Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 2,589,191 | A→G | 7.5% | H7R (CAT→CGT) | U712_13325 → | Putative peptidoglycan O‑acetyltransferase YrhL |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 2,589,191 | 0 | A | G | 7.5% | 154.3 / 4.0 | 55 | H7R (CAT→CGT) | U712_13325 | Putative peptidoglycan O‑acetyltransferase YrhL |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/19); new base G (2/2); total (33/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
TCGATAAAATAAAAACATCCATCTAAGATTATGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTAACGGTGGTTTTATCGGGGTTGATATCTTTTTTGTTTTATCCGGATATTTGAT > CP006881/2589055‑2589329 | tCGATAAAATAAAAACATCCATCTAAGATTATGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAATCAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTCTCACAAGACACAGcat > 6:230456/1‑138 (MQ=255) gATAAAATAAAAACATCCATCTAAGATTATGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGcatcat > 3:15839/1‑139 (MQ=255) gATAAAATAAAAACATCCATCTAAGATTATGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGcatcat > 2:83449/1‑139 (MQ=255) gATAAAATAAAAACATCCATCTAAGATTATGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGcatcat < 1:27335/139‑1 (MQ=255) gATAAAATAAAAACATCCATCTAAGATTATGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGcatcat < 4:189916/139‑1 (MQ=255) ataaaataaaAACATCCATCTAAGATTATGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCatcatc > 2:71990/1‑139 (MQ=255) ataaaataaaAACATCCATCTAAGATTATGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCatcatc > 2:179122/1‑139 (MQ=255) taaaataaaaACATCCATCTAAGATTATGGATGTTTTCTCTATTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCatcatc > 1:199250/1‑138 (MQ=255) actaaaaACATCCATCTAAGATTATGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATa < 5:173363/137‑1 (MQ=255) aataaaaACATCCATCTAAGATTATGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGATTCCCCATGTATCACAAGCCCCAGCATCATCGaga > 2:246101/1‑137 (MQ=255) aataaaaACATCCATCTAAGATTATGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGcatcat > 8:4296/1‑134 (MQ=255) aataaaaACATCCATCTAAGATTATGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGcatcat < 7:4296/134‑1 (MQ=255) aaCATCCATCTAAGATTATGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTcc < 3:102445/139‑1 (MQ=255) ccatcTAAGATTATGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGAc > 5:295376/1‑139 (MQ=255) tactaTTATGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGGCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATATGCAGACTATTCGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCAGCGATACATTCCTGGACTTGAt < 8:163998/135‑1 (MQ=255) cagcttATGGATGCTATCTCTCTACTCTCTTCGAGCTCGAAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCCTCATCGCTACATTCCTGGACTTGATg < 4:257862/135‑1 (MQ=255) aGATTATGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGa < 1:83449/136‑1 (MQ=255) aGATTATGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGAt < 1:71990/137‑1 (MQ=255) aGATTATGGATGTTTTCTCTATTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGAt < 2:199250/137‑1 (MQ=255) aTGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGAt < 2:209110/132‑1 (MQ=255) aTGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGAt > 1:209110/1‑132 (MQ=255) aTGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCtt < 2:284650/138‑1 (MQ=255) aTGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCtt < 6:295376/138‑1 (MQ=255) tGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCTCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGcat > 6:198546/1‑107 (MQ=255) tGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGTAGGAATACCCATGTATCACAAGAAACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCg > 1:205977/1‑139 (MQ=255) tGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGcat < 5:198546/107‑1 (MQ=255) tGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCg > 8:82418/1‑139 (MQ=255) ttttCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGAGCttt > 3:220126/1‑139 (MQ=255) ttCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTAGCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGTAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTGCGGGCTTTCg > 6:150230/1‑139 (MQ=255) tctctATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTg > 2:131968/1‑139 (MQ=255) ctctATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTg < 4:111775/138‑1 (MQ=255) aTTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGt > 8:97314/1‑139 (MQ=255) gAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGttat > 7:126488/1‑138 (MQ=255) gAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGttat < 7:97314/138‑1 (MQ=255) gTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGttatcacttat < 4:15839/139‑1 (MQ=255) tacccccGCTAACAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCAAAAGACACAGCATAATCGATACATTCATGGAATTGATGGCCTTCGGGATTTCGCCTTCCTGTCAGttatcatttata > 7:92743/4‑138 (MQ=255) tAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTc < 5:81750/106‑1 (MQ=255) tAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTc > 6:81750/1‑106 (MQ=255) aaaaCAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAAt < 1:115304/139‑1 (MQ=255) aaaaCAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAAt < 8:21122/139‑1 (MQ=255) cGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCt > 3:63168/1‑138 (MQ=255) tACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTAACGGTGGTTTTATc < 7:82418/139‑1 (MQ=255) tATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTAACTGTGGTTTTATCggt > 6:296870/1‑138 (MQ=255) gaggaATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCCAAATTTCAATTGGGCTAACGGTGGTTTTATCGGGGTTGa < 1:246101/139‑1 (MQ=255) aggaATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTAACGGTGGTTTTATCGGGGTTTat < 2:205977/139‑1 (MQ=255) gaATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTACGCCGTACTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTAACGGAGGTTATAACGGGCTTGatat > 7:56429/1‑139 (MQ=255) aTACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTAACGGTGGTTTTATCGGGGTTGATATCt > 1:97801/1‑139 (MQ=255) aTACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTAACGGTGGTTTTATCGGGGTTGATATCt > 1:252089/1‑139 (MQ=255) aTACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTAACGGTGGTTTTATCGGGGTTGATATCt > 7:264933/1‑139 (MQ=255) aTACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTAACGGTGGTTTTATCGGGGTTGATATCt > 7:216159/1‑139 (MQ=255) aTACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTAACGGTGGTTTTATCGGGGTTGATATCt > 2:111224/1‑139 (MQ=255) aTACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTAACGGTGGTTTTATCGGGGTTGATATCt > 4:144338/1‑139 (MQ=255) aCCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTAACGGTGGTTTTATCGGGGTTGATATCttt > 4:252287/1‑139 (MQ=255) aTGTATCACAAGACACAGCGTCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTAACGGTGGTTTTATCGGGGTTGATATCTTTTTTg > 1:46295/1‑139 (MQ=255) aTGTATCACAAGACACAGCGTCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTAACGGTGGTTTTATCGGGGTTGATATCTTTTTTg > 1:41858/1‑139 (MQ=255) tCACAAGACACAGCCTCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTCTCACCTAAATTTCAATTGGTCTAACGGTGGTTTTATCGGGGTTGATATCTTTTTTGTTTTa > 8:160925/1‑139 (MQ=255) acaAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTAACGGTGGTTTTATCGGGGTTGATATCTTTTTTGTTTTATc > 3:20438/1‑139 (MQ=255) catgACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACATAAATTTCAATTGGGCTAACGGTGGTTTTATCGGGGTTGATATCTTATTTGTTTTAtac > 4:284552/4‑137 (MQ=255) caAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTACCGGTGGTTTTATCGGGGTTGATATCTTTTTTGTTTTATcc > 8:84242/1‑139 (MQ=255) caAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTAACGGTGGTTTTATCGGGGTTGATATCTTTTTTGTTTTATcc > 6:220724/1‑139 (MQ=255) caAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTAACGGTGGTTTTATCGGGGTTGATATCTTTTTTGTTTTATcc > 8:33084/1‑139 (MQ=255) aGACACAGCGTCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTAACGGTGGTTTTATCGGGGTTGATATCTTTTTTGTTTTATCCgg < 2:41858/139‑1 (MQ=255) aGACACAGCGTCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTAACGGTGGTTTTATCGGGGTTGATATCTTTTTTGTTTTATCCgg < 2:46295/139‑1 (MQ=255) aGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTAACGGTGGTTTTATCGGGGTTGATATCTTTTTTGTTTTATCCGGATAttt > 1:141511/1‑139 (MQ=255) aGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTAACGGTGGTTGTATCGGGGTTGATATCTTTTTTGTTTTATCCGGATAttt > 8:145255/1‑139 (MQ=255) gCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTAACGGTGGTTTTATCGGGGTTGATATCTTTTTTGTTTTATCCGGatat > 4:164418/1‑136 (MQ=255) gCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTAACGGTGGTTTTATCGGGGTTGATATCTTTTTTGTTTTATCCGGatat < 3:164418/136‑1 (MQ=255) atcatcGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTAACGGTGGTTTTATCGGGGTTGATATCTTTTTTGTTTTATCCGGATATTTGAt < 1:131968/139‑1 (MQ=255) | TCGATAAAATAAAAACATCCATCTAAGATTATGGATGTTTTCTCTCTTCTCTATTCGAGGTCGTAACCCCGCTATCAAAAACAACGAGAATATTTGCATACTATTGGAGGAATACCCATGTATCACAAGACACAGCATCATCGATACATTCCTGGACTTGATGGCCTTCGGGCTTTCGCCGTCCTGTCAGTTATCACTTATCACCTAAATTTCAATTGGGCTAACGGTGGTTTTATCGGGGTTGATATCTTTTTTGTTTTATCCGGATATTTGAT > CP006881/2589055‑2589329 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |