Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 3,610,156 | G→C | 18.4% | intergenic (‑44/+32) | U712_18595 ← / ← U712_18600 | Low molecular weight protein‑tyrosine‑phosphatase ywlE/UPF0059 membrane protein ywlD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 3,610,156 | 0 | G | C | 18.4% | 164.0 / 2.7 | 64 | intergenic (‑44/+32) | U712_18595/U712_18600 | Low molecular weight protein‑tyrosine‑phosphatase ywlE/UPF0059 membrane protein ywlD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/6); new base C (2/10); total (43/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.63e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TCAGCCCTTCCCTTTCTGCAATTGATTTAAAAAGCGCCTCAGCCATTGGGCTGCGGCACGTATTTCCAGTACAGACAAAAATAATATCCATGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCGCTGTATGTGCCAAGCCATGACTGCACTTGTTTTCCGAC > CP006881/3610022‑3610286 | tCAGCCCTTCCCTTTCTGCAATTGATTTAAAAAGCGCCTCAGCCATTGGGCTGCGGCACGTATTTCCAGTACAGACAAAAATAATATCCATGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAATAAAAAAGAAAc > 4:169665/1‑139 (MQ=255) tCAGCCCTTCCCTTTCTGCAATTGATTTAAAAAGCGCCTCAGCCATTGGGCTGCGGCACGTATTTCCAGTACAGACAAAAATAATATCAATGTCAGTCACCC‑CGTATTTTTATCTATTATATTTGAAGAAAAAAGAAAc > 7:150669/1‑139 (MQ=255) aGCCCTTCCCTTTCTGCAATTGATTTAAAAAGCGCCTCAGCCATTGGGCTGCGGCTCGTATTTCCAGTACAGACAAAAATAATATCCATGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTGTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACgg > 8:74434/1‑139 (MQ=255) aGCCCTTCCCTTTCTGCAATTGATTTAAAAAGCGCCTCAGCCATTGGGCTGCGGCACGTATTTCCAGTACAGACAAAAATAATATCCATGTCAGTCCCCC‑CTTATTTTTCTATATTATATATGAAGAAAAAAGAAAAgg > 6:22053/1‑139 (MQ=255) aGCCCTTCCCTTTCTGCAATTGATTTAAAAAGCGCCTCAGCCATTGGGCTGCGGCACGTATTTCCAGTACAGACAAAAATAATATCCATGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACgg > 1:200374/1‑139 (MQ=255) tcccttTCTGCAATTGATTTAAAAAGCGCCTCAGCCATTGGGCTGCGGCACGTATTTCCAGTACAGACAAAAATAATATCCATGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGACtt > 8:287504/1‑139 (MQ=255) tcccttTCTGCAATTGATTTAAAAAGCGCCTCAGCCATTGGGCTGCGGCACGTATTTCCAGTACAGACAAAAATAATATCCATGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGACtt > 3:69506/1‑139 (MQ=255) aTTCATTAAAAAACCGCCCCACCAATTGGGCTGCGGCACTTATTTCCATTACACAAAAAAAAAATACCCATGTCAGTCACCC‑ATTATTTTTCTAAATTAAATATCAACAAAAAACAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTAt < 4:147965/139‑1 (MQ=255) ttGATTTAAAAAGCGCCTCAGCCATTGGGCTGCGGCACGTATTTCCAGTACAGACAAAAATAATATCCATGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTAtt > 7:14368/1‑139 (MQ=255) ttGATTTAAAAAGCGCCTCAGCCATTGGGCTGCGGCACGTAATTCCAGTACAGACAAAAATAATATCCATGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGACATCGTTTCTTTTAtt > 7:31873/1‑139 (MQ=255) accgcCTCAGCCTTGGGGCTGGGGAATGTATTTCCAGAACACAAAAAAAAAATAACAATGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTATATTATATATCAAAAAAAAACAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTaaa < 8:14368/137‑1 (MQ=255) cgcCTCAGCCATTGGGCTGCGGCACGTATTTCCAGTACAGACAAAAATAATATCCATGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAAtt > 8:218246/1‑139 (MQ=255) ccttggggCTGCGGCACGAATTACCAGAACCCAAAAAAATAAAAACCTTGCCAGTCCCCC‑ATTATTTTTCTATATTATATATCAACAAAAAACAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAag < 2:45601/134‑1 (MQ=255) ttGGGCTGCGGCACGTATTTCCAGTACAGACAAAAATAATATCCATGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAagcag > 8:170760/1‑139 (MQ=255) ttGGGCTGCGGCACGTATTTCCAGTACAGACAAAAATAATATCCATGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAagcag > 3:298102/1‑139 (MQ=255) gggCTGCGGCACGTATTTCCAGTACAGACAAAAATAATATCCATGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGCCTTCGTTTGTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAagcagga > 7:263710/1‑137 (MQ=255) gCTGCGGCACTTATTACCATAACATACAAAAAAAATAACAATGGCAGTCACCA‑CTTATTTTTCTATATAATTTCTGAACAAAAACGAACCGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTTGCAAAAGCAGCttt < 8:224477/139‑1 (MQ=255) cTGCGGCACGTATTTCCAGTACAGACAAAAATAATATCCATGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCttt > 5:251797/1‑138 (MQ=255) cGGCACGTATTTCCAGTACAGACAAAAATAATATCCATGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATc > 7:27251/1‑139 (MQ=255) cGGCACGTATTTCCAGTACAGACAAAAATAATATCCATGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATc > 8:144225/1‑139 (MQ=255) cGGCACGTATTTCCAGTACAGACAAAAATAATATCCATCTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGAGTTCCTTTCTATTATTGGTAAATTAAATTTGCAAAAGCAGCTTTAAt > 1:286037/1‑138 (MQ=255) acttataTCCAGTACACAAAAAAATAAAATACTTG‑CACTCCCCCAATTTTTTTTATAAATAATATATCAAAAAAAAACAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCaaa < 1:121696/136‑1 (MQ=255) aCGTATTACAAGAACCCAAAAAAATAATACCCATGTCAGTCCCCC‑CTTTTTTTTCTATATAATATATTAACAAAAAACACACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCaaa < 7:78176/139‑1 (MQ=255) ttATTCCCAGTAAAGAAAAAAATAAATACCATTCCAGTCACCA‑TTTATTTTTCTTTATTATTTTTTAATAAAAAATCAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAac < 8:27251/137‑1 (MQ=255) tCCAGTACACAAAAAAAAAATAACCATGCCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTATATTATATATCAAAAAAAAACACACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGAt < 5:62236/138‑1 (MQ=255) cAGACAAAAATAATATCCATGTCAGTCACCC‑CGTATTTTTCTCTTTTATATATGAAGAAAAAAGAACCGGCGCCTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGTCAAAAGCAGCTTTAATCAATACACGATTAATatga > 3:62595/1‑139 (MQ=255) gACAAAAATAATATCCATGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATatgatg > 7:8207/1‑139 (MQ=255) aCAAAAATAATATCCATGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGc > 7:160440/1‑139 (MQ=255) ataaaaTCCATGTCCGCCCCCC‑CTTATTTTCCAATATAATAAATGAACAAAAAACAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGa < 8:291406/139‑1 (MQ=255) taaaaTCCATGGCCGTCCCCC‑TTTTTTTTTCTCTATTATATATTACTAAAAAACAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAg < 8:185776/139‑1 (MQ=255) tatCCATGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAgcgc > 5:3362/1‑139 (MQ=255) tatCCATGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAgcgc > 7:304979/1‑139 (MQ=255) aatCCATGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTATATTATATATTAACAAAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAgcgc < 8:222758/138‑1 (MQ=255) cttGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTATATTATATATCAACAAAAAATAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCg < 4:298102/137‑1 (MQ=255) cATGTCAGTCACCC‑TTTATTTTTATATATTATATATCAAGAAAAACGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCg < 5:109184/139‑1 (MQ=255) cATGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCg > 7:289339/1‑139 (MQ=255) cATGTCAGTCACCC‑CTTATTTTACTATATTAAAAATGAATAAAAAATAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCg < 8:289339/139‑1 (MQ=255) aTGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCGc > 2:242239/1‑139 (MQ=255) tGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCGCt > 5:277483/1‑139 (MQ=255) gtcagtcaCCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCGCTg > 8:147578/1‑139 (MQ=255) gtcagtcaCCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCGCTg > 3:281124/1‑139 (MQ=255) tcaCCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATTTTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCGCTGTAtgt > 2:86030/1‑139 (MQ=255) tcaCCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCGCTGTAtgt > 3:149371/1‑139 (MQ=255) tcaCCC‑CATATTTTTCTCTATAATATATGAAGAAAAAACAAACGCCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGTCAAAAGCAGCATATATCCAAACACGATTAATATGATGCCCACGAGCGCTTCGCTGTAtgt > 8:81956/1‑139 (MQ=255) cccatttATTTTACTCTATTAAAAAGAAATAAAAACAAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCGCTGTATGTGc < 4:43753/134‑1 (MQ=255) ccc‑aTTATTTTTCTCTTTTTTATATTAAAAAAAAACAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCGCTGTATGTGcc < 5:270549/139‑1 (MQ=255) cc‑cTTATTTTTCTCTATTATATTTGAAGAAAAAACAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGATCATTTAATCAAACAACTATTAATATGATGCCCCCTAGCGGTTCCGTGTATGTGc > 7:248868/1‑137 (MQ=255) cc‑cTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCACCCGAGCGCTTCGCTGTATGTGcc > 4:167610/1‑138 (MQ=255) cctttATTTTTTTCTATTATATATCAATAAAAAATAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCGCTGTATGTGCCa < 8:8207/136‑1 (MQ=255) tATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAAATGGCAAAAGCAGCTTTAAAACAAAAACGATTAATATGATGCCACCGAGCGCTTCGCTGTATGTGCCAAGc > 3:59427/1‑138 (MQ=255) tATTTTTATATATTAAATTACAAAAAAAAACAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCGCTGTATGTGCCAAGc < 8:263710/138‑1 (MQ=255) tatGAAGAAAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCGCTGTATGTGCCAAGCCATGACTGCACTTGtttt > 7:12424/1‑139 (MQ=255) gaagaaAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCGCTGTATGTGCCAAGCCATGACTGCACTTGTTTTcc > 7:54195/1‑138 (MQ=255) gaagaaAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCGCTGTATGTGCCAAGCCATGACTGCACTTGTTTTcc > 2:143280/1‑138 (MQ=255) gaagaaAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCGCTGTATGTGCCAAGCCATGACTGCACTTGTTTTCCg > 1:101493/1‑139 (MQ=255) gaagaaAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCGCTGTATGTGCCAAGCCATGACTGCACTTGTTTTCCg > 5:59194/1‑139 (MQ=255) gaagaaAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCGCTGTATGTGCCAAGCCATGACTGCACTTGTTTTCCg > 5:130540/1‑139 (MQ=255) gaagaaAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCGCTGTATGTGCCAAGCCATGACTGCACTTGTTTTCCg > 7:263542/1‑139 (MQ=255) actaaaaacGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCGCTGTATGTGCCAAGCCATGACTGCACTTGTTTTCCg < 2:200374/135‑1 (MQ=255) agaaAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCg < 1:97686/101‑1 (MQ=255) agaaAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCg > 2:97686/1‑101 (MQ=255) agaaAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCGCTGTATGTGCCAAGCCAt > 4:139378/1‑119 (MQ=255) agaaAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCGCTGTATGTGCCAAGCCAt < 3:139378/119‑1 (MQ=255) aaaaaaGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGCTGCCCCCGAGCGCTTCGCTGTATGTGCCAAGCCATGACTGCACTTGTTTTCCGAc > 6:311852/1‑137 (MQ=255) | TCAGCCCTTCCCTTTCTGCAATTGATTTAAAAAGCGCCTCAGCCATTGGGCTGCGGCACGTATTTCCAGTACAGACAAAAATAATATCCATGTCAGTCACCC‑CTTATTTTTCTCTATTATATATGAAGAAAAAAGAAACGGCGACTTCGTTTCTTTTATTGGTATATTAAATTGGCAAAAGCAGCTTTAATCCAAACACGATTAATATGATGCCCCCGAGCGCTTCGCTGTATGTGCCAAGCCATGACTGCACTTGTTTTCCGAC > CP006881/3610022‑3610286 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |