Predicted mutation | ||||||
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RA | BS168_reference_genome | 2,271,424 | T→C | R78R (AGA→AGG) | uvrX ← | lesion bypass phage DNA polymerase; phage SPbeta |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | BS168_reference_genome | 2,271,424 | 0 | T | C | 99.6% | 833.1 / NA | 252 | R78R (AGA→AGG) | uvrX | lesion bypass phage DNA polymerase; phage SPbeta |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (139/112); total (139/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
TTCAGGATCTTCTTTTCCTGCATCTAAAAAAGATTCATCAATTGAATACGTATGGACACATTTCTCAGGAACAAATCTGTAAAACAGCTTTGTAATTTCAGTTGAAACTCTGATGAAAAGCTTCATTTGTGGATTTACAATGTGTATTCTTGGATCTTCAGGTATCTCAAATAGTCTCGATCCTGTTTTGATTCCAAAATCTTTTTTAAGTGCAGGAGATGCAGCTAACACTACACTTCCCTGTCTATCCGTATTCCCTACAACAGCAAGATAGCATGTTAAAGGGTTAAGCCC > BS168_reference_genome/2271277‑2271570 | ttcAGGATCTTCTTTTCCTGCATCTAAAAAAGATTCATCAATTGAATACGTATGGACACATTTCTCAGGAACAAATCTGTAAAACAGCTTTGTAATTTCAGTTGAAACTCTGATGAAAAGCTTCATTTGTGGATTTACAATGTGTATCCt > 2:2239543/1‑150 (MQ=255) ttcAGGATCTTCTTTTCCTGCATCTAAAAAAGATTCATCAATTGAATACGTATGGACACATTTCTCAGGAACAAATCTGTAAAACAGCTTTGTAATTTCAGTTGAAACTCTGATGAAAAGCTTCATTTGTGGATTTACAATGTGTATCCt < 1:27990/150‑1 (MQ=255) tcAGGATCTTCTTTTCCTGCATCTAAAAAAGATTCATCAATTGAATACGTATGGACACATTTCTCAGGAACAAATCTGTAAAACAGCTTTGTAATTTCAGTTGAAACTCTGATGAAAAGCTTCATTTGTGGATTTACAATGTGTATCCtt < 1:68247/150‑1 (MQ=255) 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tttCCTGCATCTAAAAAAGATTCATCAAGTGAATAAGTATGGACTTATTTCTCAGGAACAAATCTGTAAAACAGCTTTGTAATTTCAGTTGAAACTCTGATGAAAAGCTTCATTTGAGGATTTACAATGTGTATCCTTGGTTCTTCTGGt > 1:1895552/1‑150 (MQ=14) ttCCTGCATCTAAAAAAGATTCATCAATTGAATCCGTATGGACACATTTCTCAGGAACAAATCTGTAAAACAGCTTTGTAATTTCAGTTGAAACTCTGATGAAAAGCTTCATTTGTGGATTTACAATGTGTATCCTTGGATCTTCAGGTa < 1:1694394/150‑1 (MQ=255) tCCTGCATCTAAAAAAGATTCATCAATTGAATACGTATGGACACATTTCTCAGGAACAAATCTGTAAAACAGCTTTGTAATTTCAGTTGAAACTCTGATGAAAAGCTTCATTTGTGGATTTACAATGTGTATCCTTGGATCTTCAGGTAt < 1:2348958/150‑1 (MQ=255) ccTGCATCTAAAAAAGATTCATCAATTGAATACGTATGGACACATTTCTCAGGAACAAATCTGTAAAACAGCTTTGTAATTTCAGTTGAAACTCTGATGAAAAGCTTCATTTGTGGATTTACAATGTGTATCCTTGGATCTTCAGGTAtc < 1:105069/150‑1 (MQ=255) ccTGCATCTAAAAAAGATTCATCAATTGAATACGTATGGACACATTTCTCAGGAACAAATCTGTAAAACAGCTTTGTAATTTCAGTTGAAACTCTGATGAAAAGCTTCATTTGTGGATTTACAATGTGTATCCTTGGATCTTCAGGTAtc < 2:838073/150‑1 (MQ=255) 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tctGATGAAAAGCTTCATTTGTGGATTTACAATGTGTATCCTTGGATCTTCAGGTATCTCAAATAGTCTCGATCCTGTTTTGATTCCAAAATCTTTTTTAAGTGCAGGAGATGCAGCTAATACTACACTTCCCTGTCTCTCCGTATTccc < 2:1616712/150‑1 (MQ=12) tgatgaAAAGCTTCATTTGTGGATTTACAATGTGTATCCTTGGATCTTCAGGTATCTCAAATAGTCTCGATCCTGTTTTGATTCCAAAATCTTTTTTAAGTGCAGGAGATGCAGCTAATACTACACTTCCCTGTCTCTCCGGATTCCCTa > 2:3643346/1‑150 (MQ=255) tgaAAAGCTTCATTTGTGGATTTACAATGTGTATCCTTGGATCTTCAGGTATCTCAAATAGTCTCGATCCTGTTTTGATTCCAAAATCTTTTTTAAGTGCAGGAGATGCAGCTAATACTACACTTCCCTGTCTCTCCGTATTCCCTacaa < 1:3343783/150‑1 (MQ=12) tgaAAAGCTTCATTTGTGGATTTACAATGTGTATCCTTGGATCTTCAGGTATCTCAAATAGTCTCGATCCTGTTTTGATTCCAAAATCTTTTTTAAGTGCAGGAGATGCAGCTAATACTACACTTCCCTGTCTCTCCGTATTCCCTacaa < 1:3886706/150‑1 (MQ=12) aaaaGCTTCATTTGTGGATTTACAATGTGTATCCTTGGATCTTCAGGTATCTCAAATAGTCTCGATCCTGTTTTGATTCCAAAATCTTTTTTAAGTGCAGGAGATGCAGCTAATACTACACTTCCCTGTCCCTCCGTATTCCCTacaaca > 1:3472435/1‑150 (MQ=255) 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aTTTGTGGATTTACAATGTGTATCCTTGGATCTTCAGGTATCTCAAATAGTCTCGATCCTGTTTTGATTCCAAAATCTTTTTTAAGTGCAGGAGATGCAGCTAATACGACACTTCCCTGTCTCTCCGTATTCCCTACAACAGCAAGaatg > 2:1905377/1‑147 (MQ=11) tgtgGATTTACAATGTGTATCCTTGGATCTTCAGGTATCTCAAATAGTCTCGATCCTGTTTTGATTCCAAAATCTTTTTTAAGTGCAGGAGATGCAGCTAATACTACACTTCCCTGTCTCTCCGTATTCCCTACAACAGCAAGATAGCAt < 2:2843555/150‑1 (MQ=255) gtgGATTTACAATGTGTATCCTTGGATCTTCAGGTATCTCAAATAGTCTCGATCCTGTTTTGATTCCAAAATCTTTTTTAAGTGCAGGAGATGCAGCTAATACTACACTTCCCTGTCTCTCCGTATTCCCTACAACAGCAAGATAGCATg < 1:3902131/150‑1 (MQ=255) gtgGATTTACAATGTGTATCCTTGGACCCTCAGGTATCTCAAATAGTCTCGATCCTGTTTTGATTCCAAAATCTTTTTTAAGTGTAGGAGATGCAGCTAATACTACACTTCCCTGTCTCTCCGTATTCCCTACAACAGCAAGATAGCATg < 1:3369700/150‑1 (MQ=11) gATTTACAATGTGTATCCTTGGATCTTCAGGTATCTCAAATAGTCTCGATCCTGTTTTGATTCCAAAATCTTTTTTAAGTGCAGGAGATGCAGCTAATACTACACTTCCCTGTCTCTCCGTATTCCCTACAACAGCAAGATAGCATGTTa > 2:254600/1‑150 (MQ=255) gATTTACAATGTGTACCCTTGGATCTTCAGGTATCTCAAATAGTCTCGATCCTGTTTTGATTCCAAAATCTTTTTTAAGTGCAGGAGATGCAGCTAATACTACACTTCCCTGTCTCTCCGTATTCCCTACAACAGCAAGATAGCATGTTa < 2:2741679/150‑1 (MQ=255) tttACAATGTGTATCCTTGGATCTTCAGGTATCTCAAATAGTCTCGGTCCTGTTTTGATTCCAAAAGCTTTTTTAAGTGCAGGAGATGCAGCTAATACTACACTTCCCTGTCTCTCCGTATTCCCTACAACAGCAAGATAGCATGTTaaa > 1:631969/1‑150 (MQ=11) tACAATGTGTATCCTTGGATCTTCAGGTATCTCAAATAGTCTCGATCCTGTTTTGATTCCAAAATCTTTTTTAAGTGCAGGAGATGCAGCTAATACTACACTTCCCTGTCTCTCCGTATTCCCTACAACAGCAAGATAGCATGTTAAAgg < 2:4041495/150‑1 (MQ=255) tgtgTACCCTTGGATCTTCAGGTATCTCAAATAGTCTCGATCCTGTTTTGATTCCAAAATCTTTTTTAAGTGCAGGAGATGCAGCTAATACTACACTTCCCTGTCTCTCCGTATTCCCTACAACAGCAAGATAGCATGTTAAAGGGTTaa < 1:2318766/150‑1 (MQ=255) gtgtATCCTTGGATCTTCAGGTATCTCAAATAGTCTCGATCCTGTTTTGATTCCAAAATCTTTTTTAAGTGCAGGAGATGCAGCTAATACTACACTTCCCTGTCTCTCCGTATTCCCTACAACAGCAAGATAGCATGTTAAAGGGTTAAg < 2:894290/150‑1 (MQ=255) tgtATCCTTGGATCTTCAGGTATCTCAAATAGTCTCGATCCTGTTTTGATTCCAAAATCTTTTTTAAGTGCACCAGATGCAGCTAATACTACACTTCCCTGTCTCTCCGTATTCCCTACAACAGCAAGATAGCATGTTAAAGGGGTAAGc > 1:3980185/1‑150 (MQ=11) tATCCTTGGATCTTCAGGTATCTCAAATAGTCTCGATCCTGTTTTGATTCCAAAATCTTTTTTAAGTGCAGGAGATGCAGCTAATACTACACTTCCCTGTCTCTCCTTATTCCCTACAACAGCAAGATAGCATGTTAAAGGGTTAAGccc < 1:1545851/150‑1 (MQ=255) | TTCAGGATCTTCTTTTCCTGCATCTAAAAAAGATTCATCAATTGAATACGTATGGACACATTTCTCAGGAACAAATCTGTAAAACAGCTTTGTAATTTCAGTTGAAACTCTGATGAAAAGCTTCATTTGTGGATTTACAATGTGTATTCTTGGATCTTCAGGTATCTCAAATAGTCTCGATCCTGTTTTGATTCCAAAATCTTTTTTAAGTGCAGGAGATGCAGCTAACACTACACTTCCCTGTCTATCCGTATTCCCTACAACAGCAAGATAGCATGTTAAAGGGTTAAGCCC > BS168_reference_genome/2271277‑2271570 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |