| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 1,657,920 | T→A | 5.1% | V255D (GTC→GAC) | U712_08520 → | Flagellar motor switch protein FliG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 1,657,920 | 0 | T | A | 5.1% | 1055.6 / 35.6 | 311 | V255D (GTC→GAC) | U712_08520 | Flagellar motor switch protein FliG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (181/114); new base A (11/5); total (192/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.16e-01 | |||||||||||
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
GAAGTGTTAAACGGGGTAGACAGAGGGACAGAGAAGACGATCTTGGATTCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAATGGAGTTTATGGGCCCTGTACGTTTGAAAG > CP006881/1657772‑1658069 | gAAGTGTTAAACGGGGTAGACAGAGGGACAGAGAAGACGATCTTGGATTCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTc < 2:1271115/150‑1 (MQ=255) aGTGTTAAACGGGGTAGACAGAGGGACAGAGAAGACGATCTTGGATTCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCAt < 2:3116167/150‑1 (MQ=255) gtgtTAAACGGGGTAGACAGAGGGACAGAGAAGACGATCTTGGATTCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCAtt > 1:1092688/1‑150 (MQ=255) gtgtTAAACGGGGTAGACAGAGGGACAGAGAAGACGATCTTGGATTCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCAtt > 1:638161/1‑150 (MQ=255) tgtTAAACGGGGTAGACAGAGGGACAGAGAAGACGATCTTGGATTCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGACATTc > 2:5202028/1‑150 (MQ=255) gtTAAACGGGGTAGACAGAGGGACAGAGAAGACGATCTTGGATTCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTcg > 2:2489881/1‑150 (MQ=255) ttAAACGGGGTAGACAGAGGGACAGAGAAGACGATCTTGGATTCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTcgc < 2:1735144/150‑1 (MQ=255) aCGGGGTAGACAGAGGGACAGAGAAGACGATCTTGGATTCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATg < 2:4930351/150‑1 (MQ=255) aCGGGGTAGACAGAGGGACAGAGAAGACGATCTTGGATTCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATg < 2:4065114/150‑1 (MQ=255) aCGGGGTAGACAGAGGGACAGAGAAGACGATCTTGGATTCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATg < 2:2067874/150‑1 (MQ=255) gTAGACAGAGGGACAGAGAAGACGATCTTGGATTCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGTTAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTgag > 1:1626305/1‑150 (MQ=255) tAGACAGAGGGACAGAGAAGACGATCTTGGATTCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTgaga < 2:1666473/150‑1 (MQ=255) aGACAGAGGGACAGAGAAGACGATCTTGGATTCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGaa > 1:1400209/1‑150 (MQ=255) gACAGAGGGACAGAGAAGACGATCTTGGATTCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAac < 2:3995846/150‑1 (MQ=255) aCAGAGGGACAGAGAAGACGATCTTGGATTCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAacg > 1:3616552/1‑150 (MQ=255) ggACAGAGAAGACGATCTTGGATTCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGAtt < 2:1963796/150‑1 (MQ=255) aCAGAGAAGACGATCTTGGATTCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTg > 2:3011906/1‑150 (MQ=255) gaagaCGATCTTGGATTCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCt > 2:689549/1‑150 (MQ=255) gaagaCGATCTTGGATTCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCt < 2:1458539/150‑1 (MQ=255) aCGATCTTGGATTCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCa < 2:5109580/150‑1 (MQ=255) tCTTGGATTCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTaa > 2:4418857/1‑150 (MQ=255) gATTCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGtt > 1:4587867/1‑150 (MQ=255) aTTCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTg < 2:5264819/150‑1 (MQ=255) tCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCa > 1:331903/1‑150 (MQ=255) aTTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAg > 1:5113166/1‑150 (MQ=255) tGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGGCGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGct > 2:2173204/1‑149 (MQ=255) gAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCAAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTACAGGTTGCAAGCGAg > 2:122916/1‑150 (MQ=255) aaaTTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAgg < 2:4154745/150‑1 (MQ=255) aaaTTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGCCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAgg < 1:3037093/150‑1 (MQ=255) aTTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGaa > 2:2898274/1‑150 (MQ=255) aTTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGaa > 1:883027/1‑150 (MQ=255) aTTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGaa > 1:5538227/1‑150 (MQ=255) ttCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAg > 2:3562516/1‑150 (MQ=255) tCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGt > 2:913579/1‑150 (MQ=255) aGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCa > 2:2316605/1‑150 (MQ=255) aTCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGACATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAg > 2:1541379/1‑150 (MQ=255) gATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGACATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAAtt > 2:1135217/1‑150 (MQ=255) ttGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTgtgt > 2:725632/1‑150 (MQ=255) ttGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGCTTGTAAGAGAGGAAGTCAAAGAAATTgtgt > 1:3813408/1‑150 (MQ=255) tGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATCTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGGAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGGGtt > 1:2837433/1‑150 (MQ=255) tGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGACATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGtt > 2:3418530/1‑150 (MQ=255) agagATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTcaacaa < 2:3850914/150‑1 (MQ=255) gagaTTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAat > 2:2184696/1‑150 (MQ=255) agaTTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAata > 2:827614/1‑150 (MQ=255) gaTTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAatat < 2:3462448/150‑1 (MQ=255) aTTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATg > 2:3979259/1‑150 (MQ=255) tAAAAAGCGGATGTTTGTTTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCCCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTc < 1:5427098/150‑1 (MQ=255) tAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTc > 1:5511080/1‑150 (MQ=255) tAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTc < 2:638161/150‑1 (MQ=255) aaaaGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTcac > 1:986861/1‑150 (MQ=255) aaaaGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTcac > 1:4069101/1‑150 (MQ=255) aaaGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTcaca > 2:3522991/1‑150 (MQ=255) aaGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGACATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAg > 2:1365908/1‑150 (MQ=255) cGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGt > 2:3652134/1‑150 (MQ=255) cGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGt > 1:4681263/1‑150 (MQ=255) ggATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGGGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTa < 2:3189240/150‑1 (MQ=255) gATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTAt > 1:3986722/1‑150 (MQ=255) tttGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGtt > 2:2083140/1‑150 (MQ=255) tGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGa > 1:1246731/1‑150 (MQ=255) cTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAAc > 2:2117747/1‑150 (MQ=255) tCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCt > 1:4475302/1‑150 (MQ=255) cGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCtt < 2:5505826/150‑1 (MQ=255) cGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCtt < 2:1987231/150‑1 (MQ=255) cGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCtt < 2:331903/150‑1 (MQ=255) cGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCtt < 1:2059557/150‑1 (MQ=255) gAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTc < 2:429608/150‑1 (MQ=255) aaGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCa < 1:5683867/150‑1 (MQ=255) aGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCaa < 1:1778785/150‑1 (MQ=255) atatTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAaag > 1:4914530/1‑150 (MQ=255) tatTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAaaga < 1:2538095/150‑1 (MQ=255) atTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAaagaa > 2:4905178/1‑150 (MQ=255) ttGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAaagaag < 1:2608780/150‑1 (MQ=255) gTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAgaagaa < 2:4490507/150‑1 (MQ=255) tCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGTGAACTACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGATGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGaaa > 1:4801731/1‑150 (MQ=255) cacaCTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAAt < 2:4221407/150‑1 (MQ=255) cacaCTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAAt > 1:4410741/1‑150 (MQ=255) cacaCTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAAt > 1:3513635/1‑150 (MQ=255) cacaCTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAAt > 2:2409512/1‑150 (MQ=255) cacTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAATgg < 1:2465475/150‑1 (MQ=255) acTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAATGGa > 1:1575421/1‑150 (MQ=255) cTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAATGGAg < 2:3692167/150‑1 (MQ=255) ttGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGGACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCCAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAATGGAGt > 2:5810489/1‑150 (MQ=255) tcaaTAACCCTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGATTGCAAGCGAGGAAGACAAAGAAATTCTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAATGGAGt < 2:4801731/147‑1 (MQ=255) tGATAACCGTGCAATTCAGAGAGACATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAATGGAGtt < 2:5554246/150‑1 (MQ=255) gATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAATGGAGttt < 1:3559928/150‑1 (MQ=255) cGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAATGGAGTTTATGGGc > 2:3911468/1‑150 (MQ=255) cGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAATGGAGTTTATGGGc > 2:1777023/1‑150 (MQ=255) cAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAATGGAGTTTATGGGCCCTg < 1:2263351/150‑1 (MQ=255) aaTTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAATGGAGTTTATGGGCCCTGt < 1:4929897/150‑1 (MQ=255) aTTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAATGGAGTTTATGGGCCCTGTa < 2:3767778/150‑1 (MQ=255) aTTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAATGGAGTTTATGGGCCCTGTa > 1:1297993/1‑150 (MQ=255) ttCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTTCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGATATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAATGGAGTTTATGGGCCCTGTAc < 1:5279308/150‑1 (MQ=255) ttCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAATGGAGTTTATGGGCCCTGTAc < 1:1170349/150‑1 (MQ=255) tCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAATGGAGTTTATGGGCCCTGTACg < 2:5690588/150‑1 (MQ=255) agagagTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAATGGAGTTTATGGGCCCTGTACGtt > 2:460841/1‑150 (MQ=255) gagagTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAATGGAGTTTATGGGCCCTGTACGttt > 2:2092186/1‑150 (MQ=255) agagTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTACAGGTTGCAGGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAATGGAGTTTATGGGCCCTGTACGTTTg > 2:3943425/1‑150 (MQ=255) agagTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAATGGAGTTTATGGGCCCTGTACGTTTg > 2:430076/1‑150 (MQ=255) gagTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAATGGAGTTTATGGGCCCTGTACGTTTGa > 2:4345384/1‑150 (MQ=255) tCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAATGGAGTTTATGGGCCCTGTACGTTTGAAAg < 2:1092688/150‑1 (MQ=255) | GAAGTGTTAAACGGGGTAGACAGAGGGACAGAGAAGACGATCTTGGATTCATTGGAAATTCAGGATCCCGATCTTGCTGAAGAGATTAAAAAGCGGATGTTTGTCTTCGAAGATATTGTCACACTTGATAACCGTGCAATTCAGAGAGTCATTCGCGATGTTGAGAACGACGATTTGCTCCTTTCATTAAAGGTTGCAAGCGAGGAAGTCAAAGAAATTGTGTTCAACAATATGTCACAGCGTATGGTTGAAACCTTCAAAGAAGAAATGGAGTTTATGGGCCCTGTACGTTTGAAAG > CP006881/1657772‑1658069 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |