Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP006881 | 3,596,615 | G→A | A167V (GCT→GTT) | U712_18505 ← | UDP‑N‑acetylglucosamine 1‑carboxyvinyltransferase 1 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 3,596,615 | 0 | G | A | 98.1% | 167.9 / ‑3.8 | 54 | A167V (GCT→GTT) | U712_18505 | UDP‑N‑acetylglucosamine 1‑carboxyvinyltransferase 1 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (30/22); total (30/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.90e-01 |
TGCCAGCTCCGCGGATTTTTCCGCCCATGCCGTTGATATAGTTTGCTAAATCAACGATTTCGGGTTCTTTTGCCACGTTTTCCAGCGTTGTTGTTCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAGCTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTCAATGAAGCCATTACCGACTTTGATTTCTGCGCCCATTGCTTCAAAACCTTTTAAATGCTGATCAAT > CP006881/3596481‑3596745 | tgccAGCTCCGCGGATTTTTCCGCCCATGCCGTTGATATAGTTTGCTAAATCAACGATTTCGGGTTCTTTTGCCACGTTTTCCAGCGTTGTTGTTCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTcc < 1:339133/139‑1 (MQ=255) ccAGCTCCGCGGATTTTTCCGCCCATGCCGTTGATATAGTTTGCTAAATCAACGATTTCGGGTTCTTTTGCCACGTTTTCCAGCGTTGTTGTTCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTa < 2:19235/139‑1 (MQ=255) ccAGCTCCGCGGAGTTTTCCGCCCATGCCGTTGATATAGTTTGCTAAATCAACGATTTCGGGTTCTTTTGCCACGTTTTCCAGCGTTGTTGTTCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTa < 5:85381/139‑1 (MQ=255) aGCTCCGCGGATTTTTACGCCCATGCCGTTGATATAGTTTTATAAATAAACGATTTCTGGTTGATTTGCCACGTTTTACATCGTTGTTGTTACTTCAGCGAGCGCCGCTGGCATAAAAAGGTTCTAGGTAACTCCTacc > 6:56727/1‑138 (MQ=255) cgcgGATTTTTCCGCCCATGCCGTTGTTATAGTTTGCTAAATCAACGCTTTCGGGTTCTTTTGGCCCGTTTTGCAGCGGTGTTGTTGCTTCAGCTAGAGCGGCTGGCATTATCAGGTTCGCTGTAACTCCTCCACTTgg > 6:31988/1‑139 (MQ=255) cgcgGATTTTTCCGCCCATGCCGTTGATATAGTTTGCTAAATCAACGATTTCGGGTTCTTTTGCCACGTTTTCCAGCGTTGTTGTTCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTA‑CTCCTACACTTggg < 6:461141/139‑1 (MQ=255) ttttCCGCCCATGCCGTTGATATAGTTTGCTAAATCAACGATTTCGGGTTCTTTTGCCACGTTTTGCAGCGTTGTTGTTCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCCTAATCAGGATCTCTGTAACTCCTACCCTTGGGAAGTc > 6:201815/1‑138 (MQ=255) tttCCGCCCATGCCGTTGATATAGTTTGCTAAATCAACGATTTCGGGTTCTTTTGCCACGTTTTCCAGCGTTGTTGTTCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTcc < 4:199557/138‑1 (MQ=255) gCCGTTGATATAGTTTGCTAAATCAACGATTTCGGGTTCTTTTGCCACGTTTTCCAGCGTTGTTGTTCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAAttttt > 4:198908/1‑139 (MQ=255) gCCGTTGATATAGTTTGCTAAATCAACGATTTCGGGTTCTTTTGCAACGTTTTCCAGCGTTGTTGTTCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAAttttt > 1:265787/1‑139 (MQ=255) gATATAGTTTGCTAAATCAACGATTTCGGGTTCTTTTGCCACGTTTTCCAGCGTTGTTGTTCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGcc < 3:97586/138‑1 (MQ=255) atatAGTTTGCTAAATCAACGATTTCGGGTTCTTTTGCCACGTTTTCCAGCGTTGTTGTTCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCt < 5:439720/138‑1 (MQ=255) gTTTGCTAACTCAACGATTTCGGGTTCTTTTGCCACGGTTTCCAGCGGTGTTGTTCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAAATTTTGCGCCTTGCAGt < 5:118448/139‑1 (MQ=255) gTTTGCTAAATCAACGATTTCGGGTTCTTTTGCCACGTTTTCCAGCGTTGTTGTTCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGt > 4:287657/1‑139 (MQ=255) gTTTGCTAAATCAACGATTTCGGGTTCTTTTGCCACGTTTTCCAGCGTTGTTGTTCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGt < 3:55078/139‑1 (MQ=255) gTTTGCTAAATCAACGATTTCGGGTTCTTTTGCCACGTTCTCCAGCGTTGTTGTTCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGt < 4:271874/139‑1 (MQ=255) tttGCTAAATCAACGATTTCGGGTTCTTTTGCCACGTTTTCCAGCGTTGTTGTTCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTc > 1:196732/1‑139 (MQ=255) ttGCTAAATCAACGATTTCGGGTTCTTTTGCCACGTTTTCCAGCGTTGTTGTTCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCg > 1:30330/1‑139 (MQ=255) tGCTAAATCAACGATTTCGGGTTCTTTTGCCACGTTTTCCAGCGTTGTTGTTCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGAGAAATTTTTGCGACTATCAGTCgg > 2:179319/1‑139 (MQ=255) gCTAAATCAACGATTTCGGGTTCTTTTGCCACGTTTTCCAGCGTTGTTGTTCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAGCTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCgg < 5:344500/138‑1 (MQ=255) cTAAATCAACGATTTCGGGTTCTTTTGCCACGTTTTCCAGCGTTGTTGTTCATTCAGCTAGAGCGGCTGCCATACTCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTAGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTTCAGTCGGcc > 7:180215/1‑139 (MQ=255) ttCGGGGTCTTTTGCCACGTTTTCCAGCGTTGTTGTTCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGc < 4:266367/138‑1 (MQ=255) tCGGGTTCTTTTGCCACGTTTTCCAGCGTTGTTGTTCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCt < 3:287657/138‑1 (MQ=255) ttCTTTTGCCACGTTTTCCAGCGTTGTTGTTCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTCAATg < 2:243053/139‑1 (MQ=255) tCTTTTGCCACGTTTTCCAGCGTTGTTGTTCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTCAATGa < 7:379112/139‑1 (MQ=255) ttCCAGCGTTGTTGTTCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTCAATGAAGCCATTACCGAc < 1:145573/138‑1 (MQ=255) gttgttCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTCAATGAAGCCATTACCGACTTTGATTTCt < 3:198908/138‑1 (MQ=255) gttgttCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTCAATGAAGCCATTACCGACTTTGATTTCTg > 8:410760/1‑139 (MQ=255) ccTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCATCTTCAATGAAGCCATTACCGCCTTTGATTTCATCGCCCa > 7:113751/1‑139 (MQ=255) ccTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTCAATGAAGCCATTACCGACTTTGATTTCTGCGCCCa > 6:443648/1‑139 (MQ=255) tCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTcc > 5:65144/1‑41 (MQ=255) tCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTcc < 6:65144/41‑1 (MQ=255) tCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTCAATGAAGCCATTACCGACTTTGATTTCTGCGCCCATTg > 3:103047/1‑139 (MQ=255) tCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTAAGCTTCAATGAAGCCATTTCCGACTTTGATTTCTGCGCACATTg > 8:172948/1‑139 (MQ=255) gagCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTCAATGAAGCCATTACCGACTTTGATTTCTGCGCCCATTGCTTCaa < 5:443648/138‑1 (MQ=255) gagCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCGTTTACTTCAGCTTCAATGAAGCCATTACCGACTTTGATTTCTGCGCCCCTTGCTTCaa > 5:64007/1‑138 (MQ=255) agCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTCAATGAAGCCATTACCGACTTTGATTTCTGCGCCCATTGCTTCaaaa > 3:62026/1‑139 (MQ=255) gCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTCAATGAAGCCATTACCGACTTTGATTTCTGCGCCCATTGCTTCAAAAc < 4:346749/139‑1 (MQ=255) cGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTCAATGAAGCCATTACCGACTTTGATTTCTGCGCCCATTGCTTCAAAAcc > 7:164813/1‑139 (MQ=255) gCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAACTACAACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCATTTAATTAAGCTTCAAAGAATCCAATTACGACATTGATTTATTCGCCCAATGCTAGAAAAACta > 6:289789/1‑138 (MQ=255) cTGCCATAATCAGGTTCTCTTTAACTACTACAATTTGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCATATTCAATGAAGCCAAAAACGCCTATTATTTATTCGCCCAATGTGTAAAAACCttt > 8:405900/1‑139 (MQ=255) gTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTCAATGAAGCCATTACCGACTTTGATTTCTGCGCCCATTGCTTCAAAACCTTTTAAATGCTGATc > 2:278542/1‑138 (MQ=255) gTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTCAATGAAGCCATTACCGACTTTGATTTCTGCGCCCATTGCTTCAAAACCTTTTAAATGCTGATc > 7:269842/1‑138 (MQ=255) gTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTCAATGAAGCCATTACCGACTTTGATTTCTGCGCCCATTGCTTCAAAACCTTTTAAATGCTGATc > 1:394528/1‑138 (MQ=255) gTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTCAATGAAGCCATTACCGACTTTGATTTCTGCGCCCATTGCTTCAAAACCTTTTAAATGCTGATc > 6:83767/1‑138 (MQ=255) gTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTCAATGAAGCCATTACCGACTTTGATTTCTGCGCCCATTGCTTCAAAACCTTTTAAATGCTGATc > 3:171859/1‑138 (MQ=255) gTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTCAATGAAGCCATTACCGACTTTGATTTCTGCGCCCATTGCTTCAAAACCTTTTAAATGCTGATc > 3:33627/1‑138 (MQ=255) gTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTCAATGAAGCCAGTACCGACGTTGATTTCTGCGCCCATTGCTTCACAACCTTTTAAATGCTGATc > 4:219054/1‑138 (MQ=255) gTTCTCTGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTAAATGAAGCCATTACCGACTTTGATTTCTGCGCCCATTGCTTCAAAACCTTTTAAATGCTGATc > 1:169129/1‑138 (MQ=255) ctctGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTCAATGAAGCCATTACCGACTTTGATTTCTGCGCCCATTGCTTCAAAACCTTTTAAATGCTGATCAAt < 2:265787/138‑1 (MQ=255) ctctGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTCAATGAAGCCATTACCGACTTTGATTTCTGCGCCCATTGCTTCAAAACCTTTTAAATGCTGATCAAt < 1:198236/138‑1 (MQ=255) ctctGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTCAATGAAGCCATTACCGACTTTGATTTCTGCGCCCATTGCTTCAAAACCTTTTAAATGCTGATCAAt < 8:164813/138‑1 (MQ=255) tctGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTCAATGAAGCCATTAc < 3:126902/85‑1 (MQ=255) tctGTAACTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTCAATGAAGCCATTAc > 4:126902/1‑85 (MQ=255) | TGCCAGCTCCGCGGATTTTTCCGCCCATGCCGTTGATATAGTTTGCTAAATCAACGATTTCGGGTTCTTTTGCCACGTTTTCCAGCGTTGTTGTTCCTTCAGCTAGAGCGGCTGCCATAATCAGGTTCTCTGTAGCTCCTACACTTGGGAAGTCCAGATAAATTTTTGCGCCTTGCAGTCGGCCTTTTACTTCAGCTTCAATGAAGCCATTACCGACTTTGATTTCTGCGCCCATTGCTTCAAAACCTTTTAAATGCTGATCAAT > CP006881/3596481‑3596745 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |