| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 571,197 | C→A | 19.5% | intergenic (‑89/+83) | U712_02810 ← / ← U712_02815 | putative transporter YdgF/Protein dinB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 571,197 | 0 | C | A | 19.5% | 104.4 / 2.3 | 49 | intergenic (‑89/+83) | U712_02810/U712_02815 | putative transporter YdgF/Protein dinB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/14); new base A (4/7); total (28/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTCTGCAACGTTTGCTGATTTATATTGTCTTTCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCCGAAAAAAGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGC‑TTTTTTATGCTTTTTCAGTTTTTGTCATAAACAGGTAGA‑GCCCGTAATCTGT > CP006881/571059‑571327 | ctctGCAACGTTTGCTGATTTATATTGTCTTTCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCCGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTAc > 6:53440/1‑139 (MQ=255) tctGCAACGTTTGCTGATTTATATTGTCTTTCGTCATGTCGTCTTTCACTTTAAGGGTTCATCCATTTGAATTTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTTTTGATTATTATAAGACTAAAATTTCTATATTTTTTAc > 7:255460/1‑138 (MQ=255) tctGCAACGTTAGCTGATTTATATTGTCTTTCGTCATGTCGTCTGTCACTTTAATTGTTACTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTAAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACAATAAAAATTATATATTTTTTAc > 6:323127/1‑138 (MQ=255) tttGCTGATTTATATTGTCTTTCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGa > 7:139368/1‑139 (MQ=255) tttGCTGATTTATATTGTCTTTCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAAAACTAAAATTTCTATCTTTTTTAATAAAAA‑AGGa > 8:249412/1‑139 (MQ=255) ttGCTGATTTATATTGTCTTTCGTCATGTCGTCGGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGTAAAATGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAAAGATTTTTATAAAAATAAAATTTATTAATTTTTTAATAAAAA‑AAGAt > 6:37607/1‑139 (MQ=255) gCTGATTTATATTGTCTTTCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGAtt > 2:105296/1‑138 (MQ=255) ttATATTGTCTTTCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGaa < 5:34387/138‑1 (MQ=255) ttGTCTTTCCTCATGTCGTCTTTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGaa < 2:165142/138‑1 (MQ=255) tCTTTCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAAGTATTTTTATAAACAAAAAATTAAAAGATTTTTTAATAAAAA‑A‑GAATGATGAAAATAAtttt > 1:66763/1‑138 (MQ=255) tCTTTCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCAATTAAAATTTTTTATTGAGTCAGCAATATATTTTTTATGATTATTATAAAACTAAAATTTATATCTTTTTTTATAAAAA‑AAGATTGATGAAAATAAttt > 6:34387/1‑138 (MQ=255) tttCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTaa > 7:298491/1‑139 (MQ=255) tCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAAt < 7:162281/138‑1 (MQ=255) tCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAAt < 7:121368/138‑1 (MQ=255) tCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAAt < 5:69911/138‑1 (MQ=255) tCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAAt < 5:37607/138‑1 (MQ=255) tCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGGTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAAt < 7:18290/138‑1 (MQ=255) cGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAAtgt > 7:331595/1‑139 (MQ=255) gacaagtcTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGAt < 3:317971/133‑1 (MQ=255) tGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGAttt > 3:112841/1‑139 (MQ=255) tGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGAttt > 6:268191/1‑139 (MQ=255) tGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGAttt > 6:263546/1‑139 (MQ=255) tcTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACt < 5:263546/139‑1 (MQ=255) tcTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACt < 5:268191/139‑1 (MQ=255) cTTTATGTGTTACTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTTGACTATTTccc > 3:56568/1‑139 (MQ=255) ttCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCCGAAAAAAGc > 4:161554/1‑139 (MQ=255) cctccATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAATA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCAGAAAAAAGCgg > 5:18865/1‑139 (MQ=255) cctccATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCCGAAAAAAGCgg > 5:1654/1‑139 (MQ=255) cctccATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCCGAAAAAAGCgg > 6:154299/1‑139 (MQ=255) cctccATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCCGAAAAAAGCgg > 4:168376/1‑139 (MQ=255) cctccATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCCGAAAAAAGCgg > 5:240575/1‑139 (MQ=255) cctccATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCCGAAAAAAGCgg > 4:210662/1‑139 (MQ=255) ctccATTTAAAATTGTTTATTGAGTCAGAAATCTATTTTTAATGATTATTATAACAATAAAATTTCTATCTTTTTTAATAAAAA‑AGTATTGATGAAAATAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCCGAAAAAAGCgg < 7:153001/138‑1 (MQ=255) caccATTCAAAATTGTTTTTTGAGTCAGCAATCTATTTTAAATTATTATTAAAACAATAAAATTTCTATCTTTTTAACTAAAAA‑AGGATTTATTAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCCCAAAAAAGCGGc < 6:136660/137‑1 (MQ=255) atcaaTTCAAAATTTTTTTTTGAGTCAGCAATCAATTTTTAATTATTATTAAAACAATAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTTATTAAAATAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCCTAAAAAAGCgg < 7:33942/134‑1 (MQ=255) ccATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCCGAAAAAAGCGGCTc > 1:78227/1‑139 (MQ=255) tttATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCACGAAAAAAGCGGCTCCATTTAGGGAGcc > 7:181733/1‑139 (MQ=255) tGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCCGAAAAAAGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGC‑gtt > 3:194291/1‑139 (MQ=255) aGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCCGAAAAAAGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGcgtgtt > 3:32153/1‑134 (MQ=255) aTGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCCGAAAAAAGCGGCACCATTTATGGAGCCGC‑GTTTTTTTGATTTTTGAttttttt > 8:210416/1‑138 (MQ=255) tGATTATAATAAACAAAAAATTGATATGTTTTTAAAAAAAAA‑AGCATTTATAAAAATAATTTAAATGTGATTTGCACAATTCCCCCAAAAAAGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGC‑TTTTTTATGCTTTTTCAGTTTTTGt < 6:75525/139‑1 (MQ=255) ttatttAAACAATAAAATTCCTATATTTTTTAAAAAAAC‑CTGATTGAGTAAAATAATTTTATTGTGATTTGGAATATTCCCCCAAAAACGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGC‑TTTTTTATGCTTTTTCAGTTTTTGTCa < 7:189216/138‑1 (MQ=255) ttattaTAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCCGAAAAAAGCGGCTCCATTTAGGGAGGCGC‑GTGTTTTttgtttttttgtttttttgtt > 1:133322/1‑134 (MQ=255) ttattaTAAAAATAAAATTTATATCTTTTTTAATAAAAA‑AGTATTGATTAAAATAATTTTAATTTTTTTTGGAATATTTCCCGAAAAACGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGC‑TTTTTTATGCTTTTTCAGTTTTTGTCAt < 8:74295/139‑1 (MQ=255) cacTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCCGAAAAAAGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGC‑GTTTTTTTTGTTTTTTTGTTTTTTTTATaaaaaagtt > 3:233019/1‑133 (MQ=255) cacTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCCGAAAAAAGCGGCTCCAATTATGGAGCCGCGGGTTTTTTGTTTTTTAGTTTTTTGTGATAAAAAg > 2:248386/1‑137 (MQ=255) aTTTCAATCTTTTTAACAAAAAA‑AGTATTGATCAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTCCCCGAAAAACGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGC‑TTTTTTATGCTTTTTCAGTTTTTGTCATAAACAGGTAGA‑GCCCg < 3:169449/139‑1 (MQ=255) ttttttttttttAAAAAAAA‑TGTTTTTATTAAAATATTTTTATTGTTTTTTGGACTTTTCCCCAAAAACCGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGC‑TTTTTTATGCTTTTTCAGTTTTTGTCATAAACAGGTAGA‑GCCCGTa < 5:267089/132‑1 (MQ=255) cTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCCGAAAAAAGCGGCGCCATTTAGGGAGCCGC‑GTTTTTTTTTGTTTTTAGGTTTTGTTATAAAAAAGTAGAGGCCCGTa > 3:253651/1‑138 (MQ=255) tatttttttAATAAAAACAGTTTTTATTAAAATATTTTTATTTTGATTTGTAATATTACCCTAAAAAAGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGC‑TTTTTTATGCTTTTTCAGTTTTTGTCATAAACAGGTAGA‑GCCCGTAAt < 5:323127/135‑1 (MQ=255) ttttttACTAAAAA‑TTTTTTTTTGAAAATAATTTTATTGTGATTTTGAATATTTCCCGAAAAAAGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGC‑TTTTTTATGCTTTTTCAGTTTTTGTCATAAACAGGTAGA‑GCCCGTAATCTGt < 1:105296/138‑1 (MQ=255) ttttttAAAAAAAA‑TGTATTTATTAAAAGAATTTTATTTGTTTTTGCAATATTTCCCTAAAAACGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGC‑TTTTTTATGCTTTTTCAGTTTTTGTCATAAACAGGTAGA‑GCCCGTAATCTGt < 8:181733/138‑1 (MQ=255) | CTCTGCAACGTTTGCTGATTTATATTGTCTTTCGTCATGTCGTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAA‑AGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCCGAAAAAAGCGGCTCCATTTAGGGAGCCGC‑TTTTTTATGCTTTTTCAGTTTTTGTCATAAACAGGTAGA‑GCCCGTAATCTGT > CP006881/571059‑571327 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |