| Predicted mutation | |||||||
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| RA | BS168_reference_genome | 1,481,481 | T→C | 30.9% | intergenic (+30/‑66) | ykzU → / → ykuH | conserved hypothetical protein/conserved protein of unknown function |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | BS168_reference_genome | 1,481,481 | 0 | T | C | 30.9% | 313.1 / 234.5 | 262 | intergenic (+30/‑66) | ykzU/ykuH | conserved hypothetical protein/conserved protein of unknown function |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (92/88); new base C (41/40); total (133/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
GTTCCAATTAGGTTAGCCTTTAAACGTGCTTTTGATGTTGAGGATTATAGTGAAGAGATTGGAAAAATAACAGCACAAGCATTTAGAGATGTTATCGAGAAAAAAATGATATCTGAATAAACTGCAAAACAAGCGAACGTTAAAACTGGTCGTTCGCTTGTTTTATTTTCTATTTAAATTTATGATATAATTTTTAAAGATTAAGGAGTGATTCATTGAAGAAATTGTTAAAAAAGTTAGTTGTATTATTTTTAAGCAGTTTAGTTATCATCTTTAATGTTTGGTACTTTATTATTTGT > BS168_reference_genome/1481332‑1481630 | gttCCAATTAGGTTAGCCTTTAAACGTGCTTTTGATGTTGAGGATTATAGTGAAGAGATTGGAAAAATAACAGCACAAGCATTTAGAGATGTTATCGAGAAAAAAATGATATCTGAATAAACTGCAAAACAAACGAACGTTAAAACTGGt > 1:1223246/1‑150 (MQ=255) cAATTAGGTTAGCCTTTAAACGTGCTTTTGATGTTGAGGATTATAGTGAAGAGATTGGAAAAATAACAGCACAAGCATTTAGAGATGTTATCGAGAAAAAAATGATATCTGAATAAACTGCAAAACAAGCGAACGTTAAAACTGGTCGtt < 1:3761703/150‑1 (MQ=255) aaTTAGGTTAGCCTTTAAACGTGCTTTTGATGTTGAGGATTATAGTGAAGAGATTGGAAAAATAACAGCACAAGCATTTAGAGATGTTATCGAGAAAAAAATGATATCTGAATAAACTGCAAAACAAGCGAACGTTAAAACTGGTCGTTc < 1:3677076/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |