Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 3,172,775 | A→G | 8.3% | V5A (GTT→GCT) | U712_16295 ← | Uncharacterized protein yurT |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 3,172,775 | 0 | A | G | 8.3% | 136.0 / 4.3 | 49 | V5A (GTT→GCT) | U712_16295 | Uncharacterized protein yurT |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/24); new base G (2/2); total (22/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.10e-01 |
ATCATCTGGAGAAACAAGCGTTATCCACCTGAATTTCCCCATGGGAACGTCTTCCTTTTTTATAAACCCAAGTTTTTCTGTATAAAACTCCAGTGCCATGTCTTGATCTTGTACAAATATACTGGTAACAACGATTTTCATACTGTTTTTCCCTCCTTCGATATGAATGAAGCATGGTACTATGCTAACAATCTGGCTACAAGCAAAACAACCCACACATTTATCAGAGGCCCTGTTCTGATTTTATAAAATTATTCTATCCATCC > CP006881/3172648‑3172913 | atcatcTGGAGAAACAAGCGTTATCCACCTGAATTTCCCCATGGGAACGTCTTCCTTTTTTATAAACCCAAGTTTTTCTGTATAAAACTCCAGTGCCATGTCTTGATCTTGTACAAATATACTGGTAACAACGAtttt > 7:236110/1‑138 (MQ=255) cTGGAGAAACAAGCGTTATCCACCTGAATTTCCCCATGGGAACGTCTTCCTTTTTTATAAACCCAAGTTTTTCTGTTTAAAACTCCAGTGCCATGTCTTGATCTTGTACATATATACTGGTAACAACGATTTTCATACt > 3:117/1‑139 (MQ=255) tcAAGCGGTATCCACCTGAATTTCCCCATGGGAACTTCTTCCTTTTTTATAAACCCAAGTTTTTCTGTATAAAACTCCAGTGCCATGTCTTGATCTTGTACAAATATACTGGTAACAACGATTTTCATAGTGTTTTTcc < 4:102724/138‑1 (MQ=255) aCAAGCGTTATCCACCTGAATTTCCCCATGGGAACGTCTTCCTTTTTTATAAACCCAAGTTTTTCTGTATAAAACTCCAGTGCCATGTCTTGATCTTGTACAAATATACTGGTAACAACGATTTTCATACTGTTTTTcc < 8:153957/139‑1 (MQ=255) 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ATCATCTGGAGAAACAAGCGTTATCCACCTGAATTTCCCCATGGGAACGTCTTCCTTTTTTATAAACCCAAGTTTTTCTGTATAAAACTCCAGTGCCATGTCTTGATCTTGTACAAATATACTGGTAACAACGATTTTCATACTGTTTTTCCCTCCTTCGATATGAATGAAGCATGGTACTATGCTAACAATCTGGCTACAAGCAAAACAACCCACACATTTATCAGAGGCCCTGTTCTGATTTTATAAAATTATTCTATCCATCC > CP006881/3172648‑3172913 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |