| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 30,182 | C→T | 100% | intergenic (+147/‑96) | U712_00120 → / → U712_20865 | Sigma‑K factor‑processing regulatory protein BofA/16S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 30,182 | 0 | C | T | 97.9% | 302.3 / ‑2.1 | 93 | intergenic (+147/‑96) | U712_00120/U712_20865 | Sigma‑K factor‑processing regulatory protein BofA/16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (47/44); total (48/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.58e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGCGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTG > CP006881/30050‑30317 | tGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTaaa > 4:34681/1‑139 (MQ=255) aCTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAAc > 4:7238/1‑138 (MQ=255) gACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGt < 7:113166/138‑1 (MQ=255) gACAACTGAAGGCGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGtt > 7:241357/1‑139 (MQ=255) gagacaGGTTTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGATTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAATTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATTTTATGATAATAAAGTCTCTTAAACGAGTTGTAAACAAAGTTCttt < 3:4043/134‑1 (MQ=255) cTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCttt > 5:12881/1‑138 (MQ=255) cTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCttt > 5:18043/1‑138 (MQ=255) cTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCttt > 5:216400/1‑138 (MQ=255) cTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCttt < 6:216400/138‑1 (MQ=255) cTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCttt > 1:69086/1‑138 (MQ=255) cTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCttt > 3:200884/1‑138 (MQ=255) cTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCttt > 2:175365/1‑138 (MQ=255) cTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCttt > 2:211610/1‑138 (MQ=255) aGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACATCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACATTAGCGGAGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGATTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGaaaa < 1:242775/139‑1 (MQ=255) ggTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGATTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGaaaa > 1:174739/1‑138 (MQ=255) ttATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTaaa < 4:95378/139‑1 (MQ=255) ttATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAACTTCTTTGAAAAATaaa > 6:6998/1‑139 (MQ=255) ttATTCAAATATACGTCGCTGATGACTAACAGCTTTTTTTAAAACAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTaaa < 3:666/139‑1 (MQ=255) tATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTaaa < 4:105718/138‑1 (MQ=255) atatACGTCGCTGATGCCGCACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGGTAGTTGAATACTAAACAAGACa > 8:290871/1‑138 (MQ=255) atatACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGa < 3:213109/136‑1 (MQ=255) atatACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACa > 4:173999/1‑138 (MQ=255) atatACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACa > 1:215328/1‑138 (MQ=255) cGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACg < 4:200884/138‑1 (MQ=255) cGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACg > 8:8591/1‑138 (MQ=255) cGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACg < 2:69086/138‑1 (MQ=255) cGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACg > 1:90326/1‑138 (MQ=255) cGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTAATGTTAATAAAGTCGCTTAAACGAGCGGTAAAAAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAATACAAAACga > 8:127547/1‑138 (MQ=255) tCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTAc < 3:7238/139‑1 (MQ=255) cGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTTTGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTAcc > 6:253869/1‑139 (MQ=255) cGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTAcc > 8:165205/1‑139 (MQ=255) cGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTAcc > 8:160774/1‑139 (MQ=255) gCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCt < 6:12881/139‑1 (MQ=255) cTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTg > 7:247232/1‑139 (MQ=255) cTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTg > 6:209581/1‑139 (MQ=255) cTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTg > 1:60600/1‑139 (MQ=255) aCGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAAtt < 3:194672/139‑1 (MQ=255) gAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCa > 8:85952/1‑139 (MQ=255) cTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTta > 6:137737/1‑139 (MQ=255) ttttGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTtata < 8:241357/138‑1 (MQ=255) ttttGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTtata < 1:211610/138‑1 (MQ=255) gaaaagaaaaTGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATc < 3:208163/138‑1 (MQ=255) aaaagaaaaTGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCg < 8:247232/138‑1 (MQ=255) aaagtaaaTGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCTGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGca < 4:302573/139‑1 (MQ=255) aaaaTGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACTAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGca < 7:136876/135‑1 (MQ=255) aaaaTGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGca > 8:136876/1‑135 (MQ=255) aaaTGCTAAAAAGTTGTTTACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGCGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCa < 8:208921/139‑1 (MQ=255) aaaTGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCa < 8:215524/139‑1 (MQ=255) aaTGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCaa < 5:104834/139‑1 (MQ=255) aaTGCTAAAAAGGTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCaa < 1:91572/139‑1 (MQ=255) aTGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAAt < 8:46843/139‑1 (MQ=255) aaaaaGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCg < 5:209581/139‑1 (MQ=255) gttgttGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTagtc < 2:60600/139‑1 (MQ=255) ttgtttACATTAGCGTCTGTAACTGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTagtc < 3:28583/138‑1 (MQ=21) ttgttgACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACa < 8:218925/87‑1 (MQ=255) ttgttgACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACa > 7:218925/1‑87 (MQ=255) gttgACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGACAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTagtcagt > 5:116984/1‑139 (MQ=255) gttgACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTagtcagt > 3:310620/1‑139 (MQ=255) gACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAgtcagtca < 6:261872/138‑1 (MQ=255) cAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAac < 7:290871/139‑1 (MQ=255) tAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATaaa > 5:229837/1‑106 (MQ=255) tAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATaaa < 6:229837/106‑1 (MQ=255) cggcggTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTagtc > 3:113985/1‑125 (MQ=255) cggcggTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTagtc < 4:113985/125‑1 (MQ=255) cggcggTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACtt > 3:282802/1‑138 (MQ=255) gcggTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGc < 1:287590/105‑1 (MQ=255) gcggTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGc > 2:287590/1‑105 (MQ=255) gTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCgg < 1:295549/139‑1 (MQ=255) gTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTATTTGAAAACAAAACAAGACAAAACGTACCGGTTTATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATTTTCGTATTAAGTCAAACTACTTTATAgg > 2:230076/1‑139 (MQ=21) tAAATGTTTTGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGga < 5:253869/139‑1 (MQ=255) tATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGttt > 5:56409/1‑138 (MQ=255) aTGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTtata < 8:278897/87‑1 (MQ=255) aTGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTtata > 7:278897/1‑87 (MQ=255) aTGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGa > 5:270906/1‑139 (MQ=255) aTGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGa > 8:158963/1‑139 (MQ=255) gaaaataaAGTCGCTTAAACGAGTCGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATc < 3:178564/136‑1 (MQ=255) attaaGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTgg < 4:198849/136‑1 (MQ=255) ataaAGTCGCTTAAACGATTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTgg < 8:259127/139‑1 (MQ=255) ataaAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTgg > 1:84660/1‑139 (MQ=255) ataaAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTgg > 4:289377/1‑139 (MQ=255) ataaAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTgg < 7:165205/139‑1 (MQ=255) ataaAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTgg < 7:160774/139‑1 (MQ=255) ataaAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTgg > 3:263910/1‑139 (MQ=255) ataaAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTATTTGAAAACTAAACAAGCCAAAACGTACCTTTTAATTCATTTTTATTAATCGCCCAGCAATGTGCGTAGTCAGTCATACTACTTTTTCGGAGAGTTTGATCCTgg > 8:23941/1‑139 (MQ=17) taaAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTGGc > 4:109007/1‑139 (MQ=255) gCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGca > 8:137453/1‑80 (MQ=255) gCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGca > 2:221498/1‑80 (MQ=255) gCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGca < 7:137453/80‑1 (MQ=255) gCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGca < 1:221498/80‑1 (MQ=255) cTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACg < 7:8591/139‑1 (MQ=255) cTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTAACGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAc > 1:48011/1‑138 (MQ=255) aaaCGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGaa < 4:282802/138‑1 (MQ=255) gAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGTACGAACGcag > 7:229535/1‑137 (MQ=255) | TGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGCGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTG > CP006881/30050‑30317 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |