Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BS168_reference_genome | 557,865:1 | +T | 100% | intergenic (+416/‑8) | yddT → / → ydzN | putative exported phage protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BS168_reference_genome | 557,865 | 1 | . | T | 95.8% | 948.4 / 25.1 | 263 | intergenic (+416/‑8) | yddT/ydzN | putative exported phage protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (9/2); new base T (141/111); total (150/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. |
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
AACGTAACAAGTGTGAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑T‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTAATTGTGTTGTGGAATATTG > BS168_reference_genome/557716‑558008 | aaCGTAACAAGTGTGAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑g < 1:3153417/150‑1 (MQ=255) cGTAACAAGTGTGAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑t‑t < 1:233675/150‑1 (MQ=255) agcAAGTGTGAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGAA‑G‑t‑t‑ttt > 2:3558012/3‑150 (MQ=255) aaCAAGTGTGAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑t‑t‑ttt < 2:4524610/150‑1 (MQ=255) aCAAGTGTGAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑t‑t‑tttt < 1:4811691/150‑2 (MQ=255) aCAAGTGTGAAAGTAAAGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑t‑t‑tttt > 1:3007651/1‑149 (MQ=255) cAAGTGTGAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑t‑t‑tttta < 2:3791914/150‑3 (MQ=255) aaGTGTGAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑t‑t‑ttttaa < 1:4915087/150‑4 (MQ=255) aaGTGTGAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑t‑t‑ttttaa > 2:5592189/1‑147 (MQ=255) aGTGTGAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑t‑t‑ttttaat < 1:5506314/150‑5 (MQ=255) gtgtGAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑t‑t‑ttttaatt < 2:1899297/150‑6 (MQ=255) aaaGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGtt < 1:2694660/150‑1 (MQ=255) aaaGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGtt < 1:3210117/150‑1 (MQ=255) gTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGa < 2:867782/150‑1 (MQ=255) aaTGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGt > 2:1088704/1‑150 (MQ=255) aaTGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGAA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGAAGt > 2:5776726/1‑150 (MQ=255) tGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGt > 2:505763/1‑150 (MQ=255) tGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGt > 2:547938/1‑150 (MQ=255) aGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCa > 2:294425/1‑150 (MQ=255) tCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAATTTTTATATATTTTCAATAAAATACAGGTACTATATTAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAATGATGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAAAGt < 2:3022566/150‑1 (MQ=255) ataGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGATAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTATTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGt < 1:977323/148‑1 (MQ=255) gTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTACTTAAACAGGA‑G‑T‑TGTTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGGACAATGtttt > 2:2545221/1‑150 (MQ=255) gTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTACAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGtttt > 2:4444303/1‑150 (MQ=255) gTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGtttt < 1:2094765/150‑1 (MQ=255) gTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGtttt > 1:1376147/1‑150 (MQ=255) ttAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGttttt < 1:5012031/150‑1 (MQ=255) aGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGt < 1:5266468/150‑1 (MQ=255) gAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGta < 1:2550166/150‑1 (MQ=255) aaaGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGtat > 2:5353581/1‑150 (MQ=255) aaGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGtata < 1:3879967/150‑1 (MQ=255) ggTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTAtagt < 1:5696133/150‑1 (MQ=255) tAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCa > 2:3620375/1‑150 (MQ=255) tAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCa < 1:1226315/150‑1 (MQ=255) tAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCa > 2:1477003/1‑150 (MQ=255) aaGATTAGATATTGAAAACTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCAt < 2:176838/150‑1 (MQ=255) aaGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCAt < 2:3747240/150‑1 (MQ=255) ttAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGAATGGTGATGTAATTAATTAAAAAGGT‑G‑T‑T‑TTTGAATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTggg > 2:3662270/1‑150 (MQ=255) tAGTTATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGa < 1:3478207/150‑1 (MQ=255) tAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGGATTGGGa > 2:3422981/1‑150 (MQ=255) aGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGAt > 1:1154857/1‑150 (MQ=255) atatTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCa > 2:1828545/1‑150 (MQ=255) atTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAat > 2:920922/1‑150 (MQ=255) gAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAatata < 2:3879520/150‑1 (MQ=255) aaaaaTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAatatat < 1:4720754/150‑1 (MQ=255) aaaTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATgg > 2:936065/1‑150 (MQ=255) aaaTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATgg > 1:1288560/1‑150 (MQ=255) aaTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGt > 2:5266520/1‑150 (MQ=255) aTTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGtt < 1:1989619/150‑1 (MQ=255) ttttATATATTTTCAATAAAATACTGTTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGAAGATGTAATTAATTAAAAAGAA‑G‑TAT‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGGATTTGGATCAATATATGGTta > 1:2412613/1‑150 (MQ=255) tttATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAAGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAAGATATGATtat > 2:2238876/1‑150 (MQ=255) tatatTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAat > 1:328961/1‑150 (MQ=255) tatTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAatta > 2:4632953/1‑150 (MQ=255) tttCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACACATTCTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTAttt < 1:1880653/150‑1 (MQ=255) tCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTAc > 2:5576744/1‑150 (MQ=255) cAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACt < 1:3510501/150‑1 (MQ=255) aaTAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTa > 2:2887956/1‑150 (MQ=255) tAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAAc > 1:3724669/1‑150 (MQ=255) tAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAAc < 1:4390038/150‑1 (MQ=255) tGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGTGATCAATATATGGTTATAAAATATTTACTAACCAAGAAGt > 2:4339057/1‑150 (MQ=255) gTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCa > 2:74149/1‑150 (MQ=255) aCTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGt < 1:821891/150‑1 (MQ=255) cTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGACT‑T‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGta > 2:5104006/1‑150 (MQ=255) cTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGta > 1:3600217/1‑150 (MQ=255) tataATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGtac > 2:2986782/1‑150 (MQ=255) tataATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGtac > 2:124868/1‑150 (MQ=255) taataaATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTAAAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAACACAGtacta > 2:412637/1‑150 (MQ=255) aataaATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGtactac > 2:2038911/1‑150 (MQ=255) taaATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTc < 1:2779351/150‑1 (MQ=255) aaaTGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGATTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAAGCAAGAAGTCAGTACTACTCg < 1:2208139/150‑1 (MQ=255) aaaTGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCg < 1:750424/150‑1 (MQ=255) aTGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGtt < 1:687312/150‑1 (MQ=255) ataCAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAATCAGTACTACTCGTTtaat > 2:4812607/1‑150 (MQ=255) aCAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTtaataa > 2:683228/1‑150 (MQ=255) aCAGATNGTATGCAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTtaataa < 1:2599032/150‑1 (MQ=255) cAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTaataat < 1:5592189/150‑1 (MQ=255) cAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTaataat < 1:628480/150‑1 (MQ=255) cAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTaataat > 2:5724233/1‑150 (MQ=255) aTTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGc > 2:5388913/1‑150 (MQ=255) ttGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCt < 2:4166937/150‑1 (MQ=255) tGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCGGTACTACTCGTTTAATAATAGCtt > 2:131590/1‑150 (MQ=255) tGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCtt > 2:4425560/1‑150 (MQ=255) aTGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTg < 1:1008258/150‑1 (MQ=255) tGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGt < 1:1802653/150‑1 (MQ=255) gagaTGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑CATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGCAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTaa < 1:5369412/150‑1 (MQ=255) gagaTGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTaa > 2:2643766/1‑150 (MQ=255) aTGTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTAAttg < 1:4635559/150‑1 (MQ=255) gTAATTAATTAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGTTCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAAGAATAGCTTCTGTAAttgtg > 2:2814053/1‑150 (MQ=255) aattaattAAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTAAttgtgtt > 2:4685446/1‑150 (MQ=255) attaattaAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTAAttgtgttg < 2:2479478/150‑1 (MQ=255) attaattaAAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTACCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTAAttgtgttg > 1:5454311/1‑150 (MQ=255) taattaaAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTAAttgtgttgtg < 2:1589573/150‑1 (MQ=255) attaaAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTAATTGTGTTGTGGa > 2:4921193/1‑150 (MQ=255) ttaaAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTGAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGGTCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTAATTGTGTTGTGGaa > 1:2837992/1‑150 (MQ=255) ttaaAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTAATTGTGTTGTGGaa < 1:932239/150‑1 (MQ=255) taaAAAGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTAATTGTGTTGTGGAat < 1:4445043/150‑1 (MQ=255) aaaaaGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTAATTGTGTTGTGGAata > 2:5331045/1‑150 (MQ=255) aaaaaGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTAATTGTGTTGTGGAata > 1:1626451/1‑150 (MQ=255) aaaaaCGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGCATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCCTTTAATAATAGCTTCTGTAATTGTGTTGTGGaaga > 2:2317162/1‑148 (MQ=255) aaaaGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTAATTGTGTTGTGGAatat > 2:3237434/1‑150 (MQ=255) aaGGA‑GTT‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCCTTTAATAATAGCTTCTGTAATTGTGTTGTGGAATAttg > 2:490008/1‑150 (MQ=255) | AACGTAACAAGTGTGAAAGTAATGATTTGTAGGATCAGTTAAGAAAGGTTTAAGATTAGATATTGAAAAATTTTATATATTTTCAATAAAATACTGGTACTATAATAAATGTATACAGATTGTATGGAGATGTAATTAATTAAAAAGGA‑G‑T‑T‑TTT‑AATTGCGTTGGAGTAAATGGTTCAATGTTTTTTGTATAGTAGCATTGGGATCAATATATGGTTATAAATTATTTACTAACCAAGAAGTCAGTACTACTCGTTTAATAATAGCTTCTGTAATTGTGTTGTGGAATATTG > BS168_reference_genome/557716‑558008 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |