Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 1,724,332 | G→A | 6.8% | E155K (GAG→AAG) | U712_08860 → | Uncharacterized protein ymfK |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 1,724,332 | 0 | G | A | 6.8% | 186.7 / 2.7 | 59 | E155K (GAG→AAG) | U712_08860 | Uncharacterized protein ymfK |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/25); new base A (2/2); total (32/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.72e-01 |
TGAACGGGACGAGCTTGGCTTATTAGTCGATTTTATGGCCGAATTGTTCAAAAAAGAAGGCCATAAATTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGATGAATACAGCACTGAAAATGTCTTTATCGTTGACGGAATTGTGTCAACACGAAGAGGGTCAGAACGCCA > CP006881/1724199‑1724469 | tGAACGGGACGAGGTTGGCTTATTAGTCGATTGTATGGCGGATTTGTTCAAAAAAGAAGGCCATAAATTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCa < 1:106756/138‑1 (MQ=255) gACGAGCTTGGCTTATTAGTCGATTTTATGGCCGAATTGTTCAAAAAAGAAGGCCATAAATTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTgg > 7:124504/1‑139 (MQ=255) gCTTGGCTTATTAGTCGATTTTATGGCCGAATTGTTCAAAAAAGAAGGCCATAAATTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGtt > 3:74961/1‑139 (MQ=255) gCTTGGCTTATTAGTCGATTTTATGGCCGAATTGTTCAAAAAAGAAGGCCATAAATTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCAAGCAAAAGGTGGCTGtt > 2:195555/1‑139 (MQ=255) gCTTGGCTTATTAGTCGATTTTATGGCCGAATTGTTCAAAAAAGAAGGCCATAAATTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCAAGCAAAAGGTGGCTGtt > 2:191403/1‑139 (MQ=255) cTTGGCTTATTAGTCGATTTTATGGCCGAATTGTTCAAAAAAGAAGGCCATAAATTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGttt < 5:266525/139‑1 (MQ=255) cTTGGCTTATTAGTCGATTTTATGGCCGAATTGTTCAAAAAAGAAGGCCATAAATTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGttt < 3:158504/139‑1 (MQ=255) gCTTATTAGTCGATTTTATGGCCGAATTGTTCAAAAAAGAAGGCCATAAATTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGttt > 1:204942/1‑135 (MQ=255) gCTTATTAGTCGATTTTATGGCCGAATTGTTCAAAAAAGAAGGCCATAAATTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGttt < 2:204942/135‑1 (MQ=255) gCTTATTAGTCGATTTTATGGCCGAATTGTTCAAAAAAGAAGGCCATAAATTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTgtgt > 5:91367/1‑139 (MQ=255) attaGTCGATTTTATGGCCGAATTGTTCAAAAAAGAAGGCCATAAATTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGtcat > 6:123610/1‑138 (MQ=255) attaGTCGATTTTATGGCCGAATTGTTCAAAAAAGAAGGCCATAAATTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGtcat < 4:111208/138‑1 (MQ=255) attaGTCGATTTTATGGCCGAATTGTTCAAAAAAGAAGGCCATAAATTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGtcat < 6:91367/138‑1 (MQ=255) attaGTCGATTTTATGGCCGAATTGTTCAAAAAAGAAGGCCATAAATTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGtcat > 6:166249/1‑138 (MQ=255) gATTTTATGGCCGAATTGTTCAAAAAAGAAGGCCATAAATTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTg > 7:122871/1‑139 (MQ=255) gATTTTATGGCCGAATTGTTCAAAAAAGAAGGCCATAAATTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTAGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTg > 6:183647/1‑139 (MQ=255) gCCGAATTGTTCAAAAAAGAAGGCCATAAATTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCa < 4:74593/138‑1 (MQ=255) gAATTGTTCAAAAAAGAAGGCCATAAATTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGTGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACg > 5:174274/1‑139 (MQ=255) aaaaaaGAAGGCCATAAATTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGc < 4:74961/139‑1 (MQ=255) aaaaaaGAAGGCCATAAATTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGc < 6:107293/139‑1 (MQ=255) agGCCATAAATTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGAt < 8:122871/139‑1 (MQ=255) gCCATAAATTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTg < 5:206984/139‑1 (MQ=255) aTAAATTAATCGTAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCg < 5:166249/139‑1 (MQ=255) aTAAATTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGGGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCg < 3:164423/139‑1 (MQ=255) aaTTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCAAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCACCCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGAt < 1:191403/138‑1 (MQ=255) aaTTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCAAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTAATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGAt < 1:195555/138‑1 (MQ=255) aaTCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACTGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGATGAATa > 2:162181/1‑139 (MQ=255) aaTCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGATGAATa > 3:196725/1‑139 (MQ=255) aTCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGATCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGATGAATa > 2:17671/1‑138 (MQ=255) aTCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGATGAATa > 5:242505/1‑138 (MQ=255) aTCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGATGAATa > 4:25964/1‑138 (MQ=255) aTCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGATGAATa > 2:11646/1‑138 (MQ=255) agGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGATGAATACAGCACTGaaaa < 3:25964/139‑1 (MQ=255) aTGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGATGAATACAGCACTGAAAATGTc > 8:135456/1‑139 (MQ=255) tgacgcgTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGGGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGATGAATACAGCACTGAAAATGTCt < 4:54649/136‑1 (MQ=255) tGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGc > 3:249249/1‑102 (MQ=255) tGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGc < 4:249249/102‑1 (MQ=255) cgTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGttt < 4:206908/61‑1 (MQ=255) cgTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGttt > 3:206908/1‑61 (MQ=255) tgtCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGAt > 6:3115/1‑110 (MQ=255) tgtCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGAt < 5:3115/110‑1 (MQ=255) tgtCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGATGAATACAGCACTGAAAATGTCTTTATCGt > 6:162963/1‑139 (MQ=255) aaaCGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGATGAATACAGCACTGAAAATGTCTTTATCGTTGACGGaa < 6:242505/139‑1 (MQ=255) tAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGATGAATACAGCACTGAAAATGTCTTTATCGTTGACGGAATTGTGTCAACACGaa < 1:162181/139‑1 (MQ=255) gCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGGGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGATGAATACAGCACTGAAAATGTCTTTATCGTTGACGGAATTGTGTCAACACGAag < 5:126221/138‑1 (MQ=255) ctAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGATGAATACAGCACTGAAAATGTCTTTATCGTTGACGGAATTGTGTCAACACGAAGAGGGt > 5:133952/1‑139 (MQ=255) tAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCACCCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGATGAATACAGCACTGAAAATGTCTTTATCGTTGACGGAATTGTGTCAACACGAAGAGGGTc > 5:243179/1‑139 (MQ=255) tAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGc > 2:170951/1‑65 (MQ=255) tAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGc < 1:170951/65‑1 (MQ=255) tAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGATGAATACAGCACTGAAAATGTCTTTATCGTTGACGGAATTGTGTCAACACGAAGAGGGt > 2:121230/1‑138 (MQ=255) tAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGATGAATACAGCACTGAAAATGTCTTTATCGTTGACGGAATTGTGTCAACACGAAGAGGGt > 7:78682/1‑138 (MQ=255) tgtgCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAg > 2:254428/1‑48 (MQ=255) tgtgCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAg < 1:254428/48‑1 (MQ=255) tgtgCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGATGAATACAGCACTGAAAATGTCTTTATCGTTGACGGAATTGTGTCAACACGAag < 7:266865/128‑1 (MQ=255) tgtgCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGATGAATACAGCACTGAAAATGTCTTTATCGTTGACGGAATTGTGTCAACACGAag > 8:266865/1‑128 (MQ=255) tgtgCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGATGAATACAGCACTGAAAATGTCTTTATCGTTGACGGAATTGTGTCAACACGAAGAGGGTCAGacc > 4:105864/1‑137 (MQ=255) tgCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGATGAATACAGCACTGAAAATGTCTTTATCGTTGACGGAATTGTGTCAACACGAAGAGGGTCAGAACGc > 4:142010/1‑139 (MQ=255) tgCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGATGAATACAGCACTGAAAATGTCTTTATCGTTGACGGAATTGTGTCAACACGAAGAGGGTCAGAACGc > 1:281178/1‑139 (MQ=255) cGAGCAAAAGGTGGATGTTTGTGTCATCAAGCTTGCTGATGCAGACGATAAGTAGCCAGATGATTGCCGATGAATACAGCACTGAAAATGTCTTTATCGTTGACGGAATTGTGTCAACACGAAGAGGGTCAGAACGCCa < 8:124504/139‑1 (MQ=255) | TGAACGGGACGAGCTTGGCTTATTAGTCGATTTTATGGCCGAATTGTTCAAAAAAGAAGGCCATAAATTAATCGGAATCAGAGGTATGCCGCGTGTCGGGAAAACGGAATCGATTGTAGCCTCTAGTGTGTGCGAGCAAAAGGTGGCTGTTTGTGTCATCAACCTTGCTGAAGCAGACGATAAGAAGCCAGCTGATTGCCGATGAATACAGCACTGAAAATGTCTTTATCGTTGACGGAATTGTGTCAACACGAAGAGGGTCAGAACGCCA > CP006881/1724199‑1724469 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |