Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 2,191,162 | C→T | 7.7% | E69E (GAG→GAA) | U712_10975 ← | Tryptophan synthase beta chain |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 2,191,162 | 0 | C | T | 7.7% | 161.5 / 2.6 | 52 | E69E (GAG→GAA) | U712_10975 | Tryptophan synthase beta chain |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/30); new base T (2/2); total (20/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.30e-01 |
GCACCGGTTTCAGCAATGATTTTCGATTTTCCCATTTTCTTAGCGAGCAGCGCTTGACCTAACGCATTATTGATTTTATGAGACCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAGTCATGTAACAGCTTGTAATATTCATTACGAAAAACAGGATCATCCTTGATCTCTTTAAATGCGGTTTCAATTTCTTCTAACGGCTGCAT > CP006881/2191025‑2191299 | gCACCGGTTTCAGCAATGATTTTCGATTTTCCCATTTTCTTAGCGAGCAGCGCTTGACCTAACGCATTATTGATTTTATGAGACCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACt < 4:126354/139‑1 (MQ=255) cACCGGTTTCAGCAATGATTTTCGATTTTCCCATTTTCTTAGCGAGCAGCGCTTGACCTAACGCATTATTGATTTTATGAGACCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACt > 6:171659/1‑138 (MQ=255) gCAATGATTTTCGATTTTCCCATTTTCTTAGCGAGCAGCGCTTGACCTAACGCATTATTGATTTTATGAGACCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGAt < 5:325060/139‑1 (MQ=255) attttcgattttcCCATTTTCTTAGCGAGCAGCGCTTGACCTAACGCATTATTGATTTTATGAGACCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCa < 2:308709/138‑1 (MQ=255) ccATTTTCTTAGCGAGCAGCGCTTGACCTAACGCATTATTGATTTTATGAGACCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGt < 5:27863/139‑1 (MQ=255) ccATTTTCTTAGCGAGCAGCGCTTGACCTAACGCATTATTGATTTTATGAGACCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGt < 4:51200/139‑1 (MQ=255) aGCGAGCAGCGCTTGACCTAACGCATTATTGATTTTATGAGACCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTAc < 7:334122/137‑1 (MQ=255) agcagcGCTTGACCTAACGCATTATTGATTTTATGAGACCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAAt < 6:244782/139‑1 (MQ=255) cagcGCTTGACCTAACGCATTATTGATTTTATGAGACCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAg < 3:150470/139‑1 (MQ=255) cagcGCTTGACCTAACGCATTATTGATTTTATGAGACCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAg < 2:330646/139‑1 (MQ=255) cagcGCTTGACCTAACGCATTATTGATTTTATGAGACCCTGTATGGTTAAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAg < 4:170900/139‑1 (MQ=255) gACCTAACGCATTTTTGATGTTATGAGACCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGGCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTAAGTGCATTCTGCCTACCGGAATAGTCATGTaa > 2:211673/1‑139 (MQ=255) aCCTAACGCATTATTGATTTTATGAGTCCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAGTCATGTAAc < 4:135045/139‑1 (MQ=255) aCCTAACGCATTATTGATTTTATGAGACCCTGTATGTTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAGTCATGTaa < 1:211673/138‑1 (MQ=255) aCCTAACGCATTATTGATTTTATGAGACCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAGTCATGTaa < 8:330192/138‑1 (MQ=255) aaccGCATTATTCAATATAGGAGCCCCTGAATGGTTTAACTCTTCTCGGTTAAAATAAAATTACGCGCCGCCTAAGAACTCAGTAACTCGAGCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAGTCATGTAACAGc < 2:281532/136‑1 (MQ=255) agcGCATTATTGATTTTATGAGAACCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAGATTTTCGCGCCGCCTAAGTATTCAGTGACTCGATCAGCGTATGTTAATGCAGTCGGGCGTCCGGAATAGTCCTTTAACAGCt > 3:328816/3‑139 (MQ=255) aaCGCATTATTGATTTTATGAGACCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAg > 7:56283/1‑126 (MQ=255) aaCGCATTATTGATTTTATGAGACCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAg < 8:56283/126‑1 (MQ=255) aaCGCATTATTGATTTTATGAGACCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTAACGGAATAGTCATGTAACAGCt > 4:5738/1‑139 (MQ=255) aCGCATTATTGATTTTATGAGACCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAGTCATGTAACAGc < 7:335380/137‑1 (MQ=255) cATTATTGATTTTATGAGACCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAGTCATGTAACAGCTTGTa < 4:122551/139‑1 (MQ=255) tattGATTTTATGAGACCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAAt < 4:232794/117‑1 (MQ=255) tattGATTTTATGAGACCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAAt > 3:232794/1‑117 (MQ=255) tattGATTTTATGAGACCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAAt < 2:274241/117‑1 (MQ=255) tattGATTTTATGAGACCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAGTCATGTAACAGCTTGTAata > 4:293228/1‑139 (MQ=255) tattGATTTTATGAGACCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTACGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAAt > 1:274241/1‑117 (MQ=255) tGAGACCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAGTCATGTAACAGCTTGTAATATTCATTACGaa < 5:171659/139‑1 (MQ=255) gagaCCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAg > 7:307111/1‑107 (MQ=255) gagaCCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAg < 8:307111/107‑1 (MQ=255) gaCCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAGTCATGTAACAGCTTGTAATATTCATTACGaaaaa < 3:293228/139‑1 (MQ=255) aCCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAGTCATGTAACAGCTTGTAATATTCATTACGaaaaa > 1:16861/1‑138 (MQ=255) tGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAGTCATGTAACAGCTTGTAATATTCATTACGAAAAACAGGa > 6:137032/1‑139 (MQ=255) tGTATGGATTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAGTCATGTAACAGCTTGTAATATTCATTACGAAAAACAGGa > 8:268310/1‑139 (MQ=255) 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ctcGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTCCCGGAATAGTCATGTAACAGCTTGTAATATTCATTACGAAAAACAGGATCATCCTTGATCTCtt > 2:157263/1‑138 (MQ=255) ctcGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAGTCATGTAACAGCTTGTAATATTCATTACGAAAAACAGGat > 1:20646/1‑123 (MQ=255) ctcGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAGTCATGTAACAGCTTGTAATATTCATTACGAAAAACAGGat < 2:20646/123‑1 (MQ=255) ttttCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAGTCATGTAACAGCTTGTAATATTCATTACGAAAAACAGGATCATCCTTGATCTCTTTAAATGCGGTTTCAAt < 4:125006/139‑1 (MQ=255) aGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAGTCATGTAACAGCTTGTAATATTCATTACGAAAAACAGGATCATCCTTGATCTCTTTAAATGCGGTTTCAATTTCTTCTAACGGc < 5:273612/137‑1 (MQ=255) cTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAGTCATGTAACAGCTTGTAATATTCATTACGAAAAACAGGATCATCCTTGAt < 7:332675/99‑1 (MQ=255) cTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAGTCATGTAACAGCTTGTAATATTCATTACGAAAAACAGGATCATCCTTGAt > 8:332675/1‑99 (MQ=255) cTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAGTCATGTAACAGCTTGTAATATTCATTACGAAAAACAGGATCATCCTTGATCTCTTTAAATGCGGTTTCAATTTCTTCTAACGGCTGCAt > 1:134492/1‑138 (MQ=255) | GCACCGGTTTCAGCAATGATTTTCGATTTTCCCATTTTCTTAGCGAGCAGCGCTTGACCTAACGCATTATTGATTTTATGAGACCCTGTATGGTTTAAATCTTCTCGTTTCAAATAAATTTTCGCGCCGCCTAAGTACTCAGTAACTCGATCAGCAAACGTGAGTGCAGTCGGCCTACCGGAATAGTCATGTAACAGCTTGTAATATTCATTACGAAAAACAGGATCATCCTTGATCTCTTTAAATGCGGTTTCAATTTCTTCTAACGGCTGCAT > CP006881/2191025‑2191299 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |