| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 2,863,169 | C→A | 15.0% | intergenic (‑146/+130) | U712_14770 ← / ← U712_14775 | Catabolite control protein A/Protein AroA(G) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 2,863,169 | 0 | C | A | 15.0% | 216.1 / 6.7 | 100 | intergenic (‑146/+130) | U712_14770/U712_14775 | Catabolite control protein A/Protein AroA(G) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/32); new base A (12/6); total (62/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CACTCCTTTTACTGGATACACTTATCCTTATCTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACGAGAAAGCATAAAAAAA‑GGCCGCAGGCGCGGCCTTTTGGATTGTTCAATTAAGCGTT > CP006881/2863032‑2863307 | gacagcTTTTACTGGATACACTTATCCTTATCTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATtcatca < 1:183689/134‑1 (MQ=255) cTCCTTTTACTGGATACACTTATCCTTATCTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTTCATTATTTTTCATTATTAATGaaa > 2:213741/1‑139 (MQ=255) cTCCTTTTACTGGATACACTTATCCTTATCTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTTCATTATTTTTCATTATTAATCaaa > 7:154100/1‑139 (MQ=255) cTCCTTTTACTGGATACACTTATCCTTATCTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCaaa > 8:394013/1‑139 (MQ=255) cTCCTTTTACTGGATACACTTATCCTTATCTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCaaa > 2:52487/1‑139 (MQ=255) cTCCTTTTACTGGATACACTTATCCTTATCTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCaaa > 1:7896/1‑139 (MQ=255) cTCCTTTTACTGGATACACTTATCCTTATCTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCaaa > 1:43108/1‑139 (MQ=255) aTACACTTATCCTTATCTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATtcatca > 6:285385/1‑124 (MQ=255) aTACACTTATCCTTATCTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATtcatca < 5:285385/124‑1 (MQ=255) tACACTTATCCTTATCTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTTTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTTTTAATAAAATTTAAATAcatat > 4:94026/1‑134 (MQ=255) tACACTTATCCTTATCTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTGTATGTTTTGTAAGCGTTAGTCAGTAGTGTACATTTTTTTTGATTTTTAATAAAAGTTTATTAcgtgtg > 2:183689/1‑134 (MQ=255) cacTTATCCTTATCTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCa < 1:122924/138‑1 (MQ=255) acTTATCCTTATCTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATg < 1:319300/139‑1 (MQ=255) tccttatcTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGa > 4:139219/1‑135 (MQ=255) tccttatcTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGa < 3:139219/135‑1 (MQ=255) tccttatcTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTGTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAAtt > 4:64576/1‑139 (MQ=255) agttcTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTATTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTAAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATtata < 1:3748/136‑1 (MQ=255) atcTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTTTTTTTAATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCAAGAAATTATaca > 8:208045/1‑139 (MQ=255) atcTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTTTTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAAATATaca > 7:208810/1‑139 (MQ=255) atcTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTTCTTTTCATGAAATTATtca > 8:76450/1‑139 (MQ=255) atcTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATtata < 7:208045/137‑1 (MQ=255) atcTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATtata < 1:228610/137‑1 (MQ=255) atcTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATaca > 4:343772/1‑139 (MQ=255) atcTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATaca > 8:291949/1‑139 (MQ=255) atcTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTAAATTTTTTTTCATTATTCATAAAATTTAATTACTTATCATGAAATTATaca > 6:22957/1‑139 (MQ=255) tctcTATCATAAAAACTTTATTTATAGAAATGTCATAATGTCCGAAGTTATGGCGGTTATTATTTGTAAGCGTAAGTCAGGAGTGTACATTATTTTTCATTATTCCTCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATaca < 8:379154/138‑1 (MQ=255) tcTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATaca < 7:291949/138‑1 (MQ=255) taGCATAAACACTTTATGTAGATAAATGTCATAATGTCCGAATTTATTTCGTTTATGATTTTTAAGCGTAAGTCAGTATTGTACAATAATTTTCATTATTAATAAAAATTAATTAATTCTAAATAAATTATACACGttt > 5:179163/1‑139 (MQ=255) taGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGttt > 3:167596/1‑139 (MQ=255) taGCAAAAACACTATATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGAATTCTAAGCGTAAGTCAGTATTTTACATTATTTTTATATATTGATCAAATTTAATTAGTTCTAATGAAATTATAAACGttt > 6:288681/1‑139 (MQ=255) aGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGtttt > 2:265634/1‑139 (MQ=255) gCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTAAATTATTTTTAATTATTAATAAAATTTAATTAATTATCATTAAATTATAAACGttttt > 1:181854/1‑139 (MQ=255) cATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTta > 6:92185/1‑139 (MQ=255) tAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTTTGATTTTTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTGATAAAATTTAATTACATATCATGTTATTATTCACCTTTTtata > 7:302057/1‑139 (MQ=255) tAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTTTTTTTAATTATTGATCAAATTTAATTTCTTCTCATGAAATTATACACGTTTTtata > 1:245272/1‑139 (MQ=255) tAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATg > 7:367969/1‑119 (MQ=255) tAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATg < 8:367969/119‑1 (MQ=255) aaaCACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCAGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAATCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTAATTATTAATAAAATTTAAATACTTAACAATAAAATATAAACGTTTTtatct > 2:3748/1‑137 (MQ=255) aaCACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAga < 5:48066/139‑1 (MQ=255) acacTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAgat > 3:137252/1‑139 (MQ=255) acacTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGGAAGCGTAAGTCAGTAGTGTTCATTATTTTTCAATATTGATCAATTTTAAGTTAATCTGCTGAAATTAATCACGTTTTTatatat > 6:21185/1‑139 (MQ=255) acTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTAATTATTGATCAAATTTAATTAATTATAATGAAATTATACACGTTTTTTTAtatga > 2:122742/1‑139 (MQ=255) ttATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTTTTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTAATGAAATTATACACGTTTTTATTTatgatg > 8:260570/1‑138 (MQ=255) ttATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGatgatg > 1:258657/1‑138 (MQ=255) ttATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGatgatg > 1:264389/1‑138 (MQ=255) ttATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTAATCAAATTTAATTAATTGTCATTAAATTATAAACGTTTTTATAGatgatg > 3:2589/1‑138 (MQ=255) ttATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTAATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATTAAATTATACACGTTTTTATAGatgatg > 3:383737/1‑138 (MQ=255) ttATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTGTTTGATTTGTTAGCGTTAGTCAGTAGTGTAAATTATTTTTAAATATTCATAAAAATTTATTTCTTCGCATGAAATTAAACCCCTTTTTAAAGattatg > 5:184878/1‑138 (MQ=255) tATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTTCATTATTTTTAATTATTAATAAAAATTAATTAATTCTAATGAAATTATAAACGTTTTTATAgatgatta > 2:162830/1‑136 (MQ=255) tATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGatgatg < 5:92185/137‑1 (MQ=255) tATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGAtgatga < 7:212266/138‑1 (MQ=255) tATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGAtgatga < 7:217857/138‑1 (MQ=255) gagaAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATTATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTTTTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTATCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGta > 3:321033/1‑139 (MQ=255) gagaAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGt < 3:14565/138‑1 (MQ=255) gaAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGtata < 1:162830/139‑1 (MQ=255) tGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTg > 7:401045/1‑139 (MQ=255) tGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTAATTATTAATCAAATTTAATTACTTATCATTAAATTATACACGTTTTTATAGAAGATTAAAACGTATACTTg > 6:3858/1‑139 (MQ=255) tGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACAATATTTTTCATTATTCATAAAATTTAATTACTTCTCGTGAAAATATAACAGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTg > 8:350278/1‑139 (MQ=255) tAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGtttt < 1:265634/139‑1 (MQ=255) aTGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTta > 6:152219/1‑139 (MQ=255) tCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATaca > 8:261380/1‑98 (MQ=255) tCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATaca < 7:261380/98‑1 (MQ=255) cGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAATCGTAATTAAGTAGTGTACATTATTTTTAATTATTAATAAAATTTAATTAATTATAATTAAATTATAAAAGTTTTTATTTATGATGAAAACGTATACATGGTTTTTTTAAc > 8:338220/1‑138 (MQ=255) gTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACgaga < 1:52487/139‑1 (MQ=255) gTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACgaga < 3:7907/139‑1 (MQ=255) gTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTAATTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACgaga < 1:122742/139‑1 (MQ=255) tttATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAAATAAATAAACgata > 7:290217/1‑136 (MQ=255) tGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACGAGAAAGCa < 2:264389/139‑1 (MQ=255) tGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACGAGAAAGCa < 2:258657/139‑1 (MQ=255) gTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATTAAATTATAAACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACGAGAAAGCATAAAAAAA‑GGCCGCAg > 6:308056/1‑139 (MQ=255) tagtGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATTAAATTATACCCGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACGAGAAAGCATAAAAAAA‑GGCCGCAGGcgcg < 2:43108/139‑1 (MQ=255) tagtGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATTAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACGAGAAAGCATAAAAAAA‑GGCCGCAGGcgcg < 7:394013/139‑1 (MQ=255) tagtGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACGAGAAAGCATaaaaa > 7:117336/1‑124 (MQ=255) tagtGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACGAGAAAGCATaaaaa < 8:117336/124‑1 (MQ=255) tagtGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACGAGAAAGCATAAAAAAA‑GGCCGCAGGcgcg < 1:213741/139‑1 (MQ=255) tttgtATATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCTTTAATTATTACACGTTTTAATTGTTTATTAAAACGTATAGTTGGTTTTTATAACTAAATAAACGACAAAGCATAAAAAAA‑GGCCGCAGGcgcg < 8:208810/136‑1 (MQ=255) gtACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACGAGAAAGCATAAAAAAA‑GGCCGCAGGCGCGGCCt > 3:260230/1‑139 (MQ=255) tACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATTATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTATATAAACGAGAAAGCATAAAAAAA‑GGCCGCAGGCGCGGCCtt > 5:343914/1‑139 (MQ=255) tACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACGAGAAAGCATAAAAAAA‑GGCCGCAGGCGCGGCCtt > 5:2916/1‑139 (MQ=255) tACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACGAGAAAGCATAAAAAAA‑GGCCGCAGGCGCGGCCtt > 4:359010/1‑139 (MQ=255) tACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACGAGAAAGCATAAAAAAA‑GGCCGCAGGCGCGGCCtt > 3:337225/1‑139 (MQ=255) tACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACGAGAAAGCATAAAAAAA‑GGCCGCAGGCGCGGCCtt > 4:156657/1‑139 (MQ=255) tACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACGAGAAAGCATAAAAAAA‑GGCCGCAGGCGCGGCCtt > 3:7547/1‑139 (MQ=255) ttttttATTTATTAATAAAATTAAATTATTTATAATAAAATAAAACTGTTTTTTATTTATTATTAAAATTTATATTTGTTTTTTAAAAAAAAAAAACCCACAAACAAAAAAAAAC‑GGCCGCAGGCGCGGCCTTTTGGa < 2:181854/137‑1 (MQ=255) attTTTCATTATTCATCAAAATTAATTAATTCTCATGAAATTAAACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTAATAACAAAATAAACGAGAAACCATAAAAAAA‑GGCCGCAGGCGCGGCCTTTTGGa < 5:45682/138‑1 (MQ=255) attTTTCATTATTCATAAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTAAACACGTTTTTATAGATAATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACGAGAAAGCATAAAAAAA‑CGCCGCAGGCGCGGCCTTTTGGa < 3:343772/138‑1 (MQ=255) attTTTATTTATTCATAAAATTTAATTAATTATCATTAAATTATACACGTTTTTTACGATGATGAAAACTTTTACTTGTTTTTTATAACAAAATAAACGATAAAGCATAAAAAAA‑GGCCGCAGGCGCGGCCTTTTGGa < 4:321033/138‑1 (MQ=255) tttttCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACTAGAAAGCATAAAAAAA‑GGACGCAGGCGCGGCCTTTTGGAtt > 7:53371/1‑139 (MQ=255) tttCATTATTCATCAAATTAAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTAAAACTAAATAAACGAGAAAGCATAAAAAAA‑GGCCGCAGGCGCGGCCTTTTGGATTg < 2:7896/138‑1 (MQ=255) ttaattattCATAAAATTTAATAAATAATCATTAAATTATAAACTTTTTAATAGATGATTAAAAGGTATACTTTGTTTTTATAACTAAATAAACTAGAAAGCAAAAAAAAA‑GGCCGCAGGCGCGGCCTTTTGGATTGt < 4:370473/135‑1 (MQ=255) ttCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACGAGAAAGCATAAAAAAA‑GGCCGCAGGCGCGGCCTTTTGGATTGtt > 5:154656/1‑139 (MQ=255) ttCATTATTCAAAAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTATTTATAGATGATGAAAACGTAAACTTGATTTTTAAAACTAAATAAACGAGAAAGCATAAAAAAAGGGCCGCAGGCGCCGCCTTTTGAATTGt > 8:301297/1‑139 (MQ=255) gtaattattAATAAAATTTAATTAATTCTCATTAAATTAAACAGTTTTTAATATTTTATTAAAACTTATACTTGGTTTTTAAAACAAAATAAACGCCAAACAAAAAAAAAA‑GGCCGCAGGCGCGGCCTTTTGGATTGtt < 8:343663/136‑1 (MQ=255) cATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACGAGAAAGCATAAAAAAA‑GGCCGCAGGCGCGGCCTTTTGGATTGTTc > 1:398412/1‑138 (MQ=255) cATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACGAGAAAGCATAAAAAAA‑GGCCGCAGGCGCGGCCTTTTGGATTGTTc > 4:351208/1‑138 (MQ=255) attattCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACGAGAAAGCATAAAAAAA‑GGCCGCAGGCGCGGCCTTTTGGATTGTTCaa > 7:58577/1‑139 (MQ=255) tcaAATTTAATTACTTCTCATTAAATTATACACGTTTTTATTGATGATGAAAACGTATCCTTGGTTTTTATAACTAAATAACCGACAAAGCATAAAAAAC‑GGCCGCAGGCGCGGCCTTTTGGATTGTTCAATTAAGCGt < 3:94026/139‑1 (MQ=255) tcaAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACGAGAAAGCATAAAAAAA‑GGCCGCAGGCGCGGCCTTTTGGATTGTTCAATTAAGCGt < 8:290217/139‑1 (MQ=255) caAATTTATTTTCTTCTTTTGTTATTATTCTATTTTTTATATATGTTTAAATCGTATACTTTGTTTTTATAACTAAATAAACGTGTAAGATTAAAAAAA‑GGCCGCAGGCGCGGCCTTTTGGATTGTTCAATTAAGAGt < 6:179163/138‑1 (MQ=255) caAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACGAGAAAGCATAAAAAAA‑GGCCGCAGGCGCGGCCTTTTGGATTGTTCAATTAAGCGtc > 7:343663/1‑138 (MQ=255) | CACTCCTTTTACTGGATACACTTATCCTTATCTATAGCATAAACACTTTATGTAGAGAAATGTCATAATGTCCGAATTTATGTCGTTTATGATTTGTAAGCGTAAGTCAGTAGTGTACATTATTTTTCATTATTCATCAAATTTAATTACTTCTCATGAAATTATACACGTTTTTATAGATGATGAAAACGTATACTTGGTTTTTATAACTAAATAAACGAGAAAGCATAAAAAAA‑GGCCGCAGGCGCGGCCTTTTGGATTGTTCAATTAAGCGTT > CP006881/2863032‑2863307 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |