Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BS168_reference_genome | 165,751 | Δ1 bp | 100% | intergenic (+44/‑3) | rrnI‑5S → / → trnI‑Asn | ribosomal RNA‑5S/tRNA‑Asn |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BS168_reference_genome | 165,751 | 0 | C | . | 98.8% | 859.2 / 3.8 | 244 | intergenic (+44/‑3) | rrnI‑5S/trnI‑Asn | ribosomal RNA‑5S/tRNA‑Asn |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base . (104/137); minor base T (1/1); total (105/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
GAGGTCACACCCGTTCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATATCTCATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAG‑CATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCGGTTCGAGC > BS168_reference_genome/165609‑165889 | gagGTCACACCCGTTCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAg < 2:3231488/150‑1 (MQ=255) gTCACACCCGTTCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAg > 1:5756197/1‑150 (MQ=255) tCACACCCGTTCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGc > 2:3724334/1‑150 (MQ=255) ccacaCCCGTTCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGc < 1:4863090/149‑1 (MQ=255) cacaCCCGTTCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCt < 2:2477963/150‑1 (MQ=255) acacCCGTTCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTc > 2:1858485/1‑150 (MQ=255) acCCGTTCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAg > 1:2053134/1‑150 (MQ=255) gTTCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGATTCCGCCAGTGAGAGTAGGTCGACGTCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATA‑GT‑ATTCCGATGTAGCTCAGTGGt > 1:2956839/1‑150 (MQ=18) ttCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTa > 1:5803492/1‑150 (MQ=255) ttCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTa > 1:1492720/1‑150 (MQ=255) cccATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTaga > 1:3666079/1‑150 (MQ=255) aTACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCt < 1:2204382/150‑1 (MQ=255) tACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGGCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATCTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTa < 2:306123/150‑1 (MQ=25) ccGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATc < 2:4682054/150‑1 (MQ=255) ccGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATc < 2:5552268/150‑1 (MQ=255) acacGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCt < 2:5456309/150‑1 (MQ=255) cacGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTg > 2:4050460/1‑150 (MQ=255) acGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGt < 1:3802390/150‑1 (MQ=255) acGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGt < 2:5311888/150‑1 (MQ=255) aaGTTAAGCTCTTCTGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAAc < 1:1001716/150‑1 (MQ=255) aGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATCCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATAGGCTGTTAAcc < 1:131467/150‑1 (MQ=25) ttAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGa > 1:3064699/1‑150 (MQ=255) taacccctTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTTCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGAt < 1:888425/144‑1 (MQ=37) aaGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTGGGGGGTTTCCCCCTGTGAGACTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCTATc < 1:1814175/150‑1 (MQ=37) tctTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTc > 1:5327909/1‑150 (MQ=255) ctTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCg > 2:3461172/1‑150 (MQ=255) tCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTa < 1:2635874/150‑1 (MQ=255) cAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAg < 1:2270776/150‑1 (MQ=255) aGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAgg < 2:4810983/150‑1 (MQ=255) ccGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCg < 1:5169231/150‑1 (MQ=255) gATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGaa > 2:1261/1‑150 (MQ=255) aTGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAAt < 2:5153448/150‑1 (MQ=255) tGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATc < 2:4999003/150‑1 (MQ=255) ggTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATcc > 2:3896257/1‑150 (MQ=255) ggTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATcc < 1:4230625/150‑1 (MQ=255) gTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCt < 2:5851971/150‑1 (MQ=255) tAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTa > 1:1886116/1‑150 (MQ=255) aGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTAc > 1:3504971/1‑150 (MQ=255) aGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTAc < 1:5551106/150‑1 (MQ=255) gggggTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGc < 1:4050460/150‑1 (MQ=255) gggggTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGc > 1:1287996/1‑150 (MQ=255) ggggTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCg > 1:456752/1‑150 (MQ=255) tttCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAG‑c < 1:2599123/150‑1 (MQ=255) ttccccccTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAG‑c < 1:5445789/147‑1 (MQ=255) ttCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAG‑cc < 1:1765805/150‑2 (MQ=255) tCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTATCCGATCGGTCGTAGGTTCGTATCCTACCTGCGGAG‑cca > 1:3286037/1‑148 (MQ=25) tCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAG‑cca < 1:1334114/150‑3 (MQ=255) cccccTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAG‑ccat < 2:1409243/150‑4 (MQ=255) ccccTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAG‑ccatt < 2:167174/150‑5 (MQ=255) ccccTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAG‑ccatt < 2:4139977/150‑5 (MQ=255) tgAGAGTAGGACGCCGCCAACCAGATTTATTTATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTAT‑T‑TTATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTcc > 1:1440184/1‑150 (MQ=21) gagaGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCa < 2:4556304/150‑1 (MQ=21) gagaGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCa > 2:1560055/1‑150 (MQ=21) gTAGGACGTCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGc < 2:429168/150‑1 (MQ=21) gTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGTTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGc > 1:4946790/1‑150 (MQ=21) gTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGc > 1:1169081/1‑150 (MQ=21) tAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCt > 2:4058357/1‑150 (MQ=21) aGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTc > 1:1261025/1‑150 (MQ=21) gACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTcag > 2:53519/1‑150 (MQ=21) aCGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCCCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTcagc < 1:5785720/150‑1 (MQ=21) ccgccAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAgg > 2:5761114/1‑150 (MQ=21) ccgccAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTATGTTTATGAAGCATTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGATATCGACTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCATACCTGCGGAGCCATTGGTTCCATAGCTCAGCAgg > 2:4384425/1‑150 (MQ=21) cgccAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGt < 1:2525133/150‑1 (MQ=21) gccAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTa < 1:3340579/150‑1 (MQ=21) gccAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTa < 1:3146080/150‑1 (MQ=21) gccAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTa > 1:2845502/1‑150 (MQ=21) ccAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGACGTAGGTTCGGATCATACCTGCGGAGCCACTGCTTCCATAGCTCAGCAGGGag > 1:4999219/1‑150 (MQ=21) cAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTaga < 1:2411097/150‑1 (MQ=21) aGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGc < 2:2343163/150‑1 (MQ=21) aGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGAAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGc > 1:4371877/1‑150 (MQ=21) gCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCa < 2:2285059/150‑1 (MQ=21) gCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCa < 1:2356021/150‑1 (MQ=21) gCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCa < 1:1213328/150‑1 (MQ=21) 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tACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGaa > 1:4990710/1‑150 (MQ=21) aCCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAag > 1:2779359/1‑150 (MQ=21) ccATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAaga < 1:4585676/150‑1 (MQ=21) ccATGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAaga > 2:245779/1‑150 (MQ=21) aTGTTTGTTTATGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAgg > 1:2291301/1‑150 (MQ=21) 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aTGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCGGTTc < 2:935608/150‑1 (MQ=21) aTGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTAACGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCGGTTc < 1:68685/150‑1 (MQ=21) tGAAGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCGGTTCg > 2:1333783/1‑150 (MQ=21) aaGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCGGTTCGAg < 2:2743953/150‑1 (MQ=21) aaGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCGGTTCGAg > 2:4035027/1‑150 (MQ=21) aGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCGGTTCGAGc > 2:5602860/1‑150 (MQ=21) aGCTTTATAT‑T‑ATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGACTGTTAACCTATCGGGCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCATTGGTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGGAAGGAAGAGGTCAGCGGCTCCAGc > 1:3128340/1‑150 (MQ=18) | GAGGTCACACCCGTTCCCATACCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAGATTTATTAATTCTACCATGTTTGTTTATGAAGCTTTATATCTCATTCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAG‑CATTGCTTCCATAGCTCAGCAGGTAGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCGGTTCGAGC > BS168_reference_genome/165609‑165889 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |