Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BS168_reference_genome | 961,069 | G→T | 36.2% | intergenic (‑83/‑325) | katA ← / → ssuB | vegetative catalase 1/aliphatic sulfonate ABC transporter (ATP‑binding protein) |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BS168_reference_genome | 961,069 | 0 | G | T | 36.2% | 351.6 / inf | 292 | intergenic (‑83/‑325) | katA/ssuB | vegetative catalase 1/aliphatic sulfonate ABC transporter (ATP‑binding protein) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (116/70); new base T (51/54); total (168/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.64e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.10e-03 |
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
AGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAATTTTTCCTTCTCTATTTGCGAAACAAGCAGAGTAAGTGATAAACAAGGATATCAAA > BS168_reference_genome/960921‑961217 | gTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAAAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGt > 1:85206/1‑150 (MQ=255) tCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAAAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGtt < 1:1971052/150‑1 (MQ=255) cATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAAAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTa < 1:2641095/150‑1 (MQ=255) cATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAAAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTa > 2:2917090/1‑150 (MQ=255) aTTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTAtct < 2:3966782/150‑1 (MQ=255) gAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATctct < 1:2404609/150‑1 (MQ=255) atttttGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTAt < 2:91140/148‑1 (MQ=255) tGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATc > 1:2708348/1‑150 (MQ=255) tATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGGTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAGAAGTCAACATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGata > 2:4446578/1‑150 (MQ=255) aTCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAAAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGat > 1:2883905/1‑150 (MQ=255) tctcCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAAAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGata > 2:4096915/1‑150 (MQ=255) ctcCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTA‑AAAAAATTTATCTCTATTAATCGatatat < 2:2508734/150‑1 (MQ=255) ctcCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGACAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAAAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGatat < 2:3114919/150‑1 (MQ=255) 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aTAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAATTTTTCCTTCTCTATTTGCGAAACAAGCAGAGTAAGTGATAAACAAGGATATCa > 2:3363564/1‑150 (MQ=255) aGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAATTTTTCCTTCTCTATTTGCAAAACAAGCAGAGTAAGTGATAAACAAGGATATCaaa > 2:1115319/1‑150 (MQ=255) | AGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAATTTTTCCTTCTCTATTTGCGAAACAAGCAGAGTAAGTGATAAACAAGGATATCAAA > BS168_reference_genome/960921‑961217 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |