Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 3,723,022 | G→A | 100% | intergenic (‑136/‑165) | U712_19190 ← / → U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 3,723,022 | 0 | G | A | 100.0% | 409.0 / NA | 123 | intergenic (‑136/‑165) | U712_19190/U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (47/76); total (47/76) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
CTGTTTCTCCCCCTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTCAACT‑GTTT‑TTTAGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATG > CP006881/3722887‑3723156 | cTGTTTCTCCCCCTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTaag > 3:148643/1‑138 (MQ=255) cTGTTTCTCCCCCTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTaag > 5:73770/1‑138 (MQ=255) tttCTCCCCCTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATa < 3:140359/139‑1 (MQ=255) tttCTCCCCCTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATa > 8:144971/1‑139 (MQ=255) tccccccTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCATGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGc > 8:363229/3‑139 (MQ=255) tcCCCCTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCt > 8:86737/1‑139 (MQ=255) cccccTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCACCGAAT‑AAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACACTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCttt > 2:176103/1‑139 (MQ=255) ccccTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAATTTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCttt < 3:60742/139‑1 (MQ=255) ccccTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCttt > 4:305457/1‑139 (MQ=255) ccccTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCt < 6:354849/137‑1 (MQ=255) ccccTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCt < 2:21430/137‑1 (MQ=255) ccccTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCAAAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCtt > 2:338492/1‑138 (MQ=255) ccacTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTACAATTCGCCCACGAATAAAGGACACAGCGAGCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGCTTAAGAATACGCt < 2:255035/134‑1 (MQ=255) acccTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCtt > 4:127592/2‑138 (MQ=255) ttttATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTtcat > 5:262880/1‑138 (MQ=255) ttatttaAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTtcatca < 2:268634/138‑1 (MQ=255) atttaAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATa < 2:168128/138‑1 (MQ=255) atttaAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATATACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATa < 6:271423/138‑1 (MQ=255) aaaaaGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATa < 3:99234/139‑1 (MQ=255) cTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTATTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTc < 4:289544/139‑1 (MQ=255) aaTTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCa < 6:282166/139‑1 (MQ=255) cGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACta > 8:118424/1‑138 (MQ=255) aaCGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACT‑Attt‑t < 6:73770/139‑1 (MQ=255) cGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACT‑Attt‑ttt < 1:76916/139‑1 (MQ=255) cGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACT‑Attt‑ttt > 4:225702/1‑139 (MQ=255) cGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACT‑Attt‑ttt < 8:57094/139‑1 (MQ=255) cacaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTACCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTtc < 1:148431/90‑1 (MQ=255) cacaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTACCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTtc > 2:148431/1‑90 (MQ=255) acaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCtt > 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cGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTT‑TTTAGTTAAATAGTTTGa > 8:194747/1‑139 (MQ=255) aTCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCttt > 1:90955/1‑82 (MQ=255) aTCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCttt < 2:90955/82‑1 (MQ=255) aTCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTT‑TTTAGTTAAATAGTTTGATa > 5:123700/1‑139 (MQ=255) tCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTT‑TTTAGTTaaa > 5:341774/1‑128 (MQ=255) tCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTT‑TTTAGTTaaa < 6:341774/128‑1 (MQ=255) tCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTT‑TTTAGTTAAATAGTTTGATa > 3:165400/1‑138 (MQ=255) tCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTT‑TTTAGTTAAATAGTTTGATa > 1:246067/1‑138 (MQ=255) tCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTT‑TTTAGTTAAATAGTTTGATa > 1:177509/1‑138 (MQ=255) tttCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTT‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAAcat > 3:388949/1‑137 (MQ=255) tttACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTT‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGa > 1:304752/1‑139 (MQ=255) tACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTT‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGAc > 8:112801/1‑138 (MQ=255) tAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTT‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTa < 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< 1:176103/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGATTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTT‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 8:229169/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTAATCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATGGCGTTTTCGTCAACTATTTT‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 2:288380/139‑1 (MQ=255) aTCCCGATTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTT‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAATATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 8:172917/139‑1 (MQ=255) cccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTT‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 6:244669/139‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTT‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 4:302210/138‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTATTTT‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc 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CTGTTTCTCCCCCTTTTATTTAAACAAAAAAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTCAACT‑GTTT‑TTTAGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATG > CP006881/3722887‑3723156 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |