| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 1,653,382 | A→C | 11.9% | T76P (ACG→CCG) | U712_08495 → | GTP‑sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 1,653,382 | 0 | A | C | 11.9% | 184.9 / 18.6 | 67 | T76P (ACG→CCG) | U712_08495 | GTP‑sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/35); new base C (3/5); total (27/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.80e-01 | |||||||||||
AATTGATTCCAATATTTTCGTTGTAAGCCGCAGAGGGAAACTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGTGAATATACTGCTTTCCCTGTTGAGAACAGAGACCTGTTTCAAGCTGGTTTAACAACAATTGTGCCGATCAT > CP006881/1653258‑1653506 | aaTTGATTCCAATATTTTCGTTGTAAGCCGCAGAGGGAAACTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGtt > 2:35154/1‑138 (MQ=255)aaTTGATTCCAATATTTTCGTTGTAAGCCGCAGAGGGAAACTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGtt > 7:157982/1‑138 (MQ=255) gATTCCAATATTTTCGTTGTAAGCCGCAGAGGGAAACTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATCCGAAAAATCTGTTTAAt < 7:117016/138‑1 (MQ=255) aTTCCAATATTTTCGTTGTAAGCCGCAGAGGGAAACTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATg > 5:206721/1‑138 (MQ=255) tCCAATATTTTCGTTGTAAGCCGCAGAGGGAAACTCCTTGGTTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATCCGAAAAATCTGTTTAATGTcc > 1:4374/1‑139 (MQ=255) tCCAATATTTTCGTTGTAAGCCGCAGAGGGAAACTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTcc > 3:161087/1‑139 (MQ=255) tCCAATATTTTCGTTGTAAGCCGCAGAGGGAAACTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTcc > 3:261682/1‑139 (MQ=255) tCCAATATTTTCGTTGTAAGCCGCAGAGGGAAACTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTcc > 5:294262/1‑139 (MQ=255) tCCAATATTTTCGTTGTAAGCCGCAGAGGGAAACTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTcc > 1:152302/1‑139 (MQ=255) tCCAATATTTTCGTTGTAAGCCGCAGAGGGAAACTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTcc > 1:151280/1‑139 (MQ=255) tCCAATATTTTCGTTGTAAGCCGCAGAGGGAAACTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTca > 7:23662/1‑138 (MQ=255) ttttCGTTGTAAGCCGCAGAGGGAAACTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAAc < 1:220124/139‑1 (MQ=255) aGCCGCAGAGGGAAACTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATCCGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACt < 4:179831/139‑1 (MQ=255) aGCCGCAGAGGGAAACTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACt < 4:261682/139‑1 (MQ=255) ccGCAGAGGGAAACTCCTTGTGTATTCAATTAAACAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTg < 3:159570/139‑1 (MQ=255) ccGCAGAGGGAAACTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTg < 8:190224/139‑1 (MQ=255) gCAGAGGGAAACTCCTTGTGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGa < 5:98680/139‑1 (MQ=255) gCAGAGGGAAACTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGa < 7:75820/139‑1 (MQ=255) gagGGAAACTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGatat < 8:44667/139‑1 (MQ=255) gAAACTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAAt < 4:161087/139‑1 (MQ=255) gAAACTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAAt < 8:157982/139‑1 (MQ=255) aCTCCTTGGTTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATCCGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGt < 2:4374/139‑1 (MQ=255) aCTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAACCATCTTCTAACTTGGATATTAATAGt < 1:217241/139‑1 (MQ=255) aCTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGt < 6:294262/139‑1 (MQ=255) aCTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGt < 2:152302/139‑1 (MQ=255) aCTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGt < 5:2502/139‑1 (MQ=255) aCTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGt < 1:260974/139‑1 (MQ=255) aCTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGt < 1:35154/139‑1 (MQ=255) aCTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGt < 6:206721/139‑1 (MQ=255) aCTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGt < 8:23662/139‑1 (MQ=255) aCTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGt < 6:227878/139‑1 (MQ=255) aCTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGt < 8:290958/139‑1 (MQ=255) cTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGt > 6:2502/1‑138 (MQ=255) cTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGTGaa > 3:153083/1‑138 (MQ=255) tGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACt > 6:125608/1‑119 (MQ=255) tGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACt < 5:125608/119‑1 (MQ=255) tGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGTGAata > 5:234695/1‑138 (MQ=255) ttCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATCCGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTg > 3:238281/1‑115 (MQ=255) ttCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATCCGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTg < 4:238281/115‑1 (MQ=255) ttCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACt > 7:283089/1‑113 (MQ=255) ttCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACt < 8:283089/113‑1 (MQ=255) ttCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAAt > 8:150005/1‑124 (MQ=255) ttCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAAt < 7:150005/124‑1 (MQ=255) ttCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGTGAATATACTGCt > 3:67425/1‑139 (MQ=255) ttCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGTGAATATACTGCt > 1:51769/1‑139 (MQ=255) ttCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTAAGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATCCGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTg > 5:277530/1‑115 (MQ=255) ttCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTAAGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATCCGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTg < 6:277530/115‑1 (MQ=255) ttCAATTAACCAACAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGTGAATATAc < 3:196172/135‑1 (MQ=255) ttCAATTAACCAACAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGTGAATATAc > 4:196172/1‑135 (MQ=255) aCCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAATATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTg > 5:182340/1‑107 (MQ=255) aCCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTg < 6:182340/107‑1 (MQ=255) ccAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGTGAATATACTGCTTTCCCTGtt < 4:161744/139‑1 (MQ=255) aGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGTGAATATACTGCTTTCCCTGTTga < 2:151280/139‑1 (MQ=255) aGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGTGAATATACTGCTTTCCCTGTTga < 7:168305/139‑1 (MQ=255) cAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGTGAATATACTGCTTTCCCTGTTgag > 2:187265/1‑138 (MQ=255) cAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGTGAATATACTGCTTTCCCTGTTgag > 3:147275/1‑138 (MQ=255) cAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGTGAATATACTGCTTTCCCTGTTgag > 3:68897/1‑138 (MQ=255) aaaTGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGTGAATATACTGCTTTCCCTGTTGAGAACAGAGAc < 4:67425/139‑1 (MQ=255) aaaTGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGTGAATATACTGCTTTCCCTGTTGAGAACAGAGAc < 1:102272/139‑1 (MQ=255) aTCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGt > 6:61941/1‑101 (MQ=255) aTCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGt < 5:61941/101‑1 (MQ=255) tATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGTGAATATACTGCTTTCCCTGTTGAGAACAGAGACCTGTTTCaa < 6:234695/139‑1 (MQ=255) tGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGTGAATATACTGCTTTCCCTGTTGAGAACAGAGACCTGTTTCAAGc < 5:275740/139‑1 (MQ=255) aaaaaTGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGTGAATATACTGCTTTCCCTGTTGAGAACAGAGACCTGTTTCAAGCTGGt < 1:187265/139‑1 (MQ=255) aaaTGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGTGAATATACTGCTTTCCCTGTTGAGAACAGAGACCTGTTTCAAGCTGGttt < 8:138941/139‑1 (MQ=255) tCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGTGAATATACTGCTTTCCCTGTTGAGAACAGAGACCTGTTTCAAGCTGGTTTAACAACAATTGTGCCGatcat > 4:280576/1‑139 (MQ=255) accTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGACACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGTGAATATACTGCTTTCCCTGTTGAGCACAGAGACCTGTTTCAAGCTGGTTTAACAACAATTGTGCCGagcat < 7:278212/137‑1 (MQ=255) | AATTGATTCCAATATTTTCGTTGTAAGCCGCAGAGGGAAACTCCTTGGGTATTCAATTAACCAGCAAATTGAAAATGATCGTATGAAAAAAATGCTTGAGGATCGTCAATTCCCTGAAGAATATACGAAAAATCTGTTTAATGTCCCTGAAACATCTTCTAACTTGGATATTAATAGTGAATATACTGCTTTCCCTGTTGAGAACAGAGACCTGTTTCAAGCTGGTTTAACAACAATTGTGCCGATCAT > CP006881/1653258‑1653506 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |