Predicted mutation | ||||||
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RA | CP006881 | 3,723,097 | T→G | intergenic (‑211/‑90) | U712_19190 ← / → U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP006881 | 3,723,097 | 0 | T | G | 99.2% | 500.4 / NA | 131 | intergenic (‑211/‑90) | U712_19190/U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (38/92); total (39/92) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
TACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑T‑GTTTTTTAGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAACCATCAAAGAAAGCAGGAAAAAACAATGGAAACTCAAGCATTGCAAAAAGTTGAACAGTACGC > CP006881/3722966‑3723224 | tACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGAc > 5:114337/1‑138 (MQ=255) tACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGAc > 7:36161/1‑138 (MQ=255) cGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACTTGTAGActa > 4:132908/1‑136 (MQ=255) aTTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAA‑TATTTTTTTAGTTAATTAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTc > 1:352393/1‑139 (MQ=255) cTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTaaaaat > 3:496911/1‑137 (MQ=255) ttGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTaaaaatt > 8:494495/1‑136 (MQ=255) ttGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑T‑ATTTTTTATGTTAATTGTTTTTTTTTACATTTTTTCAAAAATTTGTaaaaattta > 6:114129/1‑135 (MQ=255) gCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTaa < 6:344773/138‑2 (MQ=255) gCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTaa < 7:40811/138‑2 (MQ=255) gCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTAGTAAAAATTaat > 3:183757/1‑137 (MQ=255) cTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATtgtg > 5:473093/1‑138 (MQ=255) cTTTACCAGTCACAATACCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATtgtg < 6:83966/138‑1 (MQ=255) tACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaa < 1:304741/138‑1 (MQ=255) tACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaa < 6:416519/138‑1 (MQ=255) tACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaa < 8:34756/138‑1 (MQ=255) tACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaa < 4:154934/138‑1 (MQ=255) 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cacaATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca > 1:489958/1‑138 (MQ=255) cacaATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca > 8:260173/1‑138 (MQ=255) cacaATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca < 2:489958/138‑1 (MQ=255) cacaATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca > 8:1869/1‑138 (MQ=255) acaATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTaa < 5:432420/122‑2 (MQ=255) ctCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑TATTTTTTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:458335/138‑1 (MQ=255) 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TACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑T‑GTTTTTTAGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAACCATCAAAGAAAGCAGGAAAAAACAATGGAAACTCAAGCATTGCAAAAAGTTGAACAGTACGC > CP006881/3722966‑3723224 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |