| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 2,188,798 | A→G | 5.8% | V187V (GTT→GTC) | U712_10965 ← | Histidinol‑phosphate aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 2,188,798 | 0 | A | G | 5.8% | 202.1 / 3.5 | 69 | V187V (GTT→GTC) | U712_10965 | Histidinol‑phosphate aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/30); new base G (2/2); total (36/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 | |||||||||||
AGCGCAGCCAGACCGTAAGCCTTTGAAAATGTCCGCAATATGATCAGATTGGAATACTTGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCGGGTTATTCGGACTGCATATCCAAACGACTTGTGTCTGTTCGTCAATCGCTTCAAGCATGGCATCTAA > CP006881/2188670‑2188935 | aGCGCAGCCAGACCGTAAGCCTTTGAAAATGTCCGCAATATGATCAGATTGGAATACTTGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACAt > 3:198404/1‑139 (MQ=255)aGCGCAGCCAGACAGTAAGCCTTTGAAAATGTCCGCAATATGATCAGATTGGAATACTTGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACAt > 1:243053/1‑139 (MQ=255) cGTAAGCCTTTGAAAATGTCCGCAATATGATCAGATTGGAATACTTGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAAcgcg < 6:88039/139‑1 (MQ=255) tAAGCCTTTGAAAATGTCCGCAATATGATCAGATTGGAATACTTGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGAGATGAGAAGGAACGCGCt > 8:241481/1‑139 (MQ=255) tAAGCCTTTGAAAATGTCCGCAATATGATCAGATTGGAATACTTGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGCAGGAACGCGCt > 5:187848/1‑139 (MQ=255) aGCCTTTGAAAATGTCCGCAATATGATCAGATTGGAATACTTGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTc > 7:168205/1‑138 (MQ=255) tttGAAAATGTCCGCAATATGATCAGATTGGAATACTTGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGa > 5:81705/1‑138 (MQ=255) tttGAAAATGTCCGCAATATGATCAGATTGGAATACTTGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGa > 3:251011/1‑138 (MQ=255) aaaaTGTCCGCAATATGATCAGATTGGAATACTTGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGc < 8:245661/139‑1 (MQ=255) gCAATATGATCAGATTGGAATACTGGTTTAATAACGGCACAGTGTCCGGGTAATCCTCAGATGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACCACGAGGACATTAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGGAATTc < 5:34152/139‑1 (MQ=255) tGATCAGATTGGAATACTTGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTc < 1:31911/139‑1 (MQ=255) tGATCAGATTGGAATACTTGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTc < 5:184828/139‑1 (MQ=255) gATCAGATTGGAATACTTGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCt > 8:254009/1‑139 (MQ=255) aTCAGATTGGAATACTTGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTg < 2:189252/139‑1 (MQ=255) tCAGATTGGAATACTTGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAg > 4:226468/1‑91 (MQ=255) tCAGATTGGAATACTTGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACAAATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTg < 6:212628/138‑1 (MQ=255) tCAGATTGGAATACTTGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGATGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAg < 3:226468/91‑1 (MQ=255) gATTGGAATACTTGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTg < 3:106078/135‑1 (MQ=255) gATTGGAATACTTGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTg > 2:45545/1‑135 (MQ=255) gATTGGAATACTTGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTg > 4:106078/1‑135 (MQ=255) gATTGGAATACTTGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTg < 1:45545/135‑1 (MQ=255) ttGGAATACTTGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGtat < 7:21247/139‑1 (MQ=255) aaTACTTGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGCGGACATGAGAAGTAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTACCCTTCTGATGTATAAGt > 5:41832/1‑139 (MQ=255) ttGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAg > 5:198183/1‑139 (MQ=255) ttGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAg > 4:49698/1‑139 (MQ=255) taataaCGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCggg > 1:101134/1‑139 (MQ=255) taataaCGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCggg > 1:173001/1‑139 (MQ=255) taataaCGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCggg > 3:22789/1‑139 (MQ=255) taataaCGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCggg > 3:295533/1‑139 (MQ=255) taataaCGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCgg < 4:198404/138‑1 (MQ=255) ggCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCGGGTTATTCg < 2:173001/139‑1 (MQ=255) ggCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCGGGTTATTCg < 7:241481/139‑1 (MQ=255) gCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCGGGTTATTCgg > 8:277316/1‑139 (MQ=255) cGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCATCTGATGTATAAGTGCCAGTCGGGTTATTCGGACTGCATATc < 2:243053/139‑1 (MQ=255) aTCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTGGTCAAGAAAACCGAGGACATGAGACGGACCGCGCTCCAGAAAGGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTCCCAGTCGGGTTATTCGGACTGCATATCCAAACg < 8:168205/139‑1 (MQ=255) tCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGt > 3:89442/1‑81 (MQ=255) tCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGt < 4:89442/81‑1 (MQ=255) ccTCAGCTGTAACATATTCATAATATGCTTCGTCAAAAACAACGAGGACTTGAGAAGCAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCGGGTTATTCGGACTGCATATCCAAACGAc < 6:198183/139‑1 (MQ=255) cTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCGGGTTATTCGGACTGCATATCCAAACGAc < 5:11725/138‑1 (MQ=255) aGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCGGGTTATTCGGACTGCATATCCAAACGACTtgt > 4:308822/1‑139 (MQ=255) ttACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCGGGTTATTCGGACTGCATATCCAAACGACTTGTGTc < 7:254009/137‑1 (MQ=255) gataataTGCTTCGTAAAGAACACTGAGGACATTAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGATTAATTCCCGTTCTTATGTATATGTGCCTGTCGGGTTATTCGGACTGCATATCCAAACGACTTGTGTCTGTTCGTCaa < 6:187848/137‑1 (MQ=255) ataataTGCTTCGTCAAGAACGACAAGGACACGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCg < 7:200266/58‑1 (MQ=255) ataataTGCTTCGTCAAGAACGACAAGGACACGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCg > 8:200266/1‑58 (MQ=255) ataataTGCTTCGTCAAGAACGACAAGGACACGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCTCCTTCAGATGTATAAGTGCCAGTCGGATTATTCGGGCTGCATATCCAAACGACTtgt > 6:47057/1‑124 (MQ=255) ataataTGCTTCGTCAAGAACGACAAGGACACGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCTCCTTCAGATGTATAAGTGCCAGTCGGATTATTCGGGCTGCATATCAAAACGACTtgt < 5:47057/124‑1 (MQ=255) ataataTGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGACCGCGCTCCAGAAATGCGAGAAATTCCCCTTCTGATGTATACGTGCCAGTCGGGTTATTCGGACTGCATATCCAAACGACTTGTGTCTGTTCGTCAAt < 6:81705/138‑1 (MQ=255) ataataTGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGtat < 4:316931/80‑1 (MQ=255) ataataTGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGtat > 3:316931/1‑80 (MQ=255) ataataTGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCGGGTTATTCGGACTg < 2:303376/106‑1 (MQ=255) ataataTGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCGGGTTATTCGGACTg > 1:303376/1‑106 (MQ=255) ataataTGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCGGGTTATTCGGACTGCATATCCAAACGACTTGTGTCTGTTCGTCAAt < 7:277316/138‑1 (MQ=255) ataataTGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCGGGTTATTCGGACTGCATATCCAAACGACTTGTGTCTGTTCGTCAATc > 5:124852/1‑139 (MQ=255) taagCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCGGGTTATTCGGACTGCATATCCAAACGACTTGTGTCTGTTCGTCAATCGCtt > 4:60306/4‑139 (MQ=255) gCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTg < 4:282052/67‑1 (MQ=255) gCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTg > 3:282052/1‑67 (MQ=255) gCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCTGTCGGGTTATTCGGACTGCATATCCAAACGACTTGTGTCTGTTCGTCAATCGCTTc > 4:243127/1‑137 (MQ=255) cTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAGGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCGGGTTATTCGGACTGCATATCCAAACGACTTGTGTCTGTTCGTCAAt > 6:138214/1‑130 (MQ=255) cTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAGGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCGGGTTATTCGGACTGCATATCCAAACGACTTGTGTCTGTTCGTCAAt < 5:138214/130‑1 (MQ=255) cTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGAt < 4:94690/68‑1 (MQ=255) cTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGAt > 3:94690/1‑68 (MQ=255) cTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCGGGTTATTCGGACTGCATATCCAAACGACTTGTGTCTGTTCGTCAATCGCTTCAAg > 8:28464/1‑139 (MQ=255) tCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCGGGTTATTCGGACTGCATATCCAAACGACTTGTGTCTGTTCGTCAATCGCTTCAAGCa > 4:91241/1‑139 (MQ=255) tCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCGGGTTATTCGGACTGCATATCCAAACGACTTGTGTCTGTTCGTCAATCGCTTCAAGCa > 5:174253/1‑139 (MQ=255) cGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGGCGGGTTATTCGGACTGCATATCCAAACGACTTGTGTCTGTTCGTCAATCGCTTCAAGCAt < 8:37543/139‑1 (MQ=255) gTCAAGAACAACGAGGACTGGAGAAGGCCCGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTGCTGATGTAGATGTGCCAGTCGCGTTATTCGGACTGCATATCCAAACGAGTTGTGTCTGTTCGTCATTCGCTTCACGCATg > 4:325258/1‑139 (MQ=255) gTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCGGGTTATTCGGACTGCATATCCAAACGACTTGTGTCTGTTCGTCAATCGCTTCAAGCAt > 4:178306/1‑138 (MQ=255) gTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCGGGTTATTCGGACTGCATATCCAAACGACTTGTGTCTGTTCGTCAATCGCTTCAAGCAt < 3:178306/138‑1 (MQ=255) gTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGGGCCAGTCGGGTTATTCGGACTGAATATCCAAACGACTTGTGTCTGTTCGTCAATCGCTTCAAGCAt < 3:214545/138‑1 (MQ=255) caacGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCGGGTTATTCGGACTGCATATCCAAACGACTTGTGTCTGTTCGTCAATCGCTTCAAGCATGGCATCTaa < 6:174253/139‑1 (MQ=255) | AGCGCAGCCAGACCGTAAGCCTTTGAAAATGTCCGCAATATGATCAGATTGGAATACTTGTTTAATAACGGCACAGTTTCCGGGTAATCCTCAGCTGTTACATATTCATAATATGCTTCGTCAAGAACAACGAGGACATGAGAAGGAACGCGCTCCAGAAATGCGAGTAATTCCCCTTCTGATGTATAAGTGCCAGTCGGGTTATTCGGACTGCATATCCAAACGACTTGTGTCTGTTCGTCAATCGCTTCAAGCATGGCATCTAA > CP006881/2188670‑2188935 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |