| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP006881 | 2,228,902 | A→G | 31.9% | intergenic (‑154/‑52) | U712_11195 ← / → U712_11200 | Uncharacterized protein ypzE/D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 2,228,902 | 0 | A | G | 31.9% | 99.2 / 85.7 | 97 | intergenic (‑154/‑52) | U712_11195/U712_11200 | Uncharacterized protein ypzE/D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/28); new base G (19/11); total (57/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
TAACTGGTTGGCTGTATAGAGAATTGCTTCAAATTAAATATATTACCTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTCGAGTATTGGTCTCAGACAAAATGAGCAACGACGGTTTACAGCCACTTATTGAATCAGACTTTATTGAAATCGTTCAAAA > CP006881/2228775‑2229039 | aatgcgttcgtttgaaatcatcgctgacgtttggaaaaacagataacagctataaaaaaagcaatgtagcggggagacccatacattgcttTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTaaa < 4:127271‑M1/46‑1 (MQ=255)aatgcgttcgtttgaaatcatcgctgacgtttggaaaaacagataacagctataaaaaaagcaatgtagcggggagacccatacattgcttTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTaaa > 3:127271‑M1/92‑137 (MQ=255)aatgcgttcgtttgaaatcatcgctgacgtttggaaaaacagataacagctataaaaaaagcaatgtagcggggagacccatacattgcttTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTAAAt < 7:246236‑M1/47‑1 (MQ=255) aaCTGGTTGGCTGTATAGAGAATTGCTTCAAATTAAATATATTACCTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTa > 7:140712/1‑139 (MQ=255) 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TAACTGGTTGGCTGTATAGAGAATTGCTTCAAATTAAATATATTACCTGCAAGCTGTCAGATCATTGATTTATTAGGCTTTACTTTTATCCTTTACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAGAATATGTTAAATTATCAGATATTTAGTTTGTCAATTTAGGAGGAAATCTAACGATGTTTCGAGTATTGGTCTCAGACAAAATGAGCAACGACGGTTTACAGCCACTTATTGAATCAGACTTTATTGAAATCGTTCAAAA > CP006881/2228775‑2229039 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |