| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 235,693 | G→A | 6.0% | G22R (GGG→AGG) | U712_01090 → | Uncharacterized protein ybeF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 235,693 | 0 | G | A | 6.0% | 216.8 / 2.2 | 67 | G22R (GGG→AGG) | U712_01090 | Uncharacterized protein ybeF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/31); new base A (2/2); total (34/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
TATCCTTTTACTAAATGCAATTATATTTTTTTACTAGTAACATAAAAATCTGGAGGGAGGCTGTTTAAAGATGGATGAATTAGATATCGCATTCTTTATTTTACCGTTAGGAATTATGCTGCTATCGATTGTCGGGACCTGTATTTGTAAAAACCCGTATCTGATGCCAATGCTTAGTTTGGTGATTTCTCTTGTGCTCACCTTTACCATTTTTAATCAATCATTTTTGGGATGGGCTGTTGTCTATAGCTTGGTTTCTCTGGCTTTATCCT > CP006881/235560‑235831 | tatCCTTTTACTAAATGCAATTATATTTTTTTACTAGTAACATAAAAATCTGGAGGGAGGCTGTTTAAAGATGGATGAATTAGATATCGCATTCTTTATTTTACCGTTAGGAATTATGCTGCTATCGATTGTCGGGAcc > 6:250957/1‑139 (MQ=255) ttACTAAATGCAATTATATTTTTTTACTAGTAACATAAAAATCTGGAGGGAGGCTGTTTAAAGATGGATGAATTAGATATCGCATTCTTTATTTTACCGTTAGGAATTATGCTGCTATCGATTGTCGGGACCTGTAt < 6:160345/137‑1 (MQ=255) ttACTAAATGCAATTATATTTTTTTACTAGTAACATAAAAATCTGGAGGGAGGCTGTTTAAAGATGGATGAATTAGATATCGCATTCTTTATTTTACCGTTAGGAATTATGCTGATATCGATTGTCGGTACCTGTAttt > 1:341133/1‑139 (MQ=255) aaTGCAATTATATTTTTTTACTAGTAACATAAAAATCTGGAGGGAGGCTGTTTAAAGATGGATGAATTAGATATCGCATTCTTTATTTTACCGTTAGGAATTATGCTGCTATCGATTGTCGGGACCTGTATTTGTaa < 5:334184/137‑1 (MQ=255) 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TATCCTTTTACTAAATGCAATTATATTTTTTTACTAGTAACATAAAAATCTGGAGGGAGGCTGTTTAAAGATGGATGAATTAGATATCGCATTCTTTATTTTACCGTTAGGAATTATGCTGCTATCGATTGTCGGGACCTGTATTTGTAAAAACCCGTATCTGATGCCAATGCTTAGTTTGGTGATTTCTCTTGTGCTCACCTTTACCATTTTTAATCAATCATTTTTGGGATGGGCTGTTGTCTATAGCTTGGTTTCTCTGGCTTTATCCT > CP006881/235560‑235831 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |