Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 2,025,287 | T→G | 7.3% | T175T (ACA→ACC) | U712_10010 ← | UPF0720 protein yobL |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 2,025,287 | 0 | T | G | 7.3% | 143.4 / 5.9 | 55 | T175T (ACA→ACC) | U712_10010 | UPF0720 protein yobL |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/24); new base G (2/2); total (29/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.99e-01 |
TCGCCTTTTTTCTTATGTATGTCACTTTCTCTGTACGCTTTAGCGTTATAGTGAATTGGTGTAGCGTTTTTTCCTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGATTGTTTTTTCACGTTTGTCATCTGCAGAAGAAAGTTTGTCTTTGAAGTCTTCTGTTGAGAATATTTCAAGGGGAAGGATATCAT > CP006881/2025153‑2025423 | tCGCCTTTTTTCTTATGTATGTCACTTTCTCTGTACGCTTTAGCGTTATAGTGAATTGGTGTAGCGTTTTTTCCTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGtt < 8:134978/138‑1 (MQ=255) ccTTTTTTCTTATGTATGTCACTTTCTCTGTACGCTTTAGCGTTATAGTGAATTGGTGTAGCGTTTTTTCCTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAg > 6:286845/1‑139 (MQ=255) tttCTTATGTATGTCACTTTCTCTGTACGCTTTAGCGTTATAGTGAATTGGTGTAGCGTGTTTTCCTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTa < 4:256535/138‑1 (MQ=255) ttATGTATGTCACTTTCTCTGTACGCTTTAGCGTTATAGTGAATTGGTGTAGCGTTTTTTCCTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTg < 6:149179/139‑1 (MQ=255) atgtatgtCACTTTCTCTGTACGCTTTAGCGTTATAGTGAATTGGTGTAGCGTTTTTTCCTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCt < 1:64472/136‑1 (MQ=255) tgtCACTTTCTCTGTACGCTTTAGCGTTATAGTGAATTGGTGTAGCGATTTTTCCTTTGCCTGTTGATTACTGCAGCTTTTTAAAGTATT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTTTTTAAGCGTATTCTGTTTTTa > 8:228070/1‑138 (MQ=255) tttCTCTGTACGCTTTAGCGTTATAGTGAATTGGTGTAGCGTTTTTTCCTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCAGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCt > 3:123016/1‑138 (MQ=255) tctcTGTACGCTTTAGCGTTATAGTGAATTGGTGTAGCGTTTTTTCCTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTAtt > 1:246961/1‑121 (MQ=255) tctcTGTACGCTTTAGCGTTATAGTGAATTGGTGTAGCGTTTTTTCCTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTAtt < 2:246961/121‑1 (MQ=255) ctctGTACGCTTTAGCGTTATAGTGAATTGGTGTAGCGTTTTTTCCTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATTAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCtcat < 4:125551/138‑1 (MQ=255) tctGTACGCTTTAGCGTTATAGTGAATTGGTGTAGCGTTTTTTCCTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCGTTTTAAAGTCTT‑GCTGAAAAAATTTTTCGGTTGGTTGTGTTTCAGCGTATTCTGGTTTTAAATCCtcatc > 6:273283/1‑138 (MQ=255) tACGCTTTAGCGTTATAGTGAATTGGTGTAGCGTTTTTTCCTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCaa < 3:87294/136‑1 (MQ=255) tACGCTTTAGCGTTATAGTGAATTGGTGTAGCGTTTTTTCCTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAg < 5:101653/137‑1 (MQ=255) aGCGTTATAGTGAATTGGTGTAGCGTTTTTTCCTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGc > 1:13385/1‑139 (MQ=255) aGCGTTATAGTGAATTGGTGTAGCGTTTTTTCCTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGc > 3:98683/1‑139 (MQ=255) aGCGTTATAGTGAATTGGTGTAGCGTTTTTTACGTTTCCTGTTTATTACAGGAAGATTTTTAAGTATTAATTTAAAAAATTTTTC‑TTTTGATCTGTTTCAACCTATTATTTTATTAAATACGAAACAAACTTGCTTat > 2:243608/1‑137 (MQ=255) taGTGAATTGGTGTAGCGTTTTTTCCTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGa < 3:115854/139‑1 (MQ=255) taGTGAATTGGTGTAGCGTTTTTTCCTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGa > 3:64792/1‑139 (MQ=255) taGTGAATTGGTGTAGCGTTTTTTCCTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGa > 4:285546/1‑139 (MQ=255) taGTGAATTGGTGTAGCGGTTTTTGCTTTTCCGGTTGTTTACGGCCGCGTTTTTAAGTGTT‑TGTGTATAAATTGTTGGTTTTGTTGTGGTTTGGGGTTTTGTGTTTTTTAATGCTCATTAAGCTTGTTTAGGTTTTc > 2:284317/1‑137 (MQ=255) taGTGAATTGGTGTAGCGGTTTTTCCTTTGCCTGTTGATTGCTGCAGCTTTTTAAAGTATT‑GCGGAATAAATTGTTCGTTTGGTTGTGTTTGAGCGTATTATGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCttt > 5:97561/1‑134 (MQ=255) ttGGTGTAGCGTTTTTTCCGTTGCCTGTTGATTGCAGCAGCGTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTATGTTTTTAAATCCTCATCAAGGTTGTTTAGGATATCGATTGtttt > 4:170187/1‑139 (MQ=255) tGGTGTAGCGTTTTTTCCTTTGCCTGTTGTTTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCGGtt > 7:120402/1‑82 (MQ=255) tGGTGTAGCGTTTTTTCCTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCGGtt < 8:124287/82‑1 (MQ=255) tGGTGTAGCGTTTTTTCCTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCGGtt > 7:124287/1‑82 (MQ=255) tGGTGTAGCGTTTTTTCCTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCGGtt < 8:120402/82‑1 (MQ=255) gtgtAGCGTTTTTTCCTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTAGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCAAAAAGCTTGTTTAGCTTATCGATTGtttttt > 7:42494/1‑138 (MQ=255) tAGCGTTTTTTCCTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCATTTTAAAGTATT‑GATTAAAAAATTTTTCGTTTGGTTATGTTTCAGCGTATTATGTTTTTAAATACTCATAAAGCTTGGTTAGCTTATCGATTGTTTTTTCACg > 6:125378/1‑139 (MQ=255) gCGTTTTTTACTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGATTGTTTTTTCACGt < 1:228203/138‑1 (MQ=255) cGTTTTTTACTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTAGTTTGTTTCTGTTTGAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAATCTTGTTTAGGTTATAGATTGTTTTTTAACGttt > 8:42846/1‑139 (MQ=255) tttCCTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGATTGTTTTTTCACGTTTGTCa > 7:117608/1‑138 (MQ=255) cTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGATTGTTTTTTCACGTTTGTCATCTg < 7:42846/138‑1 (MQ=255) aTTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTCGTTTAGCTTATCGATTGTTTTTTCACGTTTGTCATCTGCAGAAGAAAGttt < 2:213339/139‑1 (MQ=255) tCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGATTGTTTTTTCACGTTTGTCATCTg < 1:227247/124‑1 (MQ=255) tCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGATTGTTTTTTCACGTTTGTCATCTg > 2:227247/1‑124 (MQ=255) gCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGGTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGATTGTTTTTTCACGTTTGTCATCTGCAGAAGAAAGTTTGTCTTTGaa < 5:273283/139‑1 (MQ=255) tttAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGATTGTTTTTTCACGTTTGTCATCTGCAGAAGAAAGTTTGTCTTTGAAGtct > 6:140308/1‑139 (MQ=255) tAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGATTGTTTTTTCACGTTTGTCATCTGCAGAAGAAAGTTTGTCTTTGAAGtctt < 6:275298/138‑1 (MQ=255) gTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGATTGTTTTTTCACGTTTGTCATCTGCAGAAGAAAGTTTGTCTTTGAAGTCTTCTGtt < 8:66866/139‑1 (MQ=255) t‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCtcat > 7:11045/1‑58 (MQ=255) t‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCtcat < 8:11045/58‑1 (MQ=255) t‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGATTGTTTTTTCACGTTTGTCATCTGCAGAAGAAAGTTTGTCTTTGAAGTCTTCTGTTgag > 7:194502/1‑138 (MQ=255) gCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGATTGTTTTTTCACGTTTGTCATCTGCAGAAGAAAGTTTGTCTTTGAAGTCTTCTGTTgaga < 5:286845/138‑1 (MQ=255) cTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGATTGTTTTTTCACGTTTGTCATCTGCAGAAGAAAGTTTGTCTTTGAAGTCTTCTGTTGAGaa < 8:117608/138‑1 (MQ=255) tAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCGTATCGATTGTTTTTTCACGTTTGTCATCTGCAGAAGAAAGTTTGTCTTTGAAGTCTTCTGTTGAGAATAttt > 6:180745/1‑138 (MQ=255) tAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCGTATCGATTGTTTTTTAACGTTTGTCATCTGCAGAAGAAAGTTTGTCTTTGAAGTCTTCGGTTGAGAATAttt > 6:184496/1‑138 (MQ=255) aaTTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGATTGTTTTTTCACGTTTGTCATCTGCAGAAGAAAGTTTGTCTTTGAAGTCTTCTGTTGAGAATATTTCa < 8:42494/138‑1 (MQ=255) aTTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGATTGTTTTTTCACGTTTGTCATCTGCAGAAGAAAGTTTGTCTTTGAAGTCTTCTGTTGAGAATATTTCAAg > 6:71973/1‑139 (MQ=255) tCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGATTGTTTTTTCACGTTTGTCATCTGCAGAAGAAAGTTTGTCTTTGAAGTCTTCTGTTGAGAATATTTCAAgggg > 5:240299/1‑137 (MQ=255) tttGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGATTGTTTTTTCACGTTTGTCATCTGCAGAAGAAAGTTTGTCTTTGAAGTCTTCTGTTGAGAATATTTCAAGGGGAAGGa < 4:250604/139‑1 (MQ=255) ttGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGATTGTTTTTTCACGTTTGTCATCTGCAGAAGAAAGTTTGTCTTTGAAGTCTTCTGTTGAGAATATTTCAAGGGGAAGGa > 1:41812/1‑138 (MQ=255) tGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGATTGTTTTTTCACGTTTGTCATCTGCAGAAGAAAGTTTGTCTTTGAAGTCTTCTGTTGAGAATATTTCaa < 7:201262/128‑1 (MQ=255) tGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGATTGTTTTTTCACGTTTGTCATCTGCAGAAGAAAGTTTGTCTTTGAAGTCTTCTGTTGAGAATATTTCAAGGGGAAGGat < 1:17096/138‑1 (MQ=255) tGGTTCTGATTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGATTGTTTTTTCACGTTTGTCATCTGCAGAAGAAAGTTTGTCTTTGAAGTCTTCTGTTGAGAATATTTCaa > 8:201262/1‑128 (MQ=255) cTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGATTGTTTTTTCACGTTTGTCATCTGCAGAAGAAAGTTTGTCTTTGAAGTCTTCTGTTGAGAATATTTCAAGGGGAAGGATATCAt < 4:98683/138‑1 (MQ=255) | TCGCCTTTTTTCTTATGTATGTCACTTTCTCTGTACGCTTTAGCGTTATAGTGAATTGGTGTAGCGTTTTTTCCTTTGCCTGTTGATTCCTGCAGCTTTTTAAAGTCTT‑GCTGAATAAATTGTTCGTTTGGTTCTGTTTCAGCGTATTCTGTTTTTAAATCCTCATCAAGCTTGTTTAGCTTATCGATTGTTTTTTCACGTTTGTCATCTGCAGAAGAAAGTTTGTCTTTGAAGTCTTCTGTTGAGAATATTTCAAGGGGAAGGATATCAT > CP006881/2025153‑2025423 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |