| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP006881 | 30,182 | C→T | intergenic (+147/‑96) | U712_00120 → / → U712_20865 | Sigma‑K factor‑processing regulatory protein BofA/16S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 30,182 | 0 | C | T | 99.0% | 324.7 / NA | 100 | intergenic (+147/‑96) | U712_00120/U712_20865 | Sigma‑K factor‑processing regulatory protein BofA/16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (53/45); minor base G (1/0); total (55/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGCGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACG > CP006881/30049‑30310 | ttGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTa > 6:288988/1‑138 (MQ=255)ttGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTa > 8:284171/1‑138 (MQ=255) tGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAATAGATAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTATATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGGGGTaaa > 5:58480/1‑139 (MQ=255) tGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTaaa > 4:140765/1‑139 (MQ=255) tGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTaaa > 7:383939/1‑139 (MQ=255) tGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTaaa > 7:353753/1‑139 (MQ=255) tGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTaaa > 3:70833/1‑139 (MQ=255) tGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTaaa > 6:394058/1‑139 (MQ=255) tGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTaaa > 8:376448/1‑139 (MQ=255) tGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTaa > 1:427285/1‑138 (MQ=255) aCTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAAc > 7:150803/1‑138 (MQ=255) aCTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAAc > 3:164790/1‑138 (MQ=255) tAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTTAACGAGTTGTTAACAAAg > 2:199096/1‑139 (MQ=255) tAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAg > 7:124288/1‑139 (MQ=255) gACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAATATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAAGGTTATGATAATAAAGTCGCGTAAACGAGTGGTAAACAAAGtt > 2:338788/1‑139 (MQ=255) gACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACa > 3:455259/1‑134 (MQ=255) 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ttATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTaaa < 2:369219/139‑1 (MQ=255) ttATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTaaa < 1:31754/139‑1 (MQ=255) tATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTaaa > 6:114560/1‑138 (MQ=255) aTTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAAc > 4:361413/1‑138 (MQ=255) aTTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAAAGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAAc > 4:450569/1‑138 (MQ=255) atatACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACa < 3:214004/138‑1 (MQ=255) atatACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACa > 7:237172/1‑138 (MQ=255) atatACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACa > 7:132797/1‑138 (MQ=255) atatACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTATTTTAAAACTAAAAAAGACa > 4:18650/1‑138 (MQ=255) taCGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAAc < 8:353753/139‑1 (MQ=255) cGTCGCTGATTAAGAACAGCTTTTTTGAAAATAAAATGCTAAAAAGGTGTTGCCAGTAGCGGAGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACg < 3:315276/138‑1 (MQ=38) cGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAATCTAAACAAGACAAAACg > 3:328840/1‑138 (MQ=255) 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tGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAAtg < 3:204619/139‑1 (MQ=255) aaaaaGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCg > 3:109594/1‑139 (MQ=255) gttgttGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTagtc < 8:454226/139‑1 (MQ=255) gttgttGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTagtc < 5:338522/139‑1 (MQ=255) gttgACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAACTCGCACAGCAATGTGCGTagtcagt > 8:265551/1‑139 (MQ=255) ttgACAGTAGTGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTagtcagt < 5:456121/138‑1 (MQ=255) 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tAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGga < 8:237172/139‑1 (MQ=255) aaaTGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCg > 8:302133/1‑136 (MQ=255) ttATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTGATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCTTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGttt < 3:450569/139‑1 (MQ=255) tATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACATGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACATCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTATAGCGGAGAGttt > 4:341575/1‑138 (MQ=18) aTGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACTAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGa > 2:135739/1‑139 (MQ=255) tGATAATAAAGTCGCGTAAACGAGTGGTAAACAAATTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCGGTTAATTCATTTTTATAAATCGCAAAGCAATGTGCGTAGTAAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGAt > 2:210542/1‑139 (MQ=17) ataataAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATc < 2:214251/138‑1 (MQ=255) ataataAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATc < 1:53122/138‑1 (MQ=255) ataataAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATc < 2:267962/138‑1 (MQ=255) taataaAGTAGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATcc < 8:352393/138‑1 (MQ=255) ataaAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCa < 6:380793/93‑1 (MQ=255) ataaAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCa > 5:380793/1‑93 (MQ=255) taaAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTGGc > 7:422893/1‑139 (MQ=255) taaAGTCGCTTAAAAGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTGGc > 6:23652/1‑139 (MQ=255) taGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTGGCt < 8:449834/137‑1 (MQ=255) cGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAAtt < 6:350670/64‑1 (MQ=255) cGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAAtt > 5:350670/1‑64 (MQ=255) cTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACg < 1:433931/139‑1 (MQ=255) | TTGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGCGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACG > CP006881/30049‑30310 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |