Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 856,396 | C→T | 7.8% | T383I (ACA→ATA) | U712_04155 → | PTS system maltose‑specific EIICB component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 856,396 | 0 | C | T | 7.8% | 156.7 / 3.1 | 51 | T383I (ACA→ATA) | U712_04155 | PTS system maltose‑specific EIICB component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/21); new base T (2/2); total (28/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.08e-01 |
ATTTGCGGTTCACGCCGTGCTTGCCGCCACAATGTCGACAGTTATGTATATGGCCGGCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCTTCAGATTTTTAATCCTCAAATTCAATATCGCTACACCAGGACGGGAAAAGGATGAACAGCAGGAAACAAAGCTATATTCGA > CP006881/856259‑856533 | aTTTGCGGTTCACGCCGTGCTTGCCGCCACAATGGCGAAAGTTATGTATATGGCCGGCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTTGCAGCCACGGTATGAc < 7:42422/138‑1 (MQ=255) gCTTGCCGCCACAATGTCGACAGTTATGTATATGGCCGGCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAAtttt > 7:261262/1‑138 (MQ=255) cTTGCCGCCACAATGTCGACAGTTATGTATATGGCCGGCGTCGTCTGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGa < 5:37261/139‑1 (MQ=255) ccgccACAATGTCGACAGTTATGTATATGGCCGGCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCgg > 5:44039/1‑139 (MQ=255) ccACAATGTCGACAGTTATGTATATGGCCGGCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGct < 2:129580/139‑1 (MQ=255) tGTATATGGCCGGCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATc < 6:20866/116‑1 (MQ=255) tGTATATGGCCGGCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATc > 5:20866/1‑116 (MQ=255) atGGCCGGCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACa < 4:267609/126‑1 (MQ=255) atGGCCGGCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACa > 3:267609/1‑126 (MQ=255) atGGCCGGCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTAttttt > 2:125698/1‑139 (MQ=255) tGGCCGGCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCCCGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTAtttttt > 5:134318/1‑139 (MQ=255) ggCCGGCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGATATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGctc > 3:208394/1‑115 (MQ=255) ggCCGGCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGATATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGctc > 3:212629/1‑115 (MQ=255) ggCCGGCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGATATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGctc < 4:212629/115‑1 (MQ=255) ggCCGGCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGATATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGctc < 4:208394/115‑1 (MQ=255) ggCCGGCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGAt > 4:270860/1‑108 (MQ=255) ggCCGGCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGAt < 3:270860/108‑1 (MQ=255) ggCCGGCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTc > 5:1268/1‑139 (MQ=255) ggCCGGCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTc > 5:125203/1‑139 (MQ=255) ggCCGGCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTc > 4:113724/1‑139 (MQ=255) ggCCGGCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTc > 7:107372/1‑139 (MQ=255) ggCCGGCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTc > 7:166929/1‑139 (MQ=255) ggCCGGCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTc > 3:50877/1‑139 (MQ=255) ggCCGGCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCACTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTc > 3:180243/1‑139 (MQ=255) gCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGCCTGATTGAGGCGGTAACCTTGCACTGGATTCCGCTCGTTGGCAGCCACGGGATGCCATATGTGTCTCAAAGTTTGATCGGGCTCGCGTGTACAGCAATTTATTTTTTCGTcgt > 2:74565/1‑137 (MQ=255) gCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCtt > 6:89611/1‑139 (MQ=255) gCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCtt > 8:284144/1‑139 (MQ=255) gCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTAAGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTGTACAGCAATTTATTTTTTCGTCt > 5:224659/1‑138 (MQ=255) ggAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCTTCAGATTTTTAATCCTc < 6:44039/138‑1 (MQ=255) ggAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCTTCAGATTTTTAATCCTc < 6:125203/138‑1 (MQ=255) ggACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCTTCAGATTTTTAATCCTCAAATTc > 4:253657/1‑138 (MQ=255) gACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCTTCAGATTTTTAATCCTCAAATTCaa < 8:166929/139‑1 (MQ=255) aCTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCTTCAGATTTTTAATCCTCAAATTCAat < 3:113724/139‑1 (MQ=255) aTTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCTTCAGATTTTTAATCCTCAAATTCAATATCg < 8:261262/139‑1 (MQ=255) ttGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCTTCAGATTTTTAATCCTCAAATTCAATATCGc < 3:253657/139‑1 (MQ=255) ttGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCTTCAGATTTTTAATCCTCAAATTCAATATCGc < 1:204274/139‑1 (MQ=255) ttGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCTTCAGATTTTTAATCCTCAAATTCAATATCGc < 5:89611/139‑1 (MQ=255) tGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCTTCAGATTTTTAATCCTCAAATTCAATATCGc < 1:125698/138‑1 (MQ=255) gCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTGTACAGCATTTTATTTTTTCTTCTTCTGAGTTTTAATCCTCAAATTCAATTTCGCTacac > 1:139005/1‑139 (MQ=255) tAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCTTCAGATTTTTAATCCTCAAATTCAATATCGCTACACCAgg > 4:145857/1‑139 (MQ=255) tAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCTTCAGATTTTTAATCCTCAAATTCAATATCGCTACACCAg > 1:26028/1‑138 (MQ=255) aCCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCTTCAGATTTTTAATCCTCAAATTCAATATCGCTACACCAGGa < 6:298506/138‑1 (MQ=255) gAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCTTCAGATTTTTAATCCTCAAATTCAATATCGCTACACCAGGACGGGa < 2:19321/138‑1 (MQ=255) gATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCTTCAGATTTTTAATCCTCAAATTCAATATCGCTACACCAGGACGGGAAAAGGAt > 3:246343/1‑139 (MQ=255) aTTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCTTCAGATTTTTAATCCTCAAATTCAATATCGCTACACCAGGACGGGAAAAGGATg < 1:57007/139‑1 (MQ=255) ccGCTCGTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGCTCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTAATATTTTCGTCTTCATATTTAAAATCCTCAAATTCAATATCGCTACACCAGGACGGGAAAAGGATGaa < 4:248968/138‑1 (MQ=255) tttGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCTTCAGATTTTTAATCCTCAAATTCAATATCGCTACACCAGGACGGGAAAAGGATGAAcagca < 7:284144/137‑1 (MQ=255) aCGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCTTCAGATTTTTAATCCTCAAATTCAATATCGCTACACCAGGACGGGAAAAGGATGAACAGCAGGAAACAAAGc > 7:122637/1‑138 (MQ=255) tATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCTTCAGATTTTTAATCCTCAAATTCAATATCGCTACACCAGGACGTGAAAAGGATGAACAGCAGGAAACACAGCTatat > 8:305223/1‑139 (MQ=255) tGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCTTCAGATTTTTAATCCTCAAATTCAATATCGCTACACCAGGACGGGAAAAgg < 4:139309/111‑1 (MQ=255) tGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCTTCAGATTTTTAATCCTCAAATTCAATATCGCTACACCAGGACGGGAAAAgg > 3:139309/1‑111 (MQ=255) aCATATGTGTATCAAATTTTGCTCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCTTCAGAATTTTAATCCTCAAATTCAAAATCGCTACACCACGCCGGGAAAAGGATGAACAGCAGGAAACAAAGCTATATTCGa < 4:180243/139‑1 (MQ=255) | ATTTGCGGTTCACGCCGTGCTTGCCGCCACAATGTCGACAGTTATGTATATGGCCGGCGTCGTCGGAAATATGGGAGGCGGACTGATTGAGGCGGTAACCTTGAACTGGATTCCGCTCTTTGGCAGCCACGGTATGACATATGTGTATCAAATTTTGATCGGGCTCTCGTTTACAGCAATTTATTTTTTCGTCTTCAGATTTTTAATCCTCAAATTCAATATCGCTACACCAGGACGGGAAAAGGATGAACAGCAGGAAACAAAGCTATATTCGA > CP006881/856259‑856533 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |