| Predicted mutation | |||||||
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| RA | BS168_reference_genome | 1,073,374 | C→T | 14.4% | W115* (TGG→TAG) | scoC ← | transcriptional regulator of extracellular protease production, sporulation and bacilysin production (MarR family) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BS168_reference_genome | 1,073,374 | 0 | C | T | 14.4% | 1100.7 / 114.4 | 353 | W115* (TGG→TAG) | scoC | transcriptional regulator of extracellular protease production, sporulation and bacilysin production (MarR family) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (151/150); new base T (27/24); total (179/174) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.12e-01 | |||||||||||
Only 100 of 357 total aligned reads displayed.
GAAAATTTCCATAAAATCATCGCCGTAGATATGGCGTATCATACACATCATTTCTGCCACTTCAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATT > BS168_reference_genome/1073226‑1073523 | aaaaTTTCCATAAAATCATCGCCGTAGATATGGCGTATCATACACATCATTTCTGCCACTTCAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAg < 1:5694105/150‑1 (MQ=255) aTTTCCATAAAATGATCGCCGTACACATGGCGTATCATACACATCATTTGTGGCACTTCAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGACGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAAt < 1:3414675/150‑1 (MQ=255) ttCCATAAAATCATCGCCGTAGATATGGCGTATCATACACATCATTTCTGCCACTTCAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATAc > 1:4810221/1‑150 (MQ=255) ttCCATAAAATCATCGCCGTAGATATGGCGTATCATACACATCATTTCTGCCACTTCAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATAc > 2:2545610/1‑150 (MQ=255) tCCATAAAATCATCGCCGTAGATATGGCGTATCATACACATCATTTCTGCCACTTCAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATAcc < 1:5023459/150‑1 (MQ=255) tCCATAAAATCATCGCCGTAGATATGGCGTATCATACACATCATTTCTGCCACTTCAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATAcc > 2:2256092/1‑150 (MQ=255) ccATAAAATCATCGCCGTAGATATGGCGTATCATACACATCATTTCTGCCACTTCAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCTAGAATACCt > 1:1766918/1‑150 (MQ=255) cATAAAATCATCGCCGTAGATATGGCGTATCATACACATCATTTCTGCCACTTCAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTc < 1:1019559/150‑1 (MQ=255) 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ggATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACg > 1:2600541/1‑150 (MQ=255) aTCAAATTCCTCAAGCAAGCTCTAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTg < 1:3296837/150‑1 (MQ=255) tCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTTCCTTACTCAGTCAATTGGACATATGTGTACCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGc < 1:1236768/150‑1 (MQ=255) tCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGc < 2:954527/150‑1 (MQ=255) cAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCGTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCa > 1:2867639/1‑150 (MQ=255) aaTTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATg < 2:1947184/150‑1 (MQ=255) aTTCCTCAAGCAAGGTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGACAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATgg > 1:2693940/1‑149 (MQ=255) ttCCTCAAGCAAGCTCCAGAAAACCTCGGTACCTTCCTCAGTCTATTGGACATATGTGTTCCGTATATCATACAGCCGTTTGGAGAACCATAAATATCCCCGATCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGAc < 2:1649895/150‑1 (MQ=255) gcaaccTTCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAAtt < 2:77500/150‑1 (MQ=255) aagcTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTc > 2:5662475/1‑150 (MQ=255) gcTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTcgc > 2:763503/1‑150 (MQ=255) ccAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGAt > 2:3216598/1‑150 (MQ=255) | GAAAATTTCCATAAAATCATCGCCGTAGATATGGCGTATCATACACATCATTTCTGCCACTTCAGGAAATTTTCCGAATAAATGATATAAAGGCTGTGACCCTTTAAAAACAGCGTTGCGTGTCGGATCAAATTCCTCAAGCAAGCTCCAGAATACCTCGGTACCTTCCTCAGTCAATTGGACATATGTGTTCCGTTTATCATTCAGCCGTTTGGAGAACCTTAAATATCCCCGTTCTTCCAGCTTTTTTGAAAAGTTGAATGCGGTTGATACGTGCATGACCCCGAATTTCGCGATT > BS168_reference_genome/1073226‑1073523 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |