Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 832,829 | C→A | 8.2% | G79G (GGC→GGA) | U712_04045 → | putative polysaccharide deacetylase pdaA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 832,829 | 0 | C | A | 8.2% | 158.1 / 3.1 | 49 | G79G (GGC→GGA) | U712_04045 | putative polysaccharide deacetylase pdaA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/26); new base A (2/2); total (21/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 |
TAAACGAAGTGTCAATCATCAGCCGCCAGATGCCGGGAAGCAGCTGAACAGTTTAATTGAAAAATATGACGCGTTTTATTTAGGGAATACAAAGGAAAAAACGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAACATCGCGTAACAGGAACGTTTTTTGTCACCGGGCATTTCGTAAAGGACCAGCCTCAGCTGATCAAACGAATGTCAGATGAGGGCCATATTATCGGCAATCATTCC > CP006881/832691‑832967 | tAAACGAAGTGTCAATCATCAGCCGCCAGATGCCGGGAAGCAGCTGAACAGTTTAATTGAAAAATATGACGCGTTTTATTTAGGGAATACAAAGGAAAAAACGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGc > 5:255979/1‑139 (MQ=255) aaCGAAGTGTCAATCATCAGCCGCCAGATGCCGGGAAGCAGCTGAACAGTTTAATTGAAAAATATGACGCGTTTTATTTAGGGAATACAAAGGAAAAAACGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCta < 1:64856/139‑1 (MQ=255) aaCGAAGTGTCAATCATCAGCCGCCAGATGCCGGGAAGCAGCTGAACAGTTTAATTGAAAAATATGACGCGTTTTATTTAGGGAATACAAAGGAAAAAACGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCta < 5:243875/139‑1 (MQ=255) aaCGAAGTGTCAATCATCAGCCGCCAGATGCCGGGAAGCAGCTGAACAGTTTAATTGAAAAATATGACGCGTTTTATTTAGGGAATACAAAGGAAAAAACGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCta < 2:94618/139‑1 (MQ=255) ccAGATGCCGGGAAGCAGCTGAACAGTTTAATTGAAAAATATGACGCGTTTTATTTAGGGAATACAAAGGAAAAAACGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCt > 3:161170/1‑139 (MQ=255) ccAGATGCCGGGAAGCAGCTGAACAGTTTAATTGAAAAATATGACGCGTTTTATTTAGGGAATACAAAGGAAAAAACGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCt > 4:169940/1‑139 (MQ=255) tGCCGGGAAGCAGCTGAACAGTTTAATTGAAAAATATGACGCGTTTTATTTAGGGAATACAAAGGAAAAAACGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTaaaa < 1:121880/139‑1 (MQ=255) ggAAGCAGCTGAACAGTTTAATTGAAAAATATGACGCGTTTTATTTAGGGAATACAAAGGAAAAAACGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAACa < 6:145895/139‑1 (MQ=255) ggAAGCAGCTGAACAGTTTAATTGAAAAATATGACGCGGGTTATTTAGGGACTACAAAGGAAAAAACGCTTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGGCTTAAAAAAACa < 6:145897/139‑1 (MQ=255) tttAATTGAAAAATATGACGCGTTTTATTTAGGGAATACAAATGAAAAAACGATTTACTTAACGTTTGAGAACGGATATGAAAATGGATATACGCCAAAAGTGCTTGATCTCTTAAAAAAACATCGCTTAACAGGAACg > 1:64942/1‑139 (MQ=255) tttAATTGAAAAATATGACGCGTTTTATTTAGGGAATACAAAGGAAAAAACGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAACATCGCGTAACAGGACCg > 8:256833/1‑139 (MQ=255) tttAATTGAAAAATATGACGCGTTTTATTTAGGGAATACAAAGGAAAAAACGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAACATCGCGTAACAGGAACg > 6:162255/1‑139 (MQ=255) tttAATTGAAAAATATGACGCGTTTTATTTAGGGAATACAAAGGAAAAAACGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGATATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAAAATCGCGTAACAGGAACg > 1:69409/1‑139 (MQ=255) aaaaaTATGACGCGTTTTATTTAGGGAATACAAAGCAAAAAACGATTTACTTAACGATTGATAACGGATATGAAAATGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAACATCGCGTAACAGGAACGTTTTTTGt > 3:25619/1‑139 (MQ=255) aaaTATGACGCGTTTTATTTAGGGAATACAAAGGAAAAAACGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAACATCGCGTAACAGGAACGTTTTTTGTCa > 1:243193/1‑139 (MQ=255) aaaTATGACGCGTTTTATTTAGGGAATACAAAGGAAAAAACGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAACATCGCGTAACAGGAACGTTTTTTGTCa > 2:285384/1‑139 (MQ=255) 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aGGGAATACAAAGGAAAAAACGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAACATCGCGTAACAGGAACGTTTTTTGTCACCGGGCATTTCGTAAAGGa < 8:2032/138‑1 (MQ=255) aGGGAATACAAAGGAAAAAACGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAACATCGCGTAACAGGAACGTTTTTTGTCACCGGGCATTTCGTAAAGGa < 5:44101/138‑1 (MQ=255) gggAATACAAAGGAAAAAACGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAACa < 4:55190/92‑1 (MQ=255) gggAATACAAAGGAAAAAACGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAACa > 3:55190/1‑92 (MQ=255) ggAATACAAAGGAAAAAACGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAACATCGCGTAACAGGAACGTTTTTTGTCACCGGGCATTTCGTAAAGGa < 8:279065/136‑1 (MQ=255) ggAATACAAAGGAAAAAACGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAACATCGCGTAACAGGAACGTTTTTTGTCACCGGGCATTTCGTAAAGGa > 7:279065/1‑136 (MQ=255) tACAAAGGAAAAAACGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAACATCGCGTAACAgg > 4:238451/1‑99 (MQ=255) tACAAAGGAAAAAACGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAACATCGCGTAACAgg < 3:238451/99‑1 (MQ=255) aaaGGAAAAAACGATATACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAACATCGCGTAACAGGAACGTTTTTTGTCTCCGGGCATTTCGTAAAGGACCAGCCTCAg < 1:53250/139‑1 (MQ=255) aaaaaaCGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAACATCGCGTAACAGGAACGTTTTTTGTCACCGGGCATTTCGTAAAGGACCAGCCTCAGCTGAt > 4:300747/1‑139 (MQ=255) aaaaCGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAACATCGCGTAACAGGAACGTTTTTTGTCACCGGGCATTTCGTAAAGGACCAGCCTCAGCTGATc > 3:257302/1‑138 (MQ=255) cGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAACATCGCGTAACAGGAACGTTTTTTGTCACCGGGCATTTCGTAAAGGACCAGCCTCAGCTGATCAAACg < 6:116886/139‑1 (MQ=255) cGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAACATCGCGTAACAGGAACGTTTTTTGTCACCGGGCATTTCGTAAAGGACCAGCCTCAGCTGATCAAACg < 7:256833/139‑1 (MQ=255) 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aaTGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAACATCGCGTAACAGGAACGTTTTTTGTCACCGGGCATTTCGTAAAGGa > 7:89361/1‑86 (MQ=255) aaTGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAACATCGCGTAACAGGAACGTTTTTTGTCACCGGGCATTTCGTAAAGGa < 8:89361/86‑1 (MQ=255) aaTGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAACATCGCGTAACAGGAACGTTTTTTGTCACCGGGCATTTCGTAAAGGACCAGCCTCAGCTGATCAAACGAATGTCAGATGAGGGCCATATTATCGGCAATc < 3:300747/139‑1 (MQ=255) cTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAACATCGCGTAACAGGAACGTTTATTGTCACCGGGCATTTCGTAAAGGACCAGCCTCGGCTGATCAAAAGAATGTCAGATGAGGGCCATATTATCTGCAATCATTcc > 7:206886/1‑139 (MQ=255) | TAAACGAAGTGTCAATCATCAGCCGCCAGATGCCGGGAAGCAGCTGAACAGTTTAATTGAAAAATATGACGCGTTTTATTTAGGGAATACAAAGGAAAAAACGATTTACTTAACGTTTGATAACGGATATGAAAATGGCTATACGCCAAAAGTGCTTGATGTCTTAAAAAAACATCGCGTAACAGGAACGTTTTTTGTCACCGGGCATTTCGTAAAGGACCAGCCTCAGCTGATCAAACGAATGTCAGATGAGGGCCATATTATCGGCAATCATTCC > CP006881/832691‑832967 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |