Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 1,871,087 | A→T | 5.6% | T186S (ACA→TCA) | U712_09340 → | putative membrane protein yndD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 1,871,087 | 0 | A | T | 5.6% | 224.2 / 2.9 | 72 | T186S (ACA→TCA) | U712_09340 | putative membrane protein yndD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/22); new base T (2/2); total (48/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 |
CTTCTCATCGATGGAATACCGCAGGCCTTTCTTCTGGGAACTGTAAAAAAACAAAATCGAAGTATCGAGGAGCCGCTTTCAGAAGCGCTTGTCAGAGGGCCGCGCACAGGCTTTACAGAAGAGTTGAGTACGAATACAGCTCTTTTGAGACAGCAAGGAAAAAATGATCAATTAACATTGCAGAGATTTGAAGTAGGAACACGATTAAAAAAGGATTTAATTATCGCTTATATGAATGACATTGCAGATCCAAAAGTAGTCGAGGAAGT > CP006881/1870952‑1871220 | cgtctcATCGATGGAATACCGCAGGCCTTTCTTCTGGGAACTGTAAAAAAACAAAATCGAAGTATCGAGGAGCCGCTTTCAGAAGCGCTTGGCAGAGGGCCGCGCACAGGCTTTACAGAAGAGTTGAGTACGAATACAg < 6:110836/137‑1 (MQ=255) cATCGATGGAATACCGCAGGCCTTTCTTCTGGGAACTGTAAAAAAACAAAATCGAAGTATCGAGGAGCCGCTTTCAGAAGCGCTTGTCAGAGGGCCGCGCACAGGCTTTACAGAAGAGTTGAGTACGAATACAGCTCtt > 7:204773/1‑139 (MQ=255) cGATGGAATACCGCAGGCCTTTCTTCTGGGAACTGTAAAAAAACAAAATCGAAGTATCGAGGAGCCGCTTTCAGAAGCGCTTGTCAGCGGGCCGCGCCCAGGCGTTACAGAAGAGTTGAGTACGAATACAGCTCtttt > 6:83166/1‑138 (MQ=255) gATGGAATACCGCAGGGCTTTCTTCTGGGAACTGTAAAAAAACAAAATCGAAGTATCGAGGAGCCGCTTTCAGAAGCGCTTGTCAGAGGGCCGCGCACAGGCTTTACAGAAGAGTTGAGTACGAATACAGCTCTTTTga < 5:104766/139‑1 (MQ=255) aTGGAATACCGCAGGCCTTTCTTCTGGGAACTGTAAAAAAACAAAATCGAAGTATCGAGGAGCCGCTTTCAGAAGCGCTTGTCAGAGGGCCGCGCCCAGGCTTTACAGAAGAGTTGAGTACGAATACAGCTCTTTTgag > 5:266224/1‑139 (MQ=255) cAGGCCTTTCTTCTGGGAACTGTAAAAAAACAAAATCGAAGTATCGAGGAGCCGCTTTCAGAAGCGCTTGTCAGAGGGCCGCGCACAGGCGTTACAGAAGAGTTGAGTACGAATACAGCTCTTTTGAGACAGCAAGGa > 6:162460/1‑138 (MQ=255) cTTTCTTCTTGGAACTGTAAAAAAACAAAATCGAAGTATCGAGGAGCCGCTTTCAGAAGCGCTTGTCAGAGGGCCGCGCTCAGGCTTTACAGAAGAGTTGAGTACGAATACAGCTCTTTTGAGACAGCAAGGAAAAAAt < 1:162715/139‑1 (MQ=255) ttcttcTGGGAACTGTAAAAAAACAAAATCGAAGTATCGAGGAGCCGCTTTCAGAAGCGCTTGTCAGAGGGCCGCGCACAGGCTTTACAGAAGAGTTGAGTACGAATACAGCTCTTTTGAGCCAGCAAGGAAAAAATg > 4:259790/1‑138 (MQ=255) tcttctGGGAACTGTAAAAAAACAAAATCGAAGTATCGAGGAGCCGCTTTCAGAAGCGCTTGTCAGAGGGCCGCGCCCAGGCGTTACAGAAGAGTTGAGTACGAATACCGCACGTTTGAGACAGCAAGGAAAAAATGa > 4:70797/1‑138 (MQ=255) tcttctGGGAACTGTAAAAAAACAAAATCGAAGTATCGAGGAGCCGCTTTCAGAAGCGCTTGTCAGAGGGCCGCGCACAGGCTTTACAGAAGAGTTGAGTACGAATACAGCTCTTTTGAGACAGCAAGGAAAAAATGAt > 3:140079/1‑139 (MQ=255) 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cgcACAGGCTTTACAGAAGAGTTGAGTACGAATACAGCTCTTTTGAGACAGCAAGGAAAAAATGATCAATTAACATTGCAGAGATTTGAAGTAGGAACACGATTAAAAAAGGATTTAATTATCGCTTATATGAATGACa > 6:152666/1‑139 (MQ=255) gcACAGGCTTTACAGAAGAGTTGAGTACGAATACAGCTCTTTTGAGACAGCAAGGAAAAAATGATCAATTAACATTGCAGAGATTTGAAGTAGGAACACGATTAAAAAAGGATTTAATTATCGCTTATATGAATGACAt > 6:56402/1‑139 (MQ=255) caGGCTTTACAGAAGAGTTGAGTACGAATACAGCTCTTTTGAGACAGCAAGGAAAAAATGATCAATTAACATTGCAGAGATTTGAAGTAGGAACACGATTAAAAAAGGATTTAATTATCGCTTATATGAATGACATTGc < 4:140079/139‑1 (MQ=255) attcTTTACATAATATTTTAGTAAGATTACAGCTATTTTGAGACAGAAAGGAAAAAATGATCAATTAAAATTTCAGAGATTTTAAGTAGGTACTAGATTAAAAAAGGATTTAATTATCGCTTATATGAATGACATTgaa < 8:90353/136‑3 (MQ=255) aGGCTTTACAGAAGAGTTGAGTACGAATACAGCTCTTTTGAGACAGCAAGGAAAAAATGATCAATTAACATTGCAGAGATTTGAAGTAGGAACACGATTAAAAAAGGATTTAATTATCGCTTATATGAATGACATTGCa < 8:90141/139‑1 (MQ=255) tACAGAAGAGTTGAGTACGAATACAGCTCTTTTGAGACAGCAAGGAAAAAATGATCAAt > 3:290585/1‑59 (MQ=255) tACAGAAGAGTTGAGTACGAATACAGCTCTTTTGAGACAGCAAGGAAAAAATGATCAAt < 4:290585/59‑1 (MQ=255) 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agagTTGAGTACGAATACAGCTCTTTTGAGACAGCAAGGAAAAAATGATCAATTAACATTGCAGAGATTTGAAGTAGGAACACGATTAAAAAAGGATTTAATTATCGCTTATATGAATGACATTGCAGATCCAAAag > 2:246780/1‑137 (MQ=255) agagTTGAGTACGAATACAGCTCTTTTGAGACAGCAAGGAAAAAATGATCAATTAACATTGCAGAGATTTGAAGTAGGAACACGATTAAAAAAGGATTTAATTATCGCTTATATGAATGACATTGCAGATCCAAAag > 7:295481/1‑137 (MQ=255) gagTTGAGTACGAATACAGCTCTTTTGAGACAGCAAGGAAAAAATGATCAATTAACATTGCAGAGATTTGAAGTAGGAACACGATTAAAAAAGGATTTAATTATCGCTTATATGAATGACATTGCAGATCCAAAagtct > 7:90353/1‑137 (MQ=255) gagTTGAGTACGAATACAGCTCTTTTGAGACAGCAAGGAAAAAATGATCAATTAACATTGCAGAGATTTGAAGTAGGAACACGATTAAAAAAGGATTTAATTATCGCTTATATGAATGACATTGCAGATCCAAAagtag > 8:108832/1‑139 (MQ=255) agTTGAGTACGAATACAGCTCTTTTGAGACAGCAAGGAAAAAATGATCAATTaa < 6:183116/54‑1 (MQ=255) agTTGAGTACGAATACAGCTCTTTTGAGACAGCAAGGAAAAAATGATCAATTaa > 5:183116/1‑54 (MQ=255) ttGAGTACGAATACAGCTCTTTTGAGACAGCAAGGAAAAAATGATCAATTAACATTGCAGAGATTTGAAGTAGGAACACGATTAAAAAAGGATTTAATTATCGCTTATATGAATGACATTGCAGATCCAAAAGTAGTc > 5:111369/1‑138 (MQ=255) 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cGAATACAGCTCTTTTGAGACAGCAAGGAAAAAATGATCAATTAACATTGCAGAGATTTGAAGTAGGAACACGATTAAAAAAGGATTTAATTATCGCTTATATGAATGACATTGCAGATCCAAAAGTAGTCGAGGAAg > 2:202830/1‑138 (MQ=255) cGAATACAGCTCTTTTGAGACAGCAAGGAAAAAATGATCAATTAACATTGCAGAGATTTGAAGTAGGAACACGATTAAAAAAGGATTTAATTATCGCTTATATGAATGACATTGCAGATCCAAAAGTAGTCGAGGAAGt < 7:324117/139‑1 (MQ=255) cGAATACAGCTCTTTTGAGACAGCAAGGAAAAAATGATCAATTAACATTGCAGAGATTTGAAGTAGGAACACGATTAAAAAAGGATTTAATTATCGCTTATATGAATGACATTGCAGATCCAAAAGTAGTCGAGGAAGt < 5:38798/139‑1 (MQ=255) cGAATACAGCTCTTTTGAGACAGCAAGGAAAAAATGATCAATTAACATTGCAGAGATTTGAAGTAGGAACACGATTAAAAAAGGATTTAATTATCGCTTATATGAATGACATTGCAGATCCAAAAGTAGTCGAGGAAGt < 1:179213/139‑1 (MQ=255) aTACAGCTCTTTTGAGACAGCAAGGAAAAAATGATCAATTAACATTGCAGAGATTTGAAGTAGGAACACGATTAAAAAAGGATTTAATTATCGCTTATATGAATGACATTGCAGATCCAAAAGTAGTCGAGGAAGt > 5:218764/1‑136 (MQ=255) | CTTCTCATCGATGGAATACCGCAGGCCTTTCTTCTGGGAACTGTAAAAAAACAAAATCGAAGTATCGAGGAGCCGCTTTCAGAAGCGCTTGTCAGAGGGCCGCGCACAGGCTTTACAGAAGAGTTGAGTACGAATACAGCTCTTTTGAGACAGCAAGGAAAAAATGATCAATTAACATTGCAGAGATTTGAAGTAGGAACACGATTAAAAAAGGATTTAATTATCGCTTATATGAATGACATTGCAGATCCAAAAGTAGTCGAGGAAGT > CP006881/1870952‑1871220 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |