| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BS168_reference_genome | 557,870 | (T)5→6 | intergenic (+421/‑3) | yddT → / → ydzN | putative exported phage protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 557,865 | 1 | . | T | 93.5% | 208.8 / 6.6 | 62 | intergenic (+416/‑8) | yddT/ydzN | putative exported phage protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/1); new base T (30/28); total (33/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑TT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTAATTGTGTT > BS168_reference_genome/557729‑557997 | tgAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTATTTAATTAAAAAGGA‑G‑tt > 8:42474/1‑139 (MQ=255)tgAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑tt > 2:17319/1‑139 (MQ=255)tgAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑tt > 6:50759/1‑139 (MQ=255)tgAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑tt > 4:223963/1‑139 (MQ=255) tAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑tt‑ttttaa < 1:324788/139‑4 (MQ=255) tGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATATTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGtt < 2:323183/138‑1 (MQ=255) tAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTg > 8:114125/1‑137 (MQ=255) aTCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑TT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTaaa < 6:94682/139‑1 (MQ=255) tCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTaaa < 2:47586/139‑1 (MQ=255) aGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCa < 4:299746/139‑1 (MQ=255) ggTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGtt < 4:234678/139‑1 (MQ=255) tttAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGtttt > 1:204003/1‑139 (MQ=255) tttAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGtttt < 7:114125/139‑1 (MQ=255) tAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGtttttt > 4:198555/1‑139 (MQ=255) gATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGta < 6:145698/139‑1 (MQ=255) aGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTAtag > 4:48580/1‑138 (MQ=255) aGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTAtag > 2:1087/1‑138 (MQ=255) aGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTAtag < 5:201282/138‑1 (MQ=255) gATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTAtag > 8:102636/1‑137 (MQ=255) tGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCAtt > 5:282067/1‑139 (MQ=255) aaaTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGa < 4:27177/139‑1 (MQ=255) aaTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGAt < 5:200504/139‑1 (MQ=255) aaTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGAt < 2:92585/139‑1 (MQ=255) aaTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGAt < 2:87635/139‑1 (MQ=255) aaTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGAt < 2:341399/139‑1 (MQ=255) aaTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGAt < 6:282067/139‑1 (MQ=255) tatatTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAatata < 8:316452/139‑1 (MQ=255) ttttCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATgg < 6:292621/138‑1 (MQ=255) tttCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGtt > 5:192293/1‑139 (MQ=255) tGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAata > 1:341367/1‑118 (MQ=255) tGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAata < 2:341367/118‑1 (MQ=255) cTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAAcc > 1:148142/1‑138 (MQ=255) tataATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCaa < 7:271070/139‑1 (MQ=255) tataATAAATGTATACAGATTGAATGGAGATGTAATTAATTAAAAATTATT‑TT‑TTT‑AATTGAGTTTCAGTAAATGGTTCAATTTTTTTTGTATAGTATAATTGGTATCAATATATGTTTATAAATTATTTACTAAcaa > 2:315636/1‑136 (MQ=255) taataaATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCaa < 7:102636/137‑1 (MQ=255) gTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTCTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGta > 8:192690/1‑139 (MQ=255) taCAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATG‑TTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGtacta < 2:204003/138‑1 (MQ=255) aTTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAatata < 4:82100/96‑1 (MQ=255) aTTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAatata > 3:82100/1‑96 (MQ=255) aTTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGt > 8:173219/1‑139 (MQ=255) aTTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGt > 7:71046/1‑139 (MQ=255) aTTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGAAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTACCCAAGAAGTCAGTACTAGTCGt > 6:184415/1‑139 (MQ=255) tGTATGGAGATGTAATTAATTTAAAAGGA‑G‑TT‑TTTGAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTAAAAATTATTTACTAAACAAGAAGTCAGTACTAGTCGtt > 3:330274/1‑138 (MQ=255) tGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAGCCAAGAAGTCAGAACTACTCGtt > 3:228767/1‑138 (MQ=255) tGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGt > 8:248468/1‑124 (MQ=255) tGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGt < 7:248468/124‑1 (MQ=255) tGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGtt > 1:147278/1‑138 (MQ=255) gTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGttt > 6:170901/1‑138 (MQ=255) agaTGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTtaataa > 2:240846/1‑137 (MQ=255) agaTGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑TTATTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAACTTATTTACTCACCAAGATGTCAGTACGACTCGTTtagtaa > 4:345988/1‑137 (MQ=255) gaTGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGt < 4:265101/116‑1 (MQ=255) gaTGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGt > 3:265101/1‑116 (MQ=255) gaTGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTtaataa > 6:104816/1‑136 (MQ=255) aTGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGc < 1:1087/139‑1 (MQ=255) tGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAatata > 4:128776/1‑84 (MQ=255) tGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAatata < 3:128776/84‑1 (MQ=255) tGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGc < 5:104816/138‑1 (MQ=255) taattaatTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGAt > 7:183087/1‑75 (MQ=255) taattaatTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGAt < 8:183087/75‑1 (MQ=255) taattaatTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTc > 5:68868/1‑139 (MQ=255) taattaatTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTc > 6:3757/1‑139 (MQ=255) taattaatTAAAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGAGCATTATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTc > 1:276023/1‑139 (MQ=255) aattaaAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTaa > 5:138073/1‑139 (MQ=255) attaaAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCaa > 6:252891/1‑101 (MQ=255) attaaAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCaa < 5:252891/101‑1 (MQ=255) ttaaAAAGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTAAtt > 1:153127/1‑139 (MQ=255) aaGGA‑GTTT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTCTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTAAttgtgtt < 7:192690/139‑1 (MQ=255) | TGAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑TT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTAATTGTGTT > BS168_reference_genome/557729‑557997 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |