Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 3,723,045 | T→C | 100% | intergenic (‑159/‑142) | U712_19190 ← / → U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 3,723,045 | 0 | T | C | 100.0% | 414.2 / NA | 110 | intergenic (‑159/‑142) | U712_19190/U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (48/62); total (48/62) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
AAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑T‑GTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAACCATCAAAGAAAGCAGG > CP006881/3722916‑3723178 | aaGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCg < 1:96503/139‑1 (MQ=255) aaGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCg < 4:2229/139‑1 (MQ=255) aaCGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑T‑Attt‑t < 6:323548/139‑1 (MQ=255) ggACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTaaa < 7:308326/139‑1 (MQ=255) cacaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAg > 3:375671/1‑139 (MQ=255) cacaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAg > 1:62369/1‑139 (MQ=255) cacaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAg < 4:137231/139‑1 (MQ=255) cacaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTACATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑A‑ATTTAT‑TTAGTTAAATat > 2:299025/1‑138 (MQ=255) acaGCGATCCTTTTTCATTTACGGAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCAGAATCCCGCTTATTCAGATTATGAATACGCTTTCATCATATTTCTTGATAGCGTTTTCGTCAATT‑T‑TTTT‑T‑TTAGTTATATAGt > 6:52716/1‑139 (MQ=255) acaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAATTCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGt > 4:386238/1‑139 (MQ=255) acaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGt > 6:106837/1‑139 (MQ=255) acaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGt > 6:340675/1‑139 (MQ=255) acaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGt > 2:322719/1‑139 (MQ=255) aGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGttt > 1:290878/1‑139 (MQ=255) aGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGttt > 8:216725/1‑139 (MQ=255) aGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGttt > 1:161262/1‑139 (MQ=255) aGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAAGAGttt > 2:258321/1‑139 (MQ=255) aTCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATa > 2:113783/1‑139 (MQ=255) tCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑CAA‑TTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTTAtt > 4:751/1‑137 (MQ=255) tCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATa > 1:118276/1‑138 (MQ=255) tCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTAATCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTAGATa > 7:311743/1‑138 (MQ=255) tttCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAAcat > 1:266465/1‑137 (MQ=255) tttCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAAcat > 2:301837/1‑137 (MQ=255) tACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGAc > 7:200836/1‑138 (MQ=255) tAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTTAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTa < 5:209580/138‑1 (MQ=255) ttGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTaaaaatt > 8:188307/1‑136 (MQ=255) ttGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTaaaaatt > 4:123997/1‑136 (MQ=255) tGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTa > 5:36391/1‑138 (MQ=255) gCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTaa < 5:358872/138‑2 (MQ=255) gCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTaa < 1:38016/138‑2 (MQ=255) gCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTaa < 3:113174/138‑2 (MQ=255) gccttACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCCTCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTATGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATtgag < 1:310222/136‑3 (MQ=255) cTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATtgtg > 3:322837/1‑138 (MQ=255) cTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTAAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCTTAAAaattaattttt > 6:203665/1‑135 (MQ=255) ttACCAGTCACAATCCCGCATATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaa < 6:111209/139‑1 (MQ=255) tACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaa > 6:80981/1‑138 (MQ=255) tACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaa < 1:322719/138‑1 (MQ=255) tACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaa < 2:244126/137‑1 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 6:164974/138‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 2:62369/138‑3 (MQ=255) ccAGGCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCCTGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 8:114369/138‑3 (MQ=255) acAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGTATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 5:203665/137‑3 (MQ=255) tCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATat > 4:197170/1‑93 (MQ=255) tCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATat < 3:197170/94‑2 (MQ=255) tCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 7:324468/134‑3 (MQ=255) tCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca < 5:16397/139‑1 (MQ=255) tCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca < 2:311336/139‑1 (MQ=255) cacaATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca > 6:51058/1‑138 (MQ=255) ctCCCGCTTAATCAGATAAAGAATACGCAATCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑A‑ATTT‑TATTAGATAAATACATTGATATAACATGTAGACAAAAAAACCTAAAAAATAATTGAGAAATACTTCACAata < 5:52716/138‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTTACAata < 7:52977/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 5:147425/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 3:283646/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:375671/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:325636/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:322837/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 3:751/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 8:117591/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 2:290878/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 2:266465/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 2:118276/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 8:200836/139‑1 (MQ=255) tCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAatat < 1:122526/139‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 6:36391/138‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 6:306642/138‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 5:340675/138‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 3:71655/138‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 3:123997/138‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 5:51058/139‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 7:10479/139‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 4:403030/139‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 3:67306/139‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 8:148125/139‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 2:161262/139‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 1:301837/139‑1 (MQ=255) cTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATATTTTGATATAACATGTATACAAAAATTCTTAAAAATTAATTTTGAAATACTTCACAATATCGTGc > 4:71655/1‑139 (MQ=255) cTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 3:49629/133‑1 (MQ=255) aTTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg > 8:22328/1‑135 (MQ=255) aTTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 3:268077/135‑1 (MQ=255) aTTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg > 4:268077/1‑135 (MQ=255) aTTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 7:22328/135‑1 (MQ=255) aGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACt < 5:80981/138‑1 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 5:126442/114‑3 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata > 6:126442/1‑112 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATg > 8:203959/1‑139 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATg > 4:346224/1‑139 (MQ=255) agaATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 5:232646/1‑120 (MQ=255) agaATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 6:232646/120‑1 (MQ=255) agaATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 5:43148/1‑120 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 2:245310/1‑114 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 1:245310/114‑1 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGc < 5:175852/120‑1 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGc > 6:175852/1‑120 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCAt > 1:298174/1‑138 (MQ=255) tcatcaTAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTcaca > 5:233053/1‑106 (MQ=255) tcatcaTAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTcaca < 6:233053/106‑1 (MQ=255) catcatAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaat > 2:341585/1‑96 (MQ=255) catcatAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 7:114544/108‑1 (MQ=255) catcatAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 8:114544/1‑108 (MQ=255) aaTCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAgg > 2:61563/1‑138 (MQ=255) aaTCATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑TATTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACGATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAgg > 6:25377/1‑138 (MQ=255) | AAGACCTAAAATTCGCCAACGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTCAA‑C‑T‑GTTT‑T‑TTAGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAACCATCAAAGAAAGCAGG > CP006881/3722916‑3723178 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |