Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BS168_reference_genome | 608,214:1 | +A | 100% | intergenic (‑139/+32) | ydgF ← / ← dinB | putative amino acid permease/nuclease inhibitor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BS168_reference_genome | 608,214 | 1 | . | A | 90.8% | 1042.3 / 79.4 | 305 | intergenic (‑139/+32) | ydgF/dinB | putative amino acid permease/nuclease inhibitor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/23); new base A (173/104); total (178/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.10e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. |
Only 100 of 334 total aligned reads displayed.
GTCTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAAAGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCC‑G‑AA‑AAA‑GC‑GGCTCCATTTAGGGAGCCGCTTTTTTATGCTTTTTCAGTTTTTGTCATAAACAGGTAGAGCCCGTAATCTGTCGGTGCGGATGCGTAGCCTGCCTGCCGCAGCATTGCTGTGATATTGCCGCGGTGGTATGTCCCGT > BS168_reference_genome/608067‑608358 | cTGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAAAGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCC‑G‑aa‑aa > 1:1631309/1‑150 (MQ=255) tGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGCTTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAATAGCATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGAACTATTTCCC‑G‑ta‑ata > 2:1528066/1‑148 (MQ=255) tGTCACTTTATGTGTTCCTCCATTGAAAATTGTTTATTGAGTCAGCAATCTATTTTTAATGATTATTATAACACTAAAATTTCTATCTTTTTTACTAAAAAAGGATTGATGAAAAGAATTTTAATGTGATTTGGACTATTTCCC‑G‑aa‑aaa > 1:4614139/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |