| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 2,228,900 | G→A | 30.9% | intergenic (‑152/‑54) | U712_11195 ← / → U712_11200 | Uncharacterized protein ypzE/D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 2,228,900 | 0 | G | A | 30.9% | 140.3 / 74.5 | 97 | intergenic (‑152/‑54) | U712_11195/U712_11200 | Uncharacterized protein ypzE/D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (38/29); new base A (19/11); total (57/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.07e-01 | |||||||||||
CATTATAAACGATAACTGGTTGGCTGTATAGAGAATTGCTTCAAATTAAATATATTACCTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTCGAGTATTGGTCTCAGACAAAATGAGCAACGACGGTTTACAGCCACTTATTGAATCAGACTTTATTGAAATCGTT > CP006881/2228763‑2229034 | cATTATAAACGATAACTGGTTGTCTGTATAGAGAATTGCTTCAAATTAAATATATTACCTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTATGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTgaga < 1:109671/139‑1 (MQ=255) aatgcgttcgtttgaaatcatcgctgacgtttggaaaaacagataacagctataaaaaaagcaatgtagcggggagacccatacattgcttTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTaaa < 4:127271‑M1/46‑1 (MQ=255) aatgcgttcgtttgaaatcatcgctgacgtttggaaaaacagataacagctataaaaaaagcaatgtagcggggagacccatacattgcttTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTaaa > 3:127271‑M1/92‑137 (MQ=255) aatgcgttcgtttgaaatcatcgctgacgtttggaaaaacagataacagctataaaaaaagcaatgtagcggggagacccatacattgcttTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTAAAt < 7:246236‑M1/47‑1 (MQ=255) 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cTTTACTGCCTCAAAAAACGTTGACAATCTTTTGAGAATATGTTATATTATCAGATATTTAGTTTGTCATTTTAGGATGAAATCTACCGATTTTTCGAGTATTGTTCTCAGACATAATGAGCAACGACGGTTTACa < 7:73081/136‑1 (MQ=255) tttACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTAAATTATCAGtgacatgaaaggaagtatttgaaaatgaagaatactccaactcaattagaaccaaatgttcctgtaacaagaagccattcaatgg > 5:76380‑M1/1‑53 (MQ=255) cTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGATGAAATCTAACGATGTTTCGAGTATTGGTCTCAGACAAAATGAGCAACGACGGTTTACAGCCACTTa < 1:197572/139‑1 (MQ=255) cGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTCGAGTATTGGTCTCAGACAAAATGAGCAACGACGGTTTACAGCCACTTAtt > 1:398870/1‑138 (MQ=255) cGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTAAATTATCAGtgacatgaaaggaagtatttgaaaatgaagaatactccaactcaattagaaccaaatgttcctgtaacaagaagccattcaatgggatttgt > 5:300062‑M1/1‑46 (MQ=255) cGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTAAATTATCAGtgacatgaaaggaagtatttgaaaatgaagaatactccaactcaattagaaccaaatgttcctgtaacaagaagccattcaatgggatttgt > 5:141085‑M1/1‑46 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |