| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 3,723,067 | 1 bp→AT | intergenic (‑181/‑120) | U712_19190 ← / → U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 3,723,066 | 1 | . | A | 94.4% | 357.1 / 12.4 | 108 | intergenic (‑180/‑121) | U712_19190/U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/2); new base A (38/64); total (42/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP006881 | 3,723,067 | 0 | G | T | 96.3% | 366.5 / 2.4 | 108 | intergenic (‑181/‑120) | U712_19190/U712_19195 | PTS system sucrose‑specific EIIBC component/putative transporter ywcJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (39/65); minor base A (3/1); total (42/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑T‑GTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAACCATCAAAGAAAGCAGGAAAAAACAATGGAAAC > CP006881/3722935‑3723194 || cGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑T‑Att‑t‑ttt > 3:56953/1‑139 (MQ=255) ggACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTaaa < 1:272774/139‑1 (MQ=255) ggACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTaaa < 4:173960/139‑1 (MQ=255) cacaGCTATCCTTATTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACCATCCCGCATATTCAGATTAACAATACGCTTTCATCATAAATAATGATAGCGTTTTCGTCTAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTATATAg > 4:389183/1‑139 (MQ=255) cacaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAg > 7:278891/1‑139 (MQ=255) cacaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAg > 2:333121/1‑139 (MQ=255) cacaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATCATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAg > 6:7275/1‑139 (MQ=255) cacaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGATTTCTTCTTAAATCATGATAGCGTTTTCGTAAAC‑‑TATTT‑T‑TTTATTTAAATAg > 8:320698/1‑139 (MQ=255) acaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGt < 1:226258/139‑1 (MQ=255) acaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGt < 7:87968/139‑1 (MQ=255) acaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGt > 7:185643/1‑139 (MQ=255) acaGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGt > 5:26115/1‑139 (MQ=255) caGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGtt < 3:191937/139‑1 (MQ=255) caGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGtt < 2:39457/139‑1 (MQ=255) aGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTa > 4:31213/1‑131 (MQ=255) aGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTa < 3:31213/131‑1 (MQ=255) aGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGttt > 8:262309/1‑139 (MQ=255) aGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTAGCATGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGttt > 8:254983/1‑139 (MQ=255) tCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATat < 2:279471/139‑2 (MQ=255) tCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATat < 3:217091/139‑2 (MQ=255) tCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATa > 5:151080/1‑138 (MQ=255) tCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATa > 7:238406/1‑138 (MQ=255) accTTTTACATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCATGCTTTACCAGTCACAATCCCGCATATTCAGATTAAGAATACGCTAACATAATAAATAATTATAGCGTATTCGTCAAC‑‑T‑ATTAA‑TTTAGATAAATATATTGATa > 4:254077/2‑138 (MQ=255) tttCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAAcat > 3:114113/1‑137 (MQ=255) ttCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAAcat < 4:450647/138‑3 (MQ=255) tttACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGa > 8:298773/1‑139 (MQ=255) tAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTa < 1:94151/138‑1 (MQ=255) ttGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTaaaaatt > 3:389541/1‑136 (MQ=255) gCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTaaatattaa < 4:56953/138‑7 (MQ=255) cTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATtg < 1:214423/139‑1 (MQ=255) tttACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGa > 5:116764/1‑138 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 8:238406/138‑3 (MQ=255) ccAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 6:151080/138‑3 (MQ=255) gTCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACtt > 6:128863/1‑138 (MQ=255) tCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca < 4:114113/139‑1 (MQ=255) tCACAATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca < 6:335179/139‑1 (MQ=255) cacaATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata > 2:116741/1‑131 (MQ=255) cacaATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGaaata < 1:116741/133‑3 (MQ=255) cacaATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTca > 6:198536/1‑138 (MQ=255) acaATCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTcaca < 6:26115/139‑1 (MQ=255) ataccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAAAAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 8:301596/136‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTGGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 1:411585/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 6:73875/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 5:297080/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 7:14325/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 7:184119/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 7:262309/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 5:198536/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 5:137632/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 3:299924/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:347627/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:322200/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 2:239838/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑T‑ATTAT‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 5:423411/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGATTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 5:389963/139‑1 (MQ=255) aTCCAGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 7:196545/139‑1 (MQ=255) tCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACTAT‑TTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 2:231431/139‑1 (MQ=255) tCCCGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAatat < 8:29806/139‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 4:389541/138‑1 (MQ=255) ccGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATc < 7:254983/138‑1 (MQ=255) cGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 3:228698/135‑1 (MQ=255) cGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 8:110714/135‑1 (MQ=255) cGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 7:110714/1‑135 (MQ=255) cGCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 4:228698/1‑135 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCATC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGAGAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 3:254077/139‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 3:15643/139‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 4:324505/139‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 8:278891/139‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 1:333121/139‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTAAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACTTGTAGTCAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCTTg < 3:389183/139‑1 (MQ=255) gCTTATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATCATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTg < 5:7275/139‑1 (MQ=255) cgtATTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTTGTTAAATAGTTTGATATACCATGTAGCCAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAAGACTTCACATTATCGTGc > 2:183430/3‑139 (MQ=255) aTTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTaa < 6:242644/110‑2 (MQ=255) aTTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTaa > 5:242644/1‑109 (MQ=255) aTTCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCta < 3:347793/138‑1 (MQ=255) ttCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCtata < 8:185643/139‑1 (MQ=255) ttCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCtata < 5:374105/139‑1 (MQ=255) ttCAGATTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCtata < 5:368049/139‑1 (MQ=255) aTTAAGAATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 7:52470/1‑124 (MQ=255) aagaATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCt < 3:435669/137‑1 (MQ=255) gaATACGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCaa < 2:375832/139‑1 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAACA‑A‑TTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGCCAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCACAATCAt > 4:90630/1‑138 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAatat > 2:64815/1‑115 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAatat < 1:64815/115‑1 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 4:393415/114‑1 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata < 1:262635/114‑1 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 3:393415/1‑114 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAata > 2:262635/1‑114 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCAt > 6:311636/1‑138 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCAt > 4:361546/1‑138 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCAt > 5:260316/1‑138 (MQ=255) cGCTTTCATCATAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCAt > 5:289973/1‑138 (MQ=255) tcatcaTAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑T‑ATT‑TATTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGaaag > 3:334062/1‑138 (MQ=255) catcatAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGaaaga > 7:188021/1‑138 (MQ=255) catcatAAATCATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGaaaga > 1:96776/1‑138 (MQ=255) tGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGaaaaga > 4:163334/1‑137 (MQ=255) tGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGaaaag > 2:247400/1‑137 (MQ=255) gTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGa < 5:128863/139‑1 (MQ=255) gTTTTCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGa < 1:286639/139‑1 (MQ=255) ttCGTCAAC‑‑TATTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATATAACATGTAGACAAAAATTCGTAAAAATTAATTGTGAAATACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAATCATGAAAGAAAGCAGGAAAAGACAATGGAAAc > 7:170636/1‑139 (MQ=255) || CGAATAAAGGACACAGCGATCCTTTTTCATTTACGCAAATTTTAGGTCTTGCCTGCTTTACCAGTCACAATCCCGCTTATTCAGATTGAGAATACGCTTTCATCATAAATTATGATAGCGTTTTCGTCAAC‑‑T‑GTT‑T‑TTTAGTTAAATAGTTTGATAAAACTTTTAGACAAAAATTCGTAAAAACTATTTGTGAAAAACTTCACAATATCGTGCTATACTATGCTCAACCATCAAAGAAAGCAGGAAAAAACAATGGAAAC > CP006881/3722935‑3723194 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |