| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 3,866,522 | T→G | 13.6% | V378G (GTC→GGC) | U712_19925 → | Putative histidine permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 3,866,522 | 0 | T | G | 13.6% | 140.2 / 3.0 | 85 | V378G (GTC→GGC) | U712_19925 | Putative histidine permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/39); new base G (5/8); total (38/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGACATCTAAAGGCATTCCTTTAAATGCCTTAATGATCAGTATGGCTGTATCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCTTATGCCTATAGCCGCTCTCTTATTATGT > CP006881/3866384‑3866652 | tGACATCTAAAGGCATTCCTTTAAATGCCTTAATGATCAGTATGGCTGTATCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGt < 5:295092/139‑1 (MQ=255)tGACATCTAAAGGCATTCCTTTAAATGCCTTAATGATCAGTATGGCTGTATCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGt < 6:306498/139‑1 (MQ=255)tGACATCTAAAGGCATTCCTTTAAATGCCTTAATGATCAGTATGGCTGTATCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGt < 6:180903/139‑1 (MQ=255)tGACATCTAAAGGCATTCCTTTAAATGCCTTAATGATCAGTATGGCTGTATCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGt < 6:276215/139‑1 (MQ=255)tGACATCTAAAGGCATTCCTTTAAATGCCTTAATGATCAGTATGGCTGTATCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGt > 4:238791/1‑139 (MQ=255)tGACATCTAAAGGCATTCCTTTAAATGCCTTAATGATCAGTATGGCTGTATCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGt < 7:76123/139‑1 (MQ=255)tGACATCTAAAGGCATTCCTTTAAATGCCTTAATGATCAGTATGGCTGTAGCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGt < 8:61329/139‑1 (MQ=255) gACATCTAAAGGCATTCCTTTAAATGCCTTAATGATCAGTATGGCTGTATCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTc < 4:11474/139‑1 (MQ=255) aCATCTAAAGGCATTCCTTTAAATGCCTTAATGATCAGTATGGCTGTATCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTc < 3:23092/138‑1 (MQ=255) aaGGCATTCCTTTAAATGCCTTAATGATCAGTATGGCTGTATCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGAt < 8:93777/136‑1 (MQ=255) aaGGCATTCCTTTAAATGCCTTAATGATCAGTATGGCTGTATCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGAt < 4:146605/136‑1 (MQ=255) aaGGCATTCCTTTAAATGCCTTAATGATCAGTATGGCTGTATCTTGTTTATCTCTCGTTTACAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGAt < 6:107194/136‑1 (MQ=255) agtcATTCCTTTAAATGACTTAATGATCAGTATGGCTGAATCTTGTTTATATCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCACTGGAACTGTCTATGTGGTGATTGGCGCAATTGCTGGATTTGCAGTAGTCGTGGTCTGGATTAGc < 8:144550/136‑1 (MQ=255) ggCATTCCTTTAAATGCCTTAATGATCAGTATGGCTGTATCTTGTTTATCTCTCGTTTCCTGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGGAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCa < 5:317306/139‑1 (MQ=255) ggCATTCCTTTAAATGCCTTAATGATCAGTATGGCTGTATCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCa < 4:304365/139‑1 (MQ=255) ggCATTCCTTTAAATGCCTTAATGATCAGTATGGCTGTATCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGGCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCa < 1:333934/139‑1 (MQ=255) aTTCCTTTAAATGCCTTAATGATCAGTATGGCTGTATCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTg > 6:135978/1‑139 (MQ=255) ttCCTTTAAATGCCTTAATGATCAGTATGGCTGTATCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGTTTGGCATTGc > 1:93836/1‑139 (MQ=255) cattAAATGCCTTAATGATCAGTCTGGCTGTATCTTGTTTAGCTCTCGTTTCCAGTCTCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGGCTGGATGAGCATTGCCtt < 8:38096/137‑1 (MQ=255) aaTGCCTTAATGATCAGTATGGCTGTATCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTccc < 4:92765/139‑1 (MQ=255) cAGTATGGCTGTATCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGCGCATTGCCTTGTCCCAACGCGTGGTTCg > 1:111239/1‑138 (MQ=255) aGTATGGCTGTATCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCGGGATGTGGATTGGCGTGTGCCCACTCTTTTTTCgc > 1:161764/1‑137 (MQ=255) tATGGCTGTATCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATTAGCATTGCCGTGTCCCAACTCTTGTTTGGa > 1:111101/1‑136 (MQ=255) tATGGCTGTATCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGGCTGGATGAGGATTGCCTTGTACCAACTCTTGTTTCGGAag > 3:33034/1‑139 (MQ=255) tCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTGGTGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTTTTTCGAAAGAGAtttttt > 2:21907/1‑137 (MQ=255) tCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTg > 3:233120/1‑138 (MQ=255) tCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTg > 4:160935/1‑138 (MQ=255) tCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTg > 6:144516/1‑138 (MQ=255) tCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGGCTGGTTGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCGTGTTTCGAAAGAGATTTTTg > 2:199734/1‑138 (MQ=255) gTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGa < 3:238791/135‑1 (MQ=255) tttATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGCTGATCATTGCCTTGTCCCCACTCTTGTTTCGACATAGATTTTTGaaaa > 1:90413/1‑137 (MQ=255) tttATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATTAGCATTTGCTTGTAACCACTCTTGGTTCGAAAGTTATATTTTaaaa > 1:262930/1‑137 (MQ=255) tttATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGaaaa > 6:245076/1‑137 (MQ=255) tttATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGAAGAGCCTTGCCTTGGCCCAACTCTTGTTTAGAAAGCGATTTTTGaaaaa > 6:20685/1‑138 (MQ=255) tttATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCAGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCATGTTTCGAAAGATATTTTTGaaaaa > 2:267330/1‑138 (MQ=255) tttATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCATGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGaaaa > 6:155871/1‑137 (MQ=255) tttATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCATGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGaaaa > 6:150899/1‑137 (MQ=255) cgctcGTTTCCCGTACCGGGGCCCCGGCAACGTTCTATTGGGTGTTGGTCGCAATTGCTGTATTGCCTGGCGGCGTGGGCTGGAGGACCTTTGCCTTGCCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTACAAAAACgggg < 2:161764/136‑1 (MQ=255) ctcGTGTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGGCTATGTGGGGATGGGCGCAATTGCGGGATTTGCAGGAGTCGGGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAggggggg < 8:281057/139‑1 (MQ=255) tcGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGGGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGCCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGTTTTTTGAAAAAAggggg < 8:115573/136‑1 (MQ=255) gTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATg > 7:229892/1‑139 (MQ=255) tgctGGCCCCTGGATCTGTCTATGTGGGGTTGGTCGGAATTGGTGTAATTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCTACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATc < 6:241294/135‑1 (MQ=255) ggCCCCTGGAACTGTCTCTGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACa < 8:46380/139‑1 (MQ=255) cgCCCCGGGAACGGTCTAGGTGGTGATGGTCGCAATTGCGTGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGACGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTTAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACa < 8:61174/138‑1 (MQ=255) tGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGt < 3:9816/54‑1 (MQ=255) tGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGt > 4:9816/1‑54 (MQ=255) tGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTGTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACGCTTGTTTGGAAAGAGATTTTTTTTAAAATGGGGGGATGTAAAAGATCTGCCATTTCGc > 4:38531/1‑139 (MQ=255) aaCTGTCTATGTGTTGATGGTCGAAATTGCTGGATTTCCAGGCGTCGTTGGCTGGATTAGCATTGCATTGTCCAAACTCTTTTTTCTAACTTCATTTTTGAAAAACGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCAcg < 2:93836/139‑1 (MQ=255) gTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAATATATGCCATTTCTCAccccgc > 7:48196/1‑139 (MQ=255) gTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTCTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTAGCAcgccgc > 7:93815/1‑139 (MQ=255) tCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTGGGGATGAGCATTTCCTTGTCCCACCTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGTAAAAAGGGGGGGTTGTAATAGCTCTTGCAATTAGCACCCctct > 6:213013/1‑139 (MQ=255) tCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCa > 8:264393/1‑57 (MQ=255) tCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCa < 7:264393/57‑1 (MQ=255) tCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAATAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAATAACTGAAATTTCGCACGCCGCt > 5:336817/1‑139 (MQ=255) tCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCt > 7:109423/1‑139 (MQ=255) tCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCt > 7:104778/1‑139 (MQ=255) tCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCt > 5:131106/1‑139 (MQ=255) tCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGGCTTGTTGAGCCTTGCCTTGTCCCAACTCATGTTTAGAAATAGATATTTTAAAAAATGGTGGGAAGTAAAATAATAAACATTTAGCACGCCCCt > 8:131799/1‑139 (MQ=255) tgtgGTGTTGGGCGAAATTGGTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCTAAATAGATTTTTGAAAAACGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTa < 2:111101/138‑1 (MQ=255) tgtgGTGATGGTCGCAATTGGTGGCTTTGCTGGTGTCTTGGTCTGTATGAGCATTGCCTTGTGCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCttt < 2:41355/137‑1 (MQ=255) tggggtgATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGGCGTGGGCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTa < 6:133128/135‑1 (MQ=255) tgATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGGCGGGATGAGGATTGCCGTGTCCCAACGCATGTTTGGAAAGAGATTTTTTATAAAAGGGGGGGTTGTAAAATATCTGCCATTTCGCACGCCGCTTTATCctct > 4:30698/1‑139 (MQ=255) gctGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGATAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCtt < 3:38531/137‑1 (MQ=255) gaggggcGCAATTGCTGGATTTGCCGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATGGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCtt < 1:295290/133‑1 (MQ=255) gagggTCGCATTTGCTGGTTTTGCAGGAGTCGTGGGCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCtt < 8:229892/136‑1 (MQ=255) gATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGGTGAGCATTGCCGTGTGCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACAATTAGCCCGCCCCTTGATCcgct > 4:197716/1‑138 (MQ=255) gATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGCCATTTCGCACGCCGCGTTATccgcgt > 5:210162/1‑135 (MQ=255) gATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCctct > 8:231302/1‑138 (MQ=255) gATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCGGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTGCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGTGGGGGATGTAAAAGATCTGCCATTTGGCACACCGCTTTATCCTCtt > 1:55044/1‑139 (MQ=255) gATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCGGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACACATTTTTAGAAAGAGATTTTTGATAAAAGGGGGGGAGGTATAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCGTTTTcagctg > 5:1146/1‑134 (MQ=255) gATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGGGAGGATGATAATTGGCTAGTCCCAACTCTTGTGTCGAAAGAGATTTTAGAAAAAAGCGGGGGAATTAAAAGAACTGCCATTTCGGACGCCGCGTTAACCACtt > 4:258473/1‑139 (MQ=255) ttGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTCTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCtt < 8:93815/137‑1 (MQ=255) aTGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCtt < 7:231302/138‑1 (MQ=255) aTGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCTTa < 5:245076/139‑1 (MQ=255) aTGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGGCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCtt < 7:157925/138‑1 (MQ=255) aTGGTCGCAATTGCGGGATTTGCAGGAGTCTTGGTCTGGTTGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCTAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCtt < 1:21907/138‑1 (MQ=255) aTGGTCGAAATTGCGTGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGATCATTGCCTTGACCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCtt < 8:48196/138‑1 (MQ=255) tCGCAATTGCGGGATTTGCCGGTGGGGTGGGTGGGTTGCGAATTGCCTTGTCCAATCTCTTGTTTCGAACGATATTTTTTAAAAACGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCTTATGcc < 6:210162/139‑1 (MQ=255) gctgcttttGCAGGAGTCGTGGTCTGGTTGAGCATTGCCTTGTCCCAAGTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAACGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCTTATGCCTATAGCCg < 5:213013/133‑1 (MQ=255) tttctattGCAGGAGGCGGGGTGGGGATGAGCCTTGCGTTGTCCCACCTCTGTTTTCGAACGAGATTTTTGAAAAATGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCTTATGCCTAAAGCCg < 6:1146/132‑1 (MQ=255) cTGGTTTTGCAGTTGGGGTGTTCTGGTTGATCTTTGCCTTGTCCCAAATATTTTTTCGAAACTGTTTTTTTAAAAATGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCTTATGCCTATAGCCg < 1:267330/138‑1 (MQ=255) cTGGATTTGCAGGAGTCGGGGTCTGGATGAGCATTGCCTGGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCTTATGCCTATAGCCg < 4:33034/138‑1 (MQ=255) cTGGATTTGCAGGAGTCATGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCTTATGCCTATAGCCg < 5:155871/138‑1 (MQ=255) cTGGATTTGCAGGAGTCATGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCTTATGCCTATAGCCg < 5:150899/138‑1 (MQ=255) ttgATTTGCTGTAGCCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCAAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCTTATGCCTATAGCCGct < 3:197716/137‑1 (MQ=255) tgtttttGCTGGTGGCGTGGGCGGGATCAGCATGGCCTTGCCCCAACTCTTGTTTCTAATGAGTTTTTTTAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCTTATGCCTATAGCCGct < 3:30698/135‑1 (MQ=255) tGGTTTTGCAGGTGTGGTGGTGTTGATGTCCATTGCCTTGTCCCAAATTTTTTTTCGTAAGTTATTTTTTAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCTTATGCCTATAGCCGct < 6:336817/139‑1 (MQ=255) tGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCTTATGCCTATAGCCGct < 5:135978/139‑1 (MQ=255) gggATTTGCAGTAGGCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCTTATGCCTATAGCCGct < 2:262930/138‑1 (MQ=255) gATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCTTATGCCTATAGCCGct < 5:144516/137‑1 (MQ=255) aTTTGCAGGAGGCGTGGTCTGGACGAGCATTGCCTTGGCCCAACTCTTGTTGCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCTTATGCCTATAGCCGctctc < 1:199734/139‑1 (MQ=255) tttGCAGGAGTCGTGGTCAGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCGTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCATCTTATGCCTATAGCcgctcgct > 5:315658/1‑139 (MQ=255) cAGGAGTCGTGGGCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCTTATGCCTATAGCCGCTCTCttatt < 6:315658/139‑1 (MQ=255) aGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCTTATGCCTATAGCCGCTCTCTTATTATGt > 7:41876/1‑139 (MQ=255) | TGACATCTAAAGGCATTCCTTTAAATGCCTTAATGATCAGTATGGCTGTATCTTGTTTATCTCTCGTTTCCAGTATCGTGGCCCCTGGAACTGTCTATGTGGTGATGGTCGCAATTGCTGGATTTGCAGGAGTCGTGGTCTGGATGAGCATTGCCTTGTCCCAACTCTTGTTTCGAAAGAGATTTTTGAAAAAAGGGGGGGATGTAAAAGATCTGACATTTCGCACGCCGCTTTATCCTCTTATGCCTATAGCCGCTCTCTTATTATGT > CP006881/3866384‑3866652 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |