| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 567,844 | Δ1 bp | 7.7% | coding (1569/1644 nt) | U712_02805 ← | Nucleotide‑binding protein ExpZ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 567,844 | 0 | A | . | 7.7% | 158.6 / 7.0 | 52 | coding (1569/1644 nt) | U712_02805 | Nucleotide‑binding protein ExpZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/25); new base . (2/2); total (25/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
CATATAAAGAAAAAGGACAACAGCTGTTGTCCTTTTCAATGCCGCTTGAACTTTCTCCCTCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCTTTAACCGAAGCTCCTCCCGCTCATTTCTTTCTGAAGGAACGTCGTTTAACTGCTTTTCGATGCCGTTGTT > CP006881/567710‑567981 | aatatAAAGAAAAAGGACAACAGCTGTTGTCCTTTTCAATGCCGCTTGAACTTTCTCCCTCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATAcc < 7:16580/138‑1 (MQ=255) ataAAGAAAAAGGACAACAGCTGTTGTCCTTTTCAATTCCGCTTGAACTTTCTCCCTCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTATTTTCGTAATCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATAcccat > 7:180669/1‑137 (MQ=255) ataAAGAAAAAGGACAACAGCTGTTGTCCTTTTCAATGCCGCTTGAACTTTCTCCCTCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCtt > 8:199161/1‑139 (MQ=255) tacaGAAAAAGGACAACAGCTGTTGTCCTTTTCAATGCCGCTTGAACTTTCTCCCTCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCttt < 5:305902/136‑1 (MQ=255) gAAAAAGGACAACAGCTGTTGTCCTTTTCAATGCCGCTTTAACTTTCTCCCTCAGTCTTTTTTGTCTTTATGATCCAGCTCTTGTATTAGTTTGGTAAGATCATTGATAGCCTCATCAAGCGCCTTATACCCTTAATCa > 2:78914/1‑139 (MQ=255) aaaGGACACCAGCTGTTGTCCTTTTCAATGCCGCTTGAACTTTCTCCCTCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCAttt > 7:112546/1‑139 (MQ=255) aGGACATCAGCTGTTGTACTTTTCAATGCCGCTTGAACTTTCTCCCTCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTgg < 8:180669/139‑1 (MQ=255) aGGACAACAGCTGTTGTCCTTTTCAATGCCGCTTGAACTTTCTCCCTCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTgg > 2:24477/1‑139 (MQ=255) aGGACAACAGCTGTTGTCCTTTTCAATGCCGCTTGAACTTTCTCCCTCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTgg > 2:74577/1‑139 (MQ=255) aGGACAACAGCTGTTGTCCTTTTCAATGCCGCTTGAACTTTCTCCCTCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTAGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCAttttg > 4:94413/1‑137 (MQ=255) tCCTTTTCAATGCCGCTTGAACTTTCTCCCTCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGc < 7:199161/139‑1 (MQ=255) tCCTTTTCAATGCCGCTTGAACTTTCTCCCTCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGc < 5:306279/139‑1 (MQ=255) tCAATGCCGCTTGAACTTTCTCCCTCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTcc < 1:245025/138‑1 (MQ=255) cAATGCCGCTTGAACTTTCTCCCTCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTccc < 6:528/138‑1 (MQ=255) aaTGCCGCTTGAACTTTCTCCCTCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAg < 4:13467/139‑1 (MQ=255) aaTGCCGCTTGAACTTTCTCCCTCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAg < 8:112546/139‑1 (MQ=255) aaTGCCGCTTGAACTTTCTCCCTCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAg < 8:5008/139‑1 (MQ=255) tGCCGCTTGAACTTTCTCCCTCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCa > 4:183522/1‑139 (MQ=255) gCTTTAACTTTCTCCCTGAGTCTTTTTTGTCTTGATTATACAGCTCTTTTATTCGTTTAGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATGATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCGAGCActtc < 4:324752/139‑1 (MQ=255) cTTGAACTTTCTCCCTCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCActtct > 4:136573/1‑139 (MQ=255) gAACTTTCTCCCTCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCActtctt < 6:298288/137‑1 (MQ=255) tctcCCTCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCttt < 8:182151/137‑1 (MQ=255) tctcCCTCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCt > 5:264276/1‑139 (MQ=255) tctcCCTCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCt > 1:264896/1‑139 (MQ=255) ccTCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGtct < 5:8981/139‑1 (MQ=255) tCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGtctc > 8:249981/1‑138 (MQ=255) aGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTAGTCGTCATAAAACTGAGATTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTATCAAg > 4:102781/1‑139 (MQ=255) ttttGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCttt < 3:136573/137‑1 (MQ=255) atCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCTTTAACCGAAGctcctc < 3:135947/138‑1 (MQ=255) cAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCTTTAACCGAAGCTCCTCCCGc < 1:74577/139‑1 (MQ=255) ttATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCT‑‑TACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCTCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCtt < 1:245486/110‑1 (MQ=255) ttATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCT‑‑TACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCTCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCtt < 1:250086/110‑1 (MQ=255) ttATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCT‑‑TACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCTCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCtt > 2:250086/1‑110 (MQ=255) ttATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCT‑‑TACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCTCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCtt > 2:245486/1‑110 (MQ=255) ttcgtAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCTTTAACCGAAGCTCCTCCCGCTCATTTCTTTCTGAAg > 3:158271/1‑139 (MQ=255) ttcgtAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCTTTAACCGAAGCTCCTCCCGCTCATTTCTTTCTGAAg > 7:67353/1‑139 (MQ=255) ttcgtAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCTTTAACCGAAGCTCCTCCCGCTCATTTCTTTCTGAAg > 5:228625/1‑139 (MQ=255) ttcgtAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCTTTAACCGAAGCTCCTCCCGCTCATTTCTTTCTGAAg > 5:200681/1‑139 (MQ=255) ttcgtAAGCTCATTCAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCTTTAACCGAAGCTCCTCCCGCTCATTTCTTTCTGAAg > 3:204893/1‑139 (MQ=255) gtAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCTTTAACCGAAGCTCCTCCCGCTCATTTCTTTCTGAAGGaa < 3:94413/139‑1 (MQ=255) gtAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCTTTAACCGAAGCTCCTCCCGCTCATTTCTTTCTGAAGGaa < 7:249981/139‑1 (MQ=255) aTTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCTTTAACCGAAGCTCCTCCCGCTCATTTCTTTCTGAAGGAACGTCGttt < 4:158271/139‑1 (MQ=255) aTTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCTTTAACCGAAGCTCCTCCCGCTCATTTCTTTCTGAAGGAACGTCGtt > 6:111285/1‑138 (MQ=255) gAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCTTTAACCGAAGCTCCTCCCGCTCATTTCTTTCTGAAGGAACGTCGTTTaa < 1:78914/138‑1 (MQ=255) gAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCTTTAACCGAAGCTCCTCCCGCTCATTTCTTTCTGAAGGAACGTCGTTTaa < 3:183522/138‑1 (MQ=255) aaaGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCTTTAACCGAAGCTCCTCCCGCTCATTTCTTTCTGAAGGAACGTCGTTTAAc < 1:279841/138‑1 (MQ=255) aaGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCTTTAACCGAAGCTCCTCCCGCTCATTTCTTTCTGAAGGAACGTCGTTTAACTg < 2:239991/139‑1 (MQ=255) gCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCTTTAACCGCAGCTCCTCCCGCTCATTTCTTTCTGAAGGAGCGTCGTTTAACTGCt > 5:316689/1‑139 (MQ=255) aTCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCTTTAACCGAAGctcct < 2:217543/95‑1 (MQ=255) aTCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCTTTAACCGAAGctcct > 1:217543/1‑95 (MQ=255) aTCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCTTTAACCGAAGCTCCTCCCGCTCATTTCTTTCTGAAGGAACGTCGTTTAACTGCTTTTc > 1:150901/1‑138 (MQ=255) cTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCTTTAACCGAAGCTCCTCCCGCTCATTTCTTTCTGAAGGAACGTCGTTTAACTGCTTTTCGATGCCgttg > 8:222001/1‑139 (MQ=255) tataCCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCTTTAACCGAAGCTCCTCCCGCTCATTTCTTTCTGAAGGAACGTCGTTTAACTGCTTTTCGATGCCgttgtt > 3:221359/1‑139 (MQ=255) tataCCCTATATCATTTGGCGTCATAAAACTGATCTTTCCCAGCACTACATGTCTTTCTGTCTCAAGCATTAACCGAAGCTCCTCCCTCTCAATTCTTACTCAAGGAACGTCCATTAAAAGCTTTACGATGCCgttgtt > 4:319058/1‑139 (MQ=255) | CATATAAAGAAAAAGGACAACAGCTGTTGTCCTTTTCAATGCCGCTTGAACTTTCTCCCTCAGTCTTTTTTGTCTTGATGATCCAGCTCTTTTATTCGTTTCGTAAGCTCATTGAAAGCCTGATCAAGCTCCTTATACCCTTTATCATTTGGCGTCATAAAACTGAGCTTTCCCAGCACTTCTTGTCTTTCTGTCTCAAGCTTTAACCGAAGCTCCTCCCGCTCATTTCTTTCTGAAGGAACGTCGTTTAACTGCTTTTCGATGCCGTTGTT > CP006881/567710‑567981 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |