Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 2,751,749 | A→G | 7.0% | V237V (GTA→GTG) | U712_14185 → | Glycolate oxidase subunit glcD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 2,751,749 | 0 | A | G | 7.0% | 160.6 / 4.0 | 57 | V237V (GTA→GTG) | U712_14185 | Glycolate oxidase subunit glcD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/29); new base G (2/2); total (26/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.95e-01 |
TCTTTTTGTCGGCTCAGAAGGAACACTCGGCATTGTGACAGAGGCAATCGTCAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGATCAGCCTACACTATTGGTGATTGAGGATTATGCCAAAATCGGACTTCCGACAAGCGCAAAAGCAGTTCTGTTAATTGAA > CP006881/2751620‑2751878 | tCTTTTTGTCGGCTCAGAAGGTACACTCGGCATTGTGACAGAGGCAATCGTGAACCTCGTTCGAACGCCGGAATCAAAGATGACGCTGCGTGCCCTGTATGAACACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCTGACatt > 2:179872/1‑139 (MQ=255) ggCTCATATGGAACACTCGGCATGGCTACAGAGGCAATCTTAAAACACGTTACAAAGCCGGAAACAACGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCa < 7:306853/138‑1 (MQ=255) acacTCGGCATTGTGACAGAGGCAATCGTCAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCTCAAAAATTATACACg > 6:125712/1‑139 (MQ=255) acacTCGGCATTGTGACAGAGGCAATCGTCAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCg > 5:250335/1‑139 (MQ=255) cGGCATTGTGACAGAGGCAATCGTCAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACg > 1:164149/1‑139 (MQ=255) cGGCATTGTGACAGAGGCAATCGTCAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACg > 1:70700/1‑139 (MQ=255) cGGCATTGTGACAGAGGCAATCGTCAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACg > 4:227542/1‑139 (MQ=255) cGGCATTGTGACAGAGGCAATCGTCAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACg > 8:310859/1‑139 (MQ=255) aTTGTGACAGAGGCAATCGTCAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTGTCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCtt > 3:297764/1‑138 (MQ=255) aTTGTGACAGAGGCAATCGTCAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTAAAACGGTGTCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCAGCTAAGcat > 7:175539/1‑136 (MQ=255) gtgACAGAGGCAATCGTCAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAAt > 8:323005/1‑139 (MQ=255) gcggCAATCGTCAAACTCCTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAACCATCGATCCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTtctc > 3:21616/3‑138 (MQ=255) gagGCAATCGTCAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTtctc > 7:55488/1‑138 (MQ=255) gagGCAATCGTCAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTtctc > 7:50574/1‑138 (MQ=255) gagGCAATCGTCAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCGCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTtctc > 5:385326/1‑138 (MQ=255) gagGCAATCGTCAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTAAGAAAACATCGATGCCGCAGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTtctc > 7:65039/1‑138 (MQ=255) gggCAAGCGTAAAACTGCTTCAAAAGCCGGAACCAACGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGa < 5:296655/138‑1 (MQ=255) ggCAATCGTCAAACTCTTACAAAAGCCGCAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGAt < 5:92269/139‑1 (MQ=255) ggCAATCGTCAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAACGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGAt < 2:8249/139‑1 (MQ=255) ggCAATCGTCAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGAt < 7:323005/139‑1 (MQ=255) ggCAATCGTCAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGAt < 5:140042/139‑1 (MQ=255) ggCAATCGTCAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGAt < 1:38076/139‑1 (MQ=255) ggCAATCGGCAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAACAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGAt < 8:391556/139‑1 (MQ=255) gccAACCGTCAAACTCGTCCCAACGCCGGAAACAACGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGAt < 8:65039/137‑1 (MQ=255) taaaTCGCAAAACTCGTCCCAAAGCGGGAAACCACGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGATc < 6:23764/137‑1 (MQ=255) gCAATCGTAAAACTCGTTCCAACGCCGTAAACAAACAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACCTCGATGCCGCTGCTCAAACTGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGAt < 2:127316/138‑1 (MQ=255) tCGCCAAACTCGTCCCAAACCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGATCAGcc < 5:227375/139‑1 (MQ=255) gTCAACCTCGTTCCAAAGCCGGAACCAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTGTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGATCAGCCTa < 5:350391/139‑1 (MQ=255) gTCAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTGTCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGATCAGCCTa < 4:297764/139‑1 (MQ=255) gTCAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGATCAGCCTa < 6:389163/139‑1 (MQ=255) gTCAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGATCAGCCTa < 8:50574/139‑1 (MQ=255) gTCAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGATCAGCCTa < 8:55488/139‑1 (MQ=255) taaaaCTCGTTCCAATGCAGTAACCAATGAAGACGCTGCTTGCCGTTTATGAAATCATCGATGCCGCTGCTCATACGGTGTCGGACATTTTTGCCGCAAATATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGATCAGCCTa < 8:175539/136‑1 (MQ=255) cAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGAt > 5:356120/1‑130 (MQ=255) cAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGAt < 6:356120/130‑1 (MQ=255) aaaCTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGATCAGCCTaca < 7:40113/138‑1 (MQ=255) acgaaccAAACCCGGAAACACAGAAGAAGCTTCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTGAATCGGTATCGGACATTCTTGACGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGATCAGCCTACACTAtt < 5:125712/134‑1 (MQ=255) gTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGATCAGCCTACACTATTgg > 4:244362/1‑139 (MQ=255) ttCCAAAGCCGAAAACAACGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGATCAGCCTACACTATTGGt < 8:141422/139‑1 (MQ=255) aaaGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGATCAGCCTACACTATTGGTGAtt < 7:310859/139‑1 (MQ=255) gAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTTCCGCAAAAATTATACACGCTACGATTGAATTTCTCGATCAGCCTACACTATAGGTGATTGAGGAt > 7:294515/1‑138 (MQ=255) gctgctTGCCCTAACTGAAAACATCGAAGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTCCCGCAAAAAATATACCCGCTACGATTGAATTTCTCGATCAGCCTACACTATTGGTGATTGAGGATTATGCCAAAATCGGa < 1:179872/139‑1 (MQ=255) ttGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGAt > 2:312866/1‑92 (MQ=255) ttGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGAt < 1:312866/92‑1 (MQ=255) ttATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGAt < 7:237712/85‑1 (MQ=255) ttATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGAt > 8:237712/1‑85 (MQ=255) ttATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGATCAGCCTa > 7:248338/1‑92 (MQ=255) ttATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGATCAGCCTa < 8:248338/92‑1 (MQ=255) ttATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGATCAGCCTACTCTATTGGTGATTGAGGATTATGCCAAAATCGGACTTCCTACAAgc > 6:263283/1‑139 (MQ=255) ttATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGATCAGCCTACACTATTGGTGATTGAGGATTATGCCAAAATCGGACTTCCGACAAgc > 5:262794/1‑139 (MQ=255) aTGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGATCAGCCTACACTATTGGTGATTGAGGATTATGCCAAAATCGGACTTCCGACAAgcg > 3:207129/1‑138 (MQ=255) aaCATCGATGCCGCTTCTCAAACGGTATCGGACATTATTGAAGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGATCAGCCTAGACTTTTGGTGATTGAGGATTATTCCAAAATCGGACTTCCGACAAGCGCAAAAg < 6:47453/139‑1 (MQ=255) aaCATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGATCAGCCTACACTATTGGTGATTGAGGATTATGCCAAAATCGGACTTCCGACAAGCGCAAAAg < 2:164149/139‑1 (MQ=255) aTCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGATCAGCCTACACTATTGGTGATTGAGGATTATGCCAAAATCGGACTTCCCACAAGCGCAAAAGCAg > 5:47453/1‑139 (MQ=255) aaaCGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTGCTCGATCAGCCTACACTATTGGTGATTGAGGATTATGCCAAAATCGGACTTCCGACAAGCGCAAAAGCAGTTCTGTTAATTGaa < 2:70700/137‑1 (MQ=255) aCGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGAt < 2:367628/57‑1 (MQ=255) aCGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGAt > 1:367628/1‑57 (MQ=255) | TCTTTTTGTCGGCTCAGAAGGAACACTCGGCATTGTGACAGAGGCAATCGTCAAACTCGTTCCAAAGCCGGAAACAAAGAAGACGCTGCTTGCCCTTTATGAAAACATCGATGCCGCTGCTCAAACGGTATCGGACATTATTGCCGCAAAAATTATACCCGCTACGCTTGAATTTCTCGATCAGCCTACACTATTGGTGATTGAGGATTATGCCAAAATCGGACTTCCGACAAGCGCAAAAGCAGTTCTGTTAATTGAA > CP006881/2751620‑2751878 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |