Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 248,388 | G→T | 10.2% | G39V (GGC→GTC) | U712_01160 → | putative membrane protein ybfM |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 248,388 | 0 | G | T | 10.2% | 131.9 / 3.6 | 47 | G39V (GGC→GTC) | U712_01160 | putative membrane protein ybfM |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/21); new base T (3/2); total (24/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCAGAAAACCTGGAGTCTGGGAGATGGAATTAGTTCAGCAGCTCATAGCGGATTACGGTTATCTCGCTATTTTTTTGATGCTGGTATTAGGAATTGTAGGATTGCCGATTCCAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCACGCATACCGATGTATTGAATTATGAGCTTTCGATATTGATTAGTTTTGTCGGGGCTTTGTTAGGTATGCTGATCAGCTACATGATTGGCAGAAAAGCCGGACGCCCGTTTATCGACAAGTACGGCAAGT > CP006881/248250‑248525 | gCAGAAAACCTGGAGTCTGGGAGATGGAATTAGTTCATCAGCTCATAGCTGATTACGGTTATCTCGCTATTTTTTTGATGCTGGTATTAGGAATTGTTGGATTGCCGATTCCAGATGAAGTTATGATGACCGTTGTTgg < 6:155839/139‑1 (MQ=255) aaaaCCTGGAGTCTGGGAGATGGAATTAGTTCAGCAGCTCATAGCGGATTACGGTTATCTCGCTATTTTTTTGATGCTGGTATTAGGAATTGTAGGATTGCCGATTCCAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGGCTAt > 7:173062/1‑139 (MQ=255) gAGTCTGGGAGATGGAATTAGTTCAGCAGCTCATAGCGGATTACGGTTATCTCGCTATTTTTTTGATGCTGGTATTAGGAATTGTAGGATTGCCGATTCCAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCACGCa < 7:211308/139‑1 (MQ=255) tGGGAGATGGAATTAGTTCAGCAGCTCATAGCGGATTACGGTTATCTCGCTATTTTTTTGATGCTGGTATTAGGAATTGTAGTATTGCCGATTCCAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGTCTATTTCAGGAATAcc > 3:30538/1‑138 (MQ=255) tGGGAGATGGAATTAGTTCAGCAGCTCATAGCGGATTACGGTTATCTCGCTATTTTTTTGATGCTGGTATTAGGAATTGTAGGATTGCCGATTCCAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCACGCATAcc > 6:241305/1‑138 (MQ=255) ggAGATGGAATTAGTTCAGCAGCTCATAGCGGATTACGGTTATCTCGCTATTTTTTTGATGCTGGTATTAGGAATTGTAGGATTGCCGATTCCAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCACGCATACCg < 8:95105/137‑1 (MQ=255) gaTGGAATTAGTTCAGCAGCTCATAGCGGATTACGGTTATCTCGCTATTTTTTTGATGCTGGTATTAGGAATTGTAGGATTGCCGATTCCAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCACGCATACCGATGTa < 8:176644/139‑1 (MQ=255) tGGAATTAGTTCAGCAGCTCATAGCGGATTACGGTTATCTCGCTATTTTTTTGATGCTGGTATTAGGAATTGTAGGATTGCCGATTCCAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCACGCATACCGATGTAtt < 7:18469/139‑1 (MQ=255) gTTCAGCAGCTCATAGCGGATTACGGTTATCTCGCTATTTTTTTGATGCTGGTATTAGGAATTGTAGGATTGCCGATTCCAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCACGCATACCGATGTATTGAATTATg < 8:137337/139‑1 (MQ=255) gcagcTCATAGCGGATTACGGTTATCTCGCTATTTTTTTGATGCTGGTATTAGGAATTGTAGGATTGCCGATTCCAGATGATGTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCACGCATACCg > 5:142321/1‑119 (MQ=255) 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cTATTTTTTTGATGCTGGTATTAGGAATTGTAGGATTGCCGATTCCAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCACGCATACCGATGTATTGAATTATGAGCTTTCGATATTGATTAGTTTTGTCGGGGCttt < 7:140436/139‑1 (MQ=255) tGATGCTGGTATTAGGAATTGTAGGATTGCCGATTCCAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCACGCATACCGATGTATTGAATTATGAGCTTTCGATATTGATTAGTTTTGTCGGGGCTTTGTTAGGTa < 8:173062/138‑1 (MQ=255) gTATTAGGAATTGTAGGATTGCCGATTACAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCACGCATACCGATGTATTGAATTATGAGCTTTCGATATTGATTAGTTTTGTCGGGGCTTTGTTAGGTATGCTGAt < 8:280246/137‑1 (MQ=255) ttGTAGGATTGCCGATTCCAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCACGCATACCg > 2:284312/1‑63 (MQ=255) ttGTAGGATTGCCGATTCCAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCACGCATACCg < 1:284312/63‑1 (MQ=255) tGTAGGATTGCCGATTCCAGATGAAGTGATGATGACCTTTGTTGGCTATTTCACGCATACCGATGTATTGAATTATGAGCTTTCGATATTGATTAGTTTTGTCGGGGCt < 8:141316/109‑1 (MQ=255) tGTAGGATTGCCGATTCCAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCACGCATACCGATGTATTGAATTATGAGCTTTCGATATTGATTAGTTTTGTCgggg > 1:14276/1‑107 (MQ=255) tGTAGGATTGCCGATTCCAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCACGCATACCGATGTATTGAATTATGAGCTTTCGATATTGATTAGTTTTGTCgggg < 2:14276/107‑1 (MQ=255) tGTAGGATTGCCGATTCCAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCACGCATACAGATGTATTGAATTATGAGCTTTCGATATTGATTAGTTTTGTCGGGGCt > 7:141316/1‑109 (MQ=255) tAGGATTGCCGATTCCAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCACGCATACCGATGTATTGAATTATGAGCTTTCGATATTGATTAGTTTTGTCGGGGCTTTGTTAGGTATGCTGATCAGCTACATGATTgg > 1:142341/1‑139 (MQ=255) ggATTGCCGATTCCAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCACGCATACCGATGTATTGAATTATGAGCTTTCGATATTGATTAGTTTTGTCGGGGCTTTGTTAGGTATGCTGATCAGCTACATg > 1:118572/1‑132 (MQ=255) ggATTGCCGATTCCAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCACGCATACCGATGTATTGAATTATGAGCTTTCGATATTGATTAGTTTTGTCGGGGCTTTGTTAGGTATGCTGATCAGCTACATg < 2:118572/132‑1 (MQ=255) ttGCCGATTCCAGATGAATTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCACGCATACCGATGTATTGAATTATGAGCTTTCGATATTGATAAGTTTTGTCTGGCATTTGTTAGCTATGCTGATCAGCTACATGATTGGAAGa > 6:217395/1‑138 (MQ=255) ttGCCGATTCCAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCACGCATACCGATGTATTGAATTATGAGCTTTCGATATTGATTAGTTTTGTCGGGGCTTTGTTAGGTATGCTGATCAGCTACATGATTGGCAGa > 8:21152/1‑138 (MQ=255) ttGCCGATTACAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCAAGCATACCGATGTATTGAATTATGAGCTTTCGATATTGATTAGTTTTGTCGGGGATTTGTTAGGTATGCTGATCAGCTACATGATTGGCAGa > 5:269849/1‑138 (MQ=255) ccGATTCCAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCACGCATACCGATGTATTGAATTATGAGCTTTCGATATTGATTAGTTTTGTCGGGGCTTTGTTAGGTATGCTGATCAGCTACATGATTGGCAGAAAAg > 4:250368/1‑139 (MQ=255) ccGATTCCAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCACGCATACCGATGTATTGAATTATGAGCTTTCGATATTGATTAGTTTTGTCGGGGCTTTGTTAGGTATGCTGATCAGCTACATGATTGGCAGAAAAg > 1:197959/1‑139 (MQ=255) ccAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCACGCATACCGATGTATTGAATTATGAGCTTTCGATATTGATTAGTTTTGTCGGGGCTTTGTTAGGTATGCTGAGCAGCTACATGATTGGCAGAAAAGCCGGa < 1:249542/138‑1 (MQ=255) gaCCGTTGTTGGCTATTTCACGCATACCGATGTATTGAATTATGAGCTTTCGATATTGATTAGTTTTGTCGGGGCTTTGTTAGGTATGCTGATCAGCTACATGATTGGCAGAAACGCCGGACGCCCGTTTATCGACAAg > 6:37392/1‑139 (MQ=255) ttgttgGCTATTTCACGCATACCGATGTATTGAATTATGAGCTTTCGATATTGATTAGTTTTGTCGGGGCTTTGTTAGGTATGCTGATCAGCTACATGATTGGCAGAAAAGCCGGACGCCCGTTTATCGACAAGTACgg > 1:256100/1‑139 (MQ=255) ggCTATTTCACGCATACCGATGTATTGAATTATGAGCTTTCGATATTGATTAGTTTTGTCGGGGCTTTGTTAGGTATGCTGATCAGCTACATGATTGGCAGAAAAGCCGGACGCCCGTTTATCGACAAGTACGGCAAGt > 2:190382/1‑139 (MQ=255) | GCAGAAAACCTGGAGTCTGGGAGATGGAATTAGTTCAGCAGCTCATAGCGGATTACGGTTATCTCGCTATTTTTTTGATGCTGGTATTAGGAATTGTAGGATTGCCGATTCCAGATGAAGTGATGATGACCGTTGTTGGCTATTTCACGCATACCGATGTATTGAATTATGAGCTTTCGATATTGATTAGTTTTGTCGGGGCTTTGTTAGGTATGCTGATCAGCTACATGATTGGCAGAAAAGCCGGACGCCCGTTTATCGACAAGTACGGCAAGT > CP006881/248250‑248525 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |