGATGTTATTCATGTTGATATAAACTGTATTGTCGTTCTGGTCTTTTACGTGAAGCTTTTGTTGTTCAAAATTAATGTAATGTACTCTGCCGGTAACATTTTCAACAAATCCCTTGTTAAAGAGTTTGAATTTCaa > 1:202924/1‑139 (MQ=255) ttATGATGTTATTCATGTTGATATAAACTGTATTGTCGTTCTGGTCTTTTACGTGAAGCTTTTGTTGTTCAAAATTAATGTAATGTACTCTGCCGGTAACATTTTCAACAAATCCCTTGTTAAAGAGTTTGAATTTCa > 3:109993/1‑138 (MQ=255) ttATGATGTTATTCATGTTGATATAAACTGTATTGTCGTTCTGGTCTTTTACGTGAAGCTTTTGTTGTTCAAAATTAATGTAATGTACTCTGCCGGTAACATTTTCAACAAATCCCTTGTTAAAGAGTTTGAATTTCa > 2:72043/1‑138 (MQ=255) ttATGATGTTATTCATGTTGATATAAACTGTATTGTCGTTCTGGTCTTTTACGTGAAGCTTTTGTTGTTCAAAATTAATGTAATGTACTCTGCCGGTAACATTTTCAACAAATCCCTTGTTAAAGAGTTTGAATTTCa > 1:132596/1‑138 (MQ=255) ttATGATGTTATTCATGTTGATATAAACTGTATTGTCGTTCTGGTCTTTTACGTGAAGCTTTTGTTGTTCAAAATTAATGTAATGTACTCTGCCGGTAACATTTTCAACAAATCCCTTGTTAAAGAGTTTGAATTTCa > 5:137178/1‑138 (MQ=255) | CTACAACGGCAAGATAACATGTTAAAGGATTAAGCCCCATTGCTACAGCCGATACAGAAGCATAAAAGGATTTCATATCGACACAGAGTATATTCTCACGTGGAAATTGTGAGTAATCAGTCATTGTATATAACTCTTATGATGTTATTCATGTTGATATAAACTGTATTGTCGTTCTGGTCTTTTACGTGAAGCTTTTGTTGTTCAAAATTAATGTAATGTACTCTGCCGGTAACATTTTCAACAAATCCCTTGTTAAAGAGTTTGAATTTCAA > CP006881/2016679‑2016953 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |